《明代瘟疫与明代社会》运用的研究方法主要有:“求真”是历史学基本的要求,也是《明代瘟疫与明代社会》的重要研究方法之一。以对明代大疫的具体分布考察而言,不少记载是否重合,都需要用考证的方法加以辨别,才能得出相对正确的结论。只有求真,才能求知,而这离不开扎实的史料准备。计量方法在史学研究中的应用,常常可以使得定量分析比定性分析有强的说服力。但由于史料的残缺不全,该方法常受到局限。而且,有些问题不宜使用此法,必须与多种方法并用,才能得出具说服力的结论。《明代瘟疫与明代社会》由类似的史料,归纳出结论,再加以演绎推理。另外,文章在论证过程中,也结合了医学、心理学、社会学等学科理论知识或分析工具来分析问题。