内有文官党派纷争,外无武官英雄崛起,恰逢战事众生缭乱,体制上政治制度内部牵制消耗、外力无法使出,南明之倾根源可溯。《南明史:1644—1662》的目的是回答“明朝为什么会灭亡”这一问题。由此出发,作者司徒琳所讨论的是明朝世袭君主统治失陷后18年的历史进程中所映射出来的溃败根源。书中通过大量的史料梳理,主要把明朝由强变弱的原因归结为“文武之间无法取得统一和协调”“大臣们在如何作为皇帝的辅弼问题上陷入了困境”。作者同时注意到以上两点并不是仅有的两个把明朝引入灭亡的原因,近代经济变迁的也是原因之一,但朝廷内部冲突造成抵制外力的失败仍是明朝灭亡主要的原因,而这内部冲突的根源,在朱元璋太祖从一开始设计官僚制度时就已埋下。随着时间推移,文官内部的党派纷争、在外武官战斗力沦为平庸,内忧外患,大厦将倾。