《医碥》是何梦瑶的代表作,分为七卷。卷一包括脏腑说、三焦说等中医基本理论的阐述和各种“杂症”的阐述,卷二至卷四均为各种病症阐述;卷五为“四诊”,卷六为“诸方目”,卷七为“诸方目录”。《医碥》对于中医基础理论作了简易介绍,并提出了其个人见解。《医碥》所论诸症,可以归纳为以下方面:论热、论脉、论痰、论湿、论气血、论虚、论厥逆、论瘟疫、山岚瘴气等方面。此外,何梦瑶重视中医基本功,第五卷的《四诊》就是何梦瑶做思恩知县时,教县里医生的教材,编入《四诊》极有助于初学者入门。虽然何梦瑶的《医碥》以《证治准绳》为蓝本,进行了大量引用参照,但是《医碥》的重大意义在于:首先,反映了《证治准绳》在清代广东地区的传播及重要影响;其次,在中医理论和各种病症的治疗方面有何梦瑶的独到之处;第三,《医碥》对前人成果的继承,也是清代医学进一步传播和学习的重要手段:像《证治准绳》这样的大部头书籍,普通平民难以购买;《医碥》的印行,利于医学经典的传播和学习,也促进了岭南医学水准的提升。