《黄河400问》分为自然概况篇、历史文化篇、社会经济篇、治理开发篇、政策法规篇五个板块,共400个题目。在编写过程中,《黄河400问》沿用《黄河300问》一问一答的对话式结构,保留了诸如自然特征值、历史知识等相对恒定的内容。同时,根据社会经济等情况的动态变化,对原书内容作了较大幅度的增删与重组。特别是为体现新时期全面依法治河的要求,专门增设了“政策法规”板块。对保留的题目,或优化设问方式,或更新复核数据,或给出体现新时代特点的答案,作了不同程度的修改。值得说明的是,由于黄河下游是著名的“地上悬河”,从水利专业概念上划分,黄河下游两岸地区不属于黄河流域,但事实上,古往今来这一地区与黄河休戚与共,密不可分。因此,遵照客观求真的原则,《黄河400问》编写也包括了下游山东、河南及沿黄省(区)等相关内容。