《秦简牍整理与研究》是教育部哲学社会科学研究重大课题攻关项目“秦简牍的综合整理与研究”(项目编号08JZD0036)的最终成果,基于对出土秦简牍文献的整理、解读和辨析,以及对学界已有研究成果的梳理,围绕秦代和战国晚期秦国(有时也涉及西汉)的制度、法律、政区以及天文、音律、纪时、语言等问题,展开探讨。《秦简牍整理与研究》共有正文14章、附录3篇。第1章讨论文书制度,认为表示开启文书用语的“半”改为“发”,发生在秦始皇三十年6月至9月;“检”仅用于以邮行的文书,大概只是指带封泥槽的那种物品;而书写有收件方、发件方等信息的板形物件,则是所谓“署”;“以次传”可以与“以邮行”叠加使用,形成高效率的传递网络。第2、3章从里耶出土秦迁陵县资料出发,考察秦县属下几个官署的组成和职能,指出“田”管理民间的农事,“田官”则管理公田;“库”负责兵器和车辆的储藏、调配,也有制作车辆部件的记录。第4、5章讨论经济制度。其中第四章探讨“入钱垢中”律涉及官府多种非常规收入的含义及其去向;第五章讨论睡虎地秦简《秦律十八种.仓律》41、43号简文的复原,以及与此相关的粮食计量系统和换算关系。第6章考证睡虎地秦简《秦律十八种.置吏律》“十二郡”的郡名及其设置次第,认为这十二郡是秦昭襄王晚期的形势,并探讨“十二”可能具有的特别含义。第7章至第9章研究法制问题。其中第七章讨论“篇章结构”、“集类为篇”、“罪刑表述”、“解释与适用”等法律文献的编纂问题;第八章讨论令、式、课等法律形式制订和意义;第九章讨论“坐赃”、“以律论”、“与同法”、“坐赃为盗”等用语的律义内涵。第10章至第13章,讨论与科学、技术相关的问题。其中第十章考察放马滩秦简曰书乙种的律占资料,认为早在公元前3世纪,就已经产生了完整的律学体系;这里音律所具有的主要功能是律历占,而不是为了制定严格意义上的乐律法则。第十一章考察放马滩秦简日书乙种《星分度》,发现该篇所见距度数值与阜阳西汉汝阴侯墓“二十八宿盘”及《开元占经》所引刘向《洪范传》中的古度属于同一系统。第十二章指出,秦汉时期的时分纪时制,可以肯定是十二时制和十六时制两种,十八时制、二十八时制和三十二时制都难以成立。第十三章根据红外线图像,指出放马滩木板地图的方向实为上南下北,进而对地图中的地域、山川所在加以考定。第14章讨论秦简中“所”、“可/可以”的语法及相关问题。附录一至三,是几位外国学者撰写的西方学界、日本学者、韩国学者对于秦简牍研究历程的综合叙述,涉及的时间起自1975年末睡虎地秦简出土,止于2013年。