小光与小透是一对不分彼此的好朋友,可是小透发现,世界上只有自己才能看见小光。小透就读的学校有名男生莫名失踪,消息传到小透所在的十三班,同学江尻开始绘声绘色地说是三年前被杀女生的恶灵作祟,校方于是宣布停课。等到复课,失踪男生仍旧下落不明,校园依然死气沉沉。小透为了查明真相而跟着同样只有自己能看见的“桐岛”走下黑暗的台阶,走了不知多久,在地下,小透见到一所一摸一样的学校。他走到自己的班级,发现人人形同蜡人,面无表情,眼神空洞,黑板上老师的字写了就消失,仿佛永远不会有下课铃响,窗外则是浓重的灰色。“桐岛”把他带到十五班,说这个班级地上没有,这个班是专为已死学生而开,透果然看到了三班那个失踪男生。透提出想回到地面世界,而“桐岛”提醒他说已经踏入了死亡世界,是回不去的……