公历2099年,世界爆发大范围核泄漏事故,进而引起全球性连锁反应,地球陷入水深火热之中,10年后幸存的1000万人类中一部分通过“蜃气楼技术”移居至深海蜃气楼生存,这些人当中有少数超速进化成新人类,拥有“CODE”能力;一部分仍在地表生存,而这些人已变异为新生物——“工蜂”。蜃气楼中新人类与普通人类虽频起冲突,但却共同击退了工蜂的大举入侵;并且共同建立了用来保卫人类的附属战略岛屿“箱庭岛”。枢机私塾、加尔文女子学院、阿卡夏研究院和方尖塔军事学院,为箱庭岛培养“高精尖”人才,肩负重任,是箱庭岛的巅峰力量。伊莱、卢卡、音羽、源夏依四个少男少女参加雅典娜机关入学考试时,却意外遭阿瓦隆人突袭而被取消考试资格,四人结伴凭借自身超能力成功突围并制服阿瓦隆人。从此,四人阴差阳错地组成小队调查突袭事件背后的阴谋,并在神秘黑衣人的指示下,展开更加危险极具挑战的冒险。