林木遗传模型统计分析及R语言实现

前言
1　固定效应模型和随机效应模型
　1.1　固定效应模型
　　1.1.1　模型表达式
　　1.1.2　无约束模型的参数估计
　　1.1.3　约束模型的参数估计
　1.2　随机效应模型
　　1.2.1　方差分量估计
　　1.2.2　方差分量的假设检验
　1.3　R语言程序
　　1.3.1　无约束固定效应模型计算程序
　　1.3.2　约束固定效应模型计算程序
　　1.3.3　遗机效应模型计算程序
　思考与练习
2　半同胞子代测定遗传模型
　2.1　单点多株小区试验统计模型
　　2.1.1　一般配合力
　　2.1.2　遗传方差估计与假设检验
　　2.1.3　遗传力
　　2.1.4　遗传相关系数
　2.2　多点多株小区试验统计模型
　　2.2.1　一般配合力
　　2.2.2　遗传方差估计与假设检验
　　2.2.3　遗传力
　　2.2.4　遗传相关系数
　2.3　实例分析及其R语言计算程序
　　2.3.1　单点多株小区试验实例
　　2.3.2　多点多株小区试验实例
　思考与练习
3　巢式设计遗传模型
　3.1　包含区组和重复的巢式设计统计模型
　　3.1.1　固定效应模型
　　3.1.2　随机效应模型
　　3.1.3　遗传力
　　3.1.4　遗传相关系数
　3.2　包含区组但不含重复的巢式设计统计模型
　　3.2.1　固定效应模型
　　3.2.2　随机效应模型
　　3.2.3　遗传力
　　3.2.4　遗传相关系数
　3.3　不包含区组和重复的巢式设计统计模型
　3.4　实例及R语言计算程序
　　3.4.1　包含区组和重复的巢式设计实例
　　3.4.2　包含区组但不包含重复的巢式设计实例
　思考与练习
4　因子交配设计遗传模型
　4.1　多地点多区组因子交配设计统计模型
　　4.1.1　固定效应模型
　　4.1.2　随机效应模型
　　4.1.3　遗传力
　　4.1.4　遗传相关系数
　4.2　单地点多区组因子交配设计统计模型
　　4.2.1　固定效应模型
　　4.2.2　随机效应模型
　　4.2.3　遗传力
　　4.2.4　遗传相关系数
　4.3　单地点不含区组因子交配设计统计模型
　4.4　实例及R语言计算程序
　　4.4.1　多地点多区组因子交配设计实例
　　4.4.2　单地点多区组因子交配设计实例
　思考与练习
5　双列杂交设计遗传模型
　5.1　半双列杂交遗传模型
　　5.1.1　固定效应模型
　　5.1.2　随机效应模型
　　5.1.3　遗传力
　　5.1.4　遗传相关系数
　5.2　全双列杂交遗传模型
　　5.2.1　固定效应模型
　　5.2.2　随机效应模型
　　5.2.3　遗传力
　　5.2.4　遗传相关系数
　5.3　多地点半双列杂交遗传模型
　　5.3.1　固定效应模型
　　5.3.2　随机效应模型
　　5.3.3　遗传力
　　5.3.4　遗传相关系数
　5.4　多地点全双列杂交遗传模型
　　5.4.1　固定效应模型
　　5.4.2　随机效应模型
　　5.4.3　遗传力
　　5.4.4　遗传相关系数
　5.5　实例及R语言计算程序
　　5.5.1　半双列杂交设计实例
　　5.5.2　全双列杂交设计实例
　　5.5.3　多地点全双列杂交设计实例
　思考与练习
6　多地点多年份家系试验遗传模型
　6.1　多地点家系试验统计模型
　　6.1.1　固定效应模型
　　6.1.2　随机效应模型
　　6.1.3　遗传相关系数
　6.2　多年份家系试验统计模型
　　6.2.1　固定效应模型
　　6.2.2　随机效应模型
　　6.2.3　遗传相关系数
　6.3　多地点多年份家系试验统计模型
　　6.3.1　固定效应模型
　　6.3.2　随机效应模型
　　6.3.3　遗传相关系数
　6.4　实例及R语言计算程序
　　6.4.1　多地点家系试验实例
　　6.4.2　多年份家系试验实例
　　6.4.3　多地点多年份家系试验实例
　思考与练习
7　方差分量约束极大似然估计
　7.1　ML估计
　7.2　REML估计
　7.3　实例及R语言计算程序
　思考与练习
8　育种值的最佳线性无偏预测
　8.1　混合模型方程
　8.2　动物模型
　8.3　多地点半同胞子代测定试验育种值计算
　思考与练习
参考文献
附录A　矩阵基本概念和运算
　A1　矩阵的定义
　A2　矩阵的运算
　A3　矩阵的分块运算
　A4　特征值和特征向量
　A5　正定矩阵和半正定矩阵
　思考与练习
附录B　林木遗传模型统计分析软件
　B1　半同胞子代测定遗传模型分析软件HalfsibSS
　B2　巢氏设计遗传模型分析软件WinNCl
　B3　因子交配设计遗传模型分析软件WinNC2
　B4　双列杂交设计配合力分析软件GSCA
附录C　R语言简介
　C1　R语言软件下载与安装
　C2　R语言工作窗口
　C3　R语言矩阵运算符和控制语句