《入中论善显密意疏》开篇即有颂日:“龙猛提婆所成宗,三派大车广解释,我以无垢净慧眼,不共要义皆善见。此间欲宣彼宗者,我为除其恶说垢。因众请故以净语,当即广释《入中论》。”龙树空宗修行次第为:先以闻思抉择此派宗义,于修行之真实道获大信解,以菩提心为前导,大悲心成就佛果。《入中论》即阐发此义。宗喀巴大师旁征博引,审慎抉择,纵论此中所阐奥义。以颂文为主,兼及释论,故名之曰疏。中观应成派谓由甚深、广大二门可达《中观论》旨。由广大故,疏文随颂文顺序,以十波罗蜜配菩萨十地,每地皆说明其地体性、增胜功德、修习方便。由甚深故,第六地中,以破四生明法无我,以七相推求破人我执。唯识宗的阿赖耶识、自证分,唯心即唯识、离外境识有自性、依他起有自性.自续派的名言中许有自性,皆于此中广破。此中不共宗旨,如小乘亦达法无我义,如何安立二谛,如何安立业果,如何区分俱生、分别两种我执,如何界定烦恼、所知二种障碍,《入中论善显密意疏》皆有广释。每述一义,下分数条,条分缕析,细致入微;印度诸说,藏地异见,先叙彼计,再申己见,后引经论,继以理证,必令水落石出而后已。经有了义,有不了义,此疏随文,阐其密义,故此书可谓入涅榘圣城之津梁,渡般若慧海之慈舟。