《当代中国企业工会保护劳动权的法经济学分析》主要采用的研究方法包括:经济分析方法、实证研究方法、规范研究方法和比较研究方法。其中,经济分析方法是本文重要的研究方法。《当代中国企业工会保护劳动权的法经济学分析》使用法经济学中的均衡、成本收益分析、交易费用、博弈等理论分析工具,对工会存在的理由和规模、集体谈判权的发挥、工人参加工会的选择权等方面逐一进行了分析。实证研究方法主要是指文献研究法。《当代中国企业工会保护劳动权的法经济学分析》中引用的有关数据依赖于有关机构公布的相关数据和文献资料。规范研究方法是指研究工会保护劳动权的有关法律法规以及相关制度涉及的公平、公正、自由、效率等各方面的价值判断和价值排序的问题,如工人有选择是否加入工会的自由,工会保护劳动权不仅应当实现公平与公正,还应实现效率,以审视目前工会保护劳动权相关制度的价值合理性,并提出立法改进的建议。最后,《当代中国企业工会保护劳动权的法经济学分析》采用比较研究方法,对中外工会和工会法等有关情况进行了比较。