鱼类基因组学及基因组育种技术

目录
**章 鱼类基因组及重要性状相关功能基因研究进展概述 1
**节 引言 1
第二节 全基因组测序技术发展概述 1
第三节 鱼类高密度遗传连锁图谱构建研究进展概述 3
第四节 鱼类物理图谱构建研究进展概述 4
第五节 鱼类全基因组测序与精细图谱绘制研究进展概述 6
第六节 鱼类基因组的特征 8
第七节 鱼类基因组进化 9
第八节 鱼类重要性状相关功能基因筛选与克隆研究进展概述 16
参考文献 25
第二章 半滑舌鳎基因组 36
**节 引言 36
第二节 半滑舌鳎高密度遗传连锁图谱 37
第三节 半滑舌鳎BAC文库与物理图谱 42
第四节 半滑舌鳎全基因组测序与精细图谱构建 43
第五节 半滑舌鳎功能基因注释与基因家族 48
第六节 半滑舌鳎基因组与性染色体进化 51
第七节 半滑舌鳎转录组分析 56
第八节 半滑舌鳎生殖和生长相关基因的克隆与功能分析 60
第九节 半滑舌鳎性逆转的表观遗传学调控机制 65
参考文献 72
第三章 鲤基因组 78
**节 引言 78
第二节 鲤遗传连锁图谱 79
第三节 鲤BAC文库构建与物理图谱 82
第四节 鲤全基因组组装与注释 95
第五节 鲤基因组进化 98
第六节 鲤遗传多样性分析 100
第七节 鲤SNP分型工具开发 102
第八节 重要经济性状、数量性状位点研究 104
第九节 鲤性状解析及基因功能研究 106
第十节 总结和展望 110
参考文献 111
第四章 草鱼基因组 118
**节 引言 118
第二节 草鱼高密度遗传连锁图谱 119
第三节 草鱼BAC文库构建 132
第四节 草鱼基因组组装 135
第五节 草鱼基因组注释和基因进化 142
第六节 草鱼食性转变机制研究 153
参考文献 158
第五章 大黄鱼基因组 164
**节 引言 164
第二节 大黄鱼BAC文库构建与物理图谱 165
第三节 大黄鱼全基因组组装与精细图谱 167
第四节 大黄鱼基因功能注释与基因家族 170
第五节 大黄鱼基因组进化分析 171
第六节 大黄鱼免疫性状的基因组特征 178
第七节 大黄鱼对环境胁迫的适应性机制研究 181
第八节 大黄鱼高密度遗传连锁图谱和染色体图谱 191
参考文献 196
第六章 菊黄东方鲀基因组 198
**节 引言 198
第二节 菊黄东方鲀全基因组测序与组装 202
第三节 菊黄东方鲀基因组结构特征 206
第四节 菊黄东方鲀功能基因注释与基因家族 211
第五节 菊黄东方鲀基因组进化 216
参考文献 218
第七章 牙鲆基因组 222
**节 引言 222
第二节 牙鲆高密度遗传连锁图谱 223
第三节 牙鲆BAC文库构建及其应用 228
第四节 牙鲆全基因组测序与精细图谱绘制 231
第五节 牙鲆基因组结构和功能注释 234
第六节 牙鲆基因家族及其进化 238
第七节 牙鲆体色不对称的分子机制 241
参考文献 246
第八章 金线鲃基因组 250
**节 引言 250
第二节 金线鲃全基因组测序与组装 251
第三节 金线鲃基因组特征与进化 256
第四节 金线鲃比较基因组学研究与转录组分析 258
第五节 总结与展望 262
参考文献 263
第九章 鱼基因组 266
**节 引言 266
第二节 鮸鱼全长cDNA文库和转录组文库测序 267
第三节 鮸鱼全基因组测序与组装 270
第四节 鮸鱼基因组特征与注释 276
第五节 鮸鱼系统发生与基因组进化 285
第六节 鮸鱼免疫系统特征 291
第七节 鮸鱼对生境的感官适应 296
参考文献 309
第十章 大菱鲆基因组 315
**节 引言 315
第二节 大菱鲆分子标记开发与高密度遗传连锁图谱构建 316
第三节 大菱鲆性别相关分子标记的筛选与鉴定 318
第四节 大菱鲆cDNA文库构建与功能基因发掘概述 320
第五节 大菱鲆BAC文库构建与染色体FISH定位 322
第六节 大菱鲆全基因组测序及精细图谱绘制与分析 325
参考文献 330
第十一章 龙鱼基因组 334
**节 引言 334
第二节 金龙鱼高密度遗传连锁图谱构建 335
第三节 龙鱼全基因组测序与组装 339
第四节 龙鱼基因组特征与进化 345
第五节 龙鱼转录组分析 348
第六节 金龙鱼性别决定及候选调控基因dmrt3a 350
第七节 总结与展望 351
参考文献 353
第十二章 鱼类性别决定基因各论 356
**节 引言 356
第二节 半滑舌鳎雄性决定基因dmrt1 357
第三节 罗非鱼雄性决定基因amhy/amhrⅡ 363
第四节 青鳉雄性决定基因DMY 369
第五节 青鳉雄性决定基因gsdf 374
第六节 虹鳟雄性决定基因sdy 381
第七节 红鳍东方鲀性别决定基因amhr2 384
第八节 银汉鱼雄性决定基因amhy 388
参考文献 391
第十三章 鱼类抗病免疫相关基因各论 396
**节 引言 396
第二节 鱼类抗菌肽基因 396
第三节 鱼类主要组织相容性复合体（MHC）基因 403
第四节 鱼类天然抗性相关巨噬蛋白（Nramp）基因 410
第五节 鱼类趋化因子基因 414
第六节 鱼类溶菌酶基因 424
第七节 鱼类自然杀伤细胞增强因子（NKEF）基因 429
第八节 鱼类STAT3和STAT2基因 433
第九节 鱼类GRIM19基因 439
第十节 鱼类Akirin基因 446
参考文献 451
第十四章 鱼类低温适应的分子机制 461
**节 引言 461
第二节 极地低温适应鱼类基因组和转录组的特征 461
第三节 鱼类低温响应的基因调控网络 466
第四节 鱼类抗冻蛋白基因的起源及对其低温适应功能的再认识 470
第五节 **低温环境下鱼类基因丢失与血液发生系统的分子进化 471
参考文献 473
第十五章 比目鱼类变态的分子基础 476
**节 引言 476
第二节 调控牙鲆眼睛移动的分子基础 481
第三节 调控牙鲆额骨变形的分子基础 490
第四节 调控牙鲆背鳍冠状幼鳍发生的分子基础 499
第五节 变态过程中甲状腺激素调控比目鱼类体型变化 504
参考文献 512
第十六章 淡水养殖鱼类基因组编辑技术的建立与应用 518
**节 引言 518
第二节 基因组编辑原理 519
第三节 淡水养殖鱼类基因组编辑 525
第四节 基因组编辑技术在罗非鱼性别控制中的应用 530
第五节 基因组编辑技术在鱼类遗传改良和育种中的应用前景 538
参考文献 540
第十七章 海水养殖鱼类基因组编辑技术的建立与应用 545
**节 引言 545
第二节 海洋模式动物基因组编辑技术研究进展概述 546
第三节 海水鲆鲽鱼类胚胎显微注射技术 546
第四节 海水鲆鲽鱼类基因组编辑技术的建立与应用 549
第五节 基因组编辑技术在海水鱼类遗传改良中的应用 561
参考文献 562
第十八章 鲆鲽鱼类全基因组选择育种技术的建立与应用 564
**节 引言 564
第二节 全基因组选择的基本原理 566
第三节 鱼类全基因组选择SNP遗传效应及基因组育种值的预测方法 567
第四节 牙鲆全基因组选择技术的建立及‘鲆优2号’良种的创制 569
第五节 半滑舌鳎抗病性状的全基因组选择技术 580
参考文献 587
第十九章 鱼类基因组及其育种技术的发展战略与建议 589
**节 鱼类基因组及其育种技术研究存在的主要问题 589
第二节 发展战略与关键技术 591
第三节 重点科研计划项目建议 592
第四节 展望 594
参考文献 595
附录1 缩略词 596
附录2 基因/蛋白质名称 601