在未来,世界受宇宙风暴带来的暗物质影响,出现了一种流行病:暗病毒(Dark Virus)。感染者会变得极具攻击性并失去人性,而且通过接触会传染给其他人。但也有部分人能抵抗暗病毒的入侵,不仅改变了身体机能,完全控制了病毒,还获得了超能力。《黑暗感染》故事发生在流行病出现100年后的地下城市,一名叫黑湟的军校少年遇上了暗病毒感染者。致人死亡的暗病毒,具有感知黑暗能力的军校少年,突然出现的异色妖瞳少女,以及她带来那裂空的一剑,是结束还是开端?从地表来的神秘三人组闯入地下城市,他们自称是“玄”,就是受到黑暗感染却没有变成黑质,反而拥有了超能力的新人类。市长赫娜让女儿研究“伪玄”,意欲与“玄”相抗衡,并抽取了黑湟的血液。黑湟的好朋友莎莎和十罗相继感染暗病毒,“伪玄”居然有复制“玄”能力的作用……破碎的都市,黑色的能量,命运带给他们的,是灾厄还是变局?