骆驼基因组学研究

第1章 引言
1．1 研究背景和意义
1．2 国内外研究进展
1．2．1 骆驼科动物的进化
1．2．2 现存骆驼科动物的生物学特性
1．2．3 生物信息学及其发展历史
1．2．4 基因组测序技术
1．3 研究内容
第2章 骆驼科动物全基因组序列的测序与组装
2．1 材料与方法
2．1．1 试验材料
2．1．2 DNA提取及检测
2．1．3 基因组测序
2．1．4 测序数据过滤
2．1．5 K-mer分析估计基因组大小
2．1．6 小片段数据纠错
2．1．7 骆驼科动物基因组的组装
2．1．8 骆驼科动物基因组的测序效果评价
2．2 结果与分析
2．2．1 DNA样品检测结果
2．2．2 基因组测序结果
2．2．3 测序数据过滤结果
2．2．4 K-mer分析估计基因组大小的结果
2．2．5 小片段数据纠错的结果
2．2．6 3个骆驼科动物基因组的组装结果
2．2．7 3个骆驼科动物基因组的组装后基因组分析
2．3 讨论
2．3．1 测序物种的选择
2．3．2 测序平台与策略
2．3．3 基因组大小的估计
2．3．4 基因组的组装指标
2．4 本章小结
第3章 骆驼科动物的基因组注释
3．1 材料与方法
3．1．1 试验材料
3．1．2 重复序列注释
3．1．3 基因预测
3．1．4 功能注释
3．1．5 ncRNA注释
3．1．6 基因集评估
3．1．7 直系同源关系分析
3．2 结果与分析
3．2．1 重复序列注释统计结果
3．2．2 基因预测统计结果
3．2．3 功能注释统计结果
3．2．4 ncRNA注释统计结果
3．2．5 基因集评估统计结果
3．2．6 直系同源关系分析结果
3．3 讨论
3．3．1 骆驼科动物基因组重复序列的注释
3．3．2 骆驼科动物基因组基因结构的预测
3．3．3 骆驼科动物基因组基因功能和非编码RNA的注释
3．4 本章小结
第4章 骆驼科动物基因组进化分析
4．1 材料与方法
4．1．1 试验材料
4．1．2 共线性鉴定
4．1．3 片段复制分析
4．1．4 基因家族聚类分析
4．1．5 物种进化树的构建
4．1．6 物种分歧时间的计算
4．1．7 分支特异性Ka/Ks率计算
4．1．8 SNP判读和分布比较分析
4．1．9 群体历史重建
4．2 结果与分析
4．2．1 共线性鉴定结果
4．2．2 片段复制分析结果
4．2．3 基因家族聚类分析结果
4．2．4 物种进化树的构建结果
4．2．5 物种分歧时间的计算结果
4．2．6 分支特异性Ka/Ks率计算结果
4．2．7 SNP判读和分布比较分析结果
4．2．8 群体历史重建结果
4．3 讨论
4．3．1 骆驼科动物基因组的共线性与片段复制
4．3．2 骆驼科动物进化关系和分歧时间推算
4．3．3 骆驼科动物的选择压力
4．3．4 骆驼科动物的群体历史规模的变化
4．4 本章小结
第5章 骆驼沙漠适应性的比较基因组学分析
5．1 材料与方法
5．1．1 试验材料
5．1．2 基因家族收缩扩张分析
5．1．3 正选择分析
5．1．4 包含特异氨基酸变异的蛋白筛查
5．1．5 基因获得和缺失
5．1．6 快速进化
5．2 结果与分析
5．2．1 基因家族收缩扩张分析结果
5．2．2 正选择分析结果
5．2．3 包含特异氨基酸变异的蛋白筛查结果
5．2．4 基因获得和缺失结果
5．2．5 快速进化基因结果
5．3 讨论
5．3．1 骆驼能量代谢
5．3．2 骆驼应激能力
5．3．3 骆驼对沙尘和日照的适应性
5．3．4 骆驼对缺水的适应性
5．4 本章小结
第6章 双峰驼肾脏的转录组分析
6．1 材料与方法
6．1．1 试验材料及试验处理
6．1．2 RNA提取及检测
6．1．3 RNA样品处理与测序
6．1．4 转录组数据过滤
6．1．5 基因表达水平计算
6．1．6 差异表达基因筛选
6．1．7 差异表达基因的GO功能显著性富集分析
6．1．8 差异表达基因的通路显著性富集分析
6．2 结果与分析
6．2．1 RNA提取检测结果
6．2．2 转录组测序的碱基组成和碱基质量分析结果
6．2．3 双峰驼肾脏转录组基本分析结果
6．2．4 双峰驼肾脏转录组基因表达注释结果
6．2．5 双峰驼肾脏转录组基因差异表达分析结果
6．2．6 双峰驼肾脏转录组差异表达基因的GO分析结果
6．2．7 双峰驼肾脏转录组差异表达基因的通路富集分析结果
6．3 讨论
6．3．1 骆驼肾脏钠重吸收相关基因的转录特点
6．3．2 骆驼肾脏水孔蛋白基因家族转录特点
6．3．3 骆驼肾脏的高渗调节特点
6．3．4 骆驼肾髓质有机适应性渗透物的调节
6．3．5 骆驼肾髓质的渗透调节与血糖
6．3．6 骆驼肾髓质的渗透保护
6．4 本章小结
第7章 全书总结
7．1 全书结论
7．2 研究创新点
7．3 有待进一步研究的内容
7．3．1 基因组组装版本的更新
7．3．2 基因组注释工作的完善
7．3．3 骆驼科动物进化基因的研究
7．3．4 骆驼肾脏生理的分子和细胞学研究
缩略词表
附录
参考文献