蛋白质模拟：原理、发展和应用

第一部分 分子动力学模拟方法
第1章 分子动力学模拟的原理、方法与进展
1．1 引言
1．2 生物大分子的经典力学模型与常见力场
1．2．1 经典力学模型
1．2．2 常见分子力场
1．3 积分算法
1．3．1 体系的动力学方程
1．3．2 动力学方程的数值解法
1．4 周期性边界条件
1．5 约束条件动力学模拟
1．5．1 SHAKE算法
1．5．2 LINCS算法
1．6 非键相互作用
1．6．1 短程相互作用
1．6．2 MD模拟中长程静电相互作用的常用算法
1．7 恒温恒压分子动力学模拟
1．7．1 温度控制方法
1．7．2 压力控制方法
1．8 溶剂模型
1．8．1 隐含溶剂模型
1．8．2 显含溶剂模型
1．9 分子动力学模拟的主要步骤
1．10 蛋白质分子动力学模拟的进展与前景
参考文献
第2章 拉伸分子动力学模拟
2．1 引言
2．2 拉伸分子动力学模拟方法
2．3 拉伸分子动力学模拟实例
2．3．1 周质结合蛋白与配体相互识别研究
2．3．2 抗癌多肽p28与肿瘤抑制蛋白p53的拉伸分子动力学研究
参考文献
第3章 膜蛋白体系的分子动力学模拟
3．1 引言
3．2 膜蛋白分子动力学模拟研究进展
3．2．1 膜的性质和脂质分子的类型
3．2．2 膜蛋白的性质和类型
3．2．3 分子动力学模拟在膜研究方面的应用
3．2．4 分子动力学模拟在膜蛋白体系的应用
3．3 膜蛋白体系分子动力学模拟的基本方法和步骤
3．4 BtuC-POPC膜蛋白体系的分子动力学模拟
3．4．1 研究背景
3．4．2 材料和方法
3．4．3 结果和讨论
3．4．4 总结和展望
参考文献
第4章 蛋白质与DNA相互作用的分子动力学模拟
4．1 引言
4．2 蛋白质与DNA识别的结构特征
4．2．1 DNA结合蛋白的结构特征
4．2．2 蛋白质-DNA复合物的作用位点特征
4．3 蛋白质-DNA识别的研究方法
4．3．1 蛋白质与DNA的相互作用模式
4．3．2 蛋白质-DNA相互作用的实验方法
4．3．3 蛋白质-DNA识别研究的分子模拟方法
4．4 HIV-1整合酶与病毒DNA识别的分子动力学模拟
4．4．1 研究背景及意义
4．4．2 体系和方法
4．4．3 结果和讨论
4．5 小结
参考文献
……
第二部分 蛋白质复合物结构预测
第三部分 用分子模拟方法研究蛋白质折叠
第四部分 关于粗粒化模型
第五部分 关于长程静电相瓦作用
第六部分 药物分子设计方法与应用