全面查清珠江口深圳海域在不同水情和潮期下的流速、流向、潮位及纳潮量等潮流动力特征，及海域水环境、沉积环境和生态环境质量现状；调查并掌握珠江口深圳海域主要陆源入海污染源包括污染源地理信息、排污特征、常规污染物和特征污染物含量与分布特征等基本信息；查明营养盐、石油类、需氧有机污染物等主要污染物在海洋环境中的迁移转化规律，计算出主要污染物在珠江口深圳海域的环境容量；从管理政策方面系统提出基于海洋环境容量的排放总量控制制度、陆海统筹保护模式和流域管理协调机制，持续改善该海域生态环境质量，以缓解和减轻珠江口深圳海域海洋生态环境恶化态势，促进珠江口海洋资源的可持续利用和深圳海洋经济的可持续发展。
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