2016卷《年鉴》共20个部分：综述篇；文献篇；会议与活动篇；专题篇；业务篇；中药篇；直属单位篇；地方篇；医疗机构篇；科研机构篇；院校篇；社会组织篇；大事记篇；数据篇；荣誉篇；管理干部篇；机构名录篇；港澳台地区篇；国外篇；附录篇。文献篇下设3个专栏：①中共中央、国务院文件与党和国家领导人讲话、批示；②部门重要文件与领导讲话；③论坛。会议和活动篇以时间排序（会议、活动在前，比赛和培训班在后）。专题篇下设12个专栏：①中国中医科学院成立60周年；②屠呦呦荣获2015年诺贝尔生理学或医学奖；③“十二五”中医药事业概览；④中医药事业发展规划、政策和机制建设；⑤中医药健康服务发展；⑥国家中医药综合改革试验区（市、县）；⑦中医药参与医药卫生体制改革；⑧中医药服务贸易；⑨国家中医临床研究基地建设；⑩中医药参与重大突发事件和重大传染病防治；11中药材保护与发展；12“三严三实”专题教育。业务篇下设13个专栏：①政策法规与监督；②医政工作；③人事与教育工作；④科技工作；⑤国际交流与合作；⑥内地与港澳台交流与合作；⑦文化建设；⑧新闻宣传工作；⑨中医药投入与预算管理工作；⑩党建工作与群团工作；11党风廉政建设与反腐倡廉工作；12综合性工作及其他。医疗机构篇、科研机构篇调整了部分内容，为方便读者查阅，两篇均以表格形式收录。社会组织篇下设3个专栏：①全国性社会组织；②总部设在中国的中医药国际组织；③地方性社会组织。数据篇下设6个专栏：①中医资源；②中医医疗机构运营与服务；③中医教育；④中医药科研；⑤中医财政拨款；⑥中医药期刊。附录篇下设2个专栏：①2015年国家中医药管理局联合印发文件；②2015年国家中医药管理局印发文件。医疗机构篇、科研机构篇统计数据由中国中医科学院信息所提供。科研机构包括中央级、省级、地市级中医、中西医、民族医科研机构；医疗机构只收录中央级、省级中医、中西医、民族医医疗机构。数据篇数据系由国家中医药管理局发布的《中医药数据统计摘编》（不包括香港、澳门特别行政区及台湾地区数据）。
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