水资源生态补偿是指为实现社会经济可持续发展,对某一流经多省级行政区的水资源采取的一系列恢复、保护、治理等活动的总称。本文从水资源补偿主客体、补偿标准与途径等方面构建了跨省流域水资源生态补偿基本构架,并以南水北调中线工程为例,并运用Malmquist-DEA法对现有水资源治理资金绩效进行初步评估。水资源生态补偿税制建设的具体实现途径有两条,一是实行水排污费税改革,推动水排污收费向征税转移;二是扩大资源税征收范围,尽快开征水资源税。本研究的主要结论是:1. 水资源生态补偿需要清晰界定流域的产权以及健全水环境法制体系,现有水资源生态补偿收费制度在执行中政策执行力弱、行政裁量权空间过大,不利于有效保护和利用水资源,推动水资源和水排污费税改革迫在眉睫。2. 水资源费税改革的方向是将水资源费纳入到资源税制改革的总体框架中考虑,扩大资源税的征收范围。3. 水排污费税改革需要对现有的水排污收费制度进行重构,较大幅度提高企业排污成本,合理提高居民生活污水负担。4. 政府在水资源治理保护方面,要加大对水环境治理投资力度,弱化GDP指标在地方政府官员政绩考核中的作用,强化环境生态指标对地方官员政绩考核。5. 政府需要提高水资源生态补偿资金的运用效率,提高水资源治理科学技术,加强水资源治理科技国际合作。