执行摘要
建议
建议的理由
生物学的首要地位
不可预测性
未来前景
1 领域的性质
引言
数学与生物学的交叉
近年来有什么变化?
计算生物学问题困难的原因是什么?
数学与生物科学成功互动的常见因素
为改善两个领域的利益协作打好基础
本报告的结构
参考文献
2 历史上的成功
种群生物学的开端
通过同源性推断基因功能
种群进化过程
建模
医学和生物学成像
总结
参考文献
3 了解分子
引言
数学生物学关系
分子的数学应用领域
序列分析
结构分析
动力学
相互作用
未来方向
参考文献
4 了解细胞
引言
这些问题的范例
细胞结构
细胞网络及其功能的发现
从网络到细胞功能
从细胞到组织
数据整合
生物学方面的考虑
未来方向
参考文献
5 了解生物体
心脏生理学
循环生理学
呼吸生理学
信息处理
内分泌生理学
形态发生和模式生成
运动
癌症
针对靶向肿瘤细胞的治疗输送
药物作用的机制
细胞群体的生长和分化
抗性的发展
HIV-1感染的体内动力学
未来方向
参考文献
6 了解种群
种群遗传学
种群的生态方面
生态学与进化论的综合
参考文献
7 了解群落和生态系统
计算
未来方向
参考文献
8 横切主题
“小n,大P”问题
发现基因表达数据中的模式
有监督学习
无监督学习
有序系统的分析
隐马尔可夫模型在DNA、RNA和蛋白质序列分析中的应用
序列谱隐马尔可夫模型
基因发现中的隐马尔可夫模型
蒙特卡罗方法在计算生物学中的应用
模体发现中的吉布斯采样
调控网络的推断
蛋白质构象采样
目前引入的数学主题的经验教训
低级数据的处理
结束语
参考文献