生物信息学实践

第一章生物信息学分析基础工具与平台配置
第一节文本编辑器
一、常用的文本编辑器
二、UltraEdit
三、Vi编辑器
第二节Linux系统基础
一、软件安装
二、PATH路径设置
三、必备Linux命令
四、Linux系统的输出重定向与管道
五、中文版Linux改为英文版
六、开启FTP服务
第三节生物信息学实验室局域网
一、生物信息学局域网实例
二、远程登录
第四节Windows系统下构建本地BLAST
一、BLAST的下载安装
二、Blast的使用
三、实例讲解
参考文献
第二章生物信息数据库的使用与构建
第一节NCBI数据库资源
NCBI数据库检索
第二节数据存储格式
一、FASTA格式
二、FASTQ格式
三、Genebank格式
四、EMBL格式
五、采用XML实现生物数据库的整合
第三节著名的生物信息学数据库
第四节生物信息学数据库的构建方法
一、Apache的安装与启动
二、MySQL的安装与配置
三、PHP的安装与配置
四、不能安装的情况
五、利用Windows Server搭建数据库服务器
参考文献
第三章基于蛋白质结构的计算机辅助药物设计
第一节蛋白质二级结构
一、α螺旋
二、β片层
三、β转角
四、蛋白质二级结构预测
第二节蛋白质结构数据库及其检索
一、PDB数据库检索
二、蛋白质结构数据的存储格式
三、蛋白质结构可视化
第三节蛋白质结构的预测
一、国际蛋白质结构预测技术评估大赛(CASP)
二、利用SWISSMODEL预测蛋白质的三级结构
第四节分子对接工具Autodock
一、Autodock程序的安装
二、小分子的来源和处理
三、大分子的处理
四、两个参数文件（gpf和dpf）的设置
五、结果的处理
第五节分子模拟原理与工具
一、分子模拟的主要方法
二、分子模拟常见工具
第六节分子动力学模拟工具Amber
一、生成小分子模板
二、处理蛋白质文件
三、生成拓扑文件和坐标文件
四、能量优化
五、LEAP使用
六、MD过程
七、VMD的使用
八、观看并保存图像的步骤
九、RMS计算
十、结果数据处理
参考文献
第四章转座子的生物信息学分析
第一节转座子的分类
一、分类级别
二、自主与非自主转座子
三、转座子的命名
四、转座子的生物信息学分析
五、重复序列挖掘工具
第二节RepeatMasker和RepeatModeler
一、RepeatMasker的安装
二、RepeatModeler的安装
三、RepeatMasker的操作
四、RepeatMasker搜索的过程
五、两个Perl程序
六、联合多个重复序列数据库
七、RepeatMasker的其他参数
八、Out结果文件
九、RepeatModeler的使用
第三节LTRharvest
第四节序列去冗余
第五节Circos绘图
一、Circos的安装
二、Circos的颜色
三、图像分析
四、核型文件
五、ideogram标签
六、连接
七、图像输出
八、直方图
九、Highlights图
十、容易出现的问题
参考文献
第五章生物信息学资源
第一节网络资源
一、在线工具链接Expasy
二、常用生物软件分类与下载
三、生物信息学中文论坛
第二节期刊与机构
一、生物信息学期刊
二、生物信息学机构
第三节在线小工具
一、开放阅读框查找工具ORF Finder
二、绘制GO注释结果
三、蛋白质组成和稳定性分析ProtParam
四、启动子区预测工具Promoter
五、序列logo
六、蛋白质序列综合分析工具PredictProte
七、信号肽
八、比较分析图绘制工具VENNY
第四节生物信息学分析软件
一、EMBOSS
二、EMBOSS运行示例
三、综合序列分析软件DNAstar
四、分子生物学常用工具简介
参考文献
第六章分子进化
第一节分子进化基础
一、构建进化树的算法
二、进化树格式
三、进化树的图形显示
四、进化软件
第二节通过phylip构建进化树
一、准备
二、通过Clustal将Fasta格式的序列进行比对并保存为phy格式
三、使用seqboot设置重复数量
四、通过似然法计算进化树
五、构建一致树
六、图片制作
参考文献
第七章生物信息学编程基础
第一节Perl语言
一、CPAN
二、正则表达式
三、Bioperl的安装
第二节统计语言
一、R语言
二、其他统计分析工具
参考文献
附录一生物信息学常用词汇表一
附录二生物信息学常用词汇表二