《卓尼土司与木里土司制度比较研究》就明代以来中央政府对藏区的施政为背景,通过中央政府对藏区逐步推行的土司制度,深入剖析比较西北藏区土司与西南藏区土司制度的特点。进而以此为基础,通过对西北卓尼杨氏土司和西南木里项氏土司的比较,总结分析二者从做大做强到最后衰落的原因。笔者认为,藏区土司的特点就是土司为了生存,不时依附于中央政府,以期扩张自己的势力,当中央政府力量强大时,土司能谨守王命;当中央政府力量弱小时,土司便结合周围势力及寺院势力趁机扩张势力。《卓尼土司与木里土司制度比较研究》之所以选卓尼土司与木里土司制度比较作为研究课题,除了二者有相似的地理区域性(都处于藏彝走廊)、都经历了相当长的历史时期(卓尼土司从明至中华人民共和国,木里土司从清至中华人民共和国),主要的是二者都是政教合一的承袭制度。卓尼土司表现为:政属于土司,教属于僧纲,兄任民长,管理民政,弟任寺主,主持宗教;土司长子承袭土司,次子例袭僧纲,遇独子时,土司兼任僧纲。而木里土司具体表现为:土司必须出家当喇嘛,大喇嘛和土司是一体的。土司不嫁娶,继承方式采取兄弟、叔侄、舅甥传承。此外还有“候袭”制度。其次,两者的宗教文化有可比性。两者都是格鲁派,与西藏关系密切,与所属寺院的关系非常紧密。卓尼土司政教合一将土司与禅定寺绑在一起,土司与禅定寺一荣俱荣,一损俱损,禅定寺僧俗势力都属土司治下。木里土司三大寺与西藏三大寺实行对口交流,这种形式使得木里也成为康南地区藏传格鲁派的圣地,反过来,三大寺的存在也维护了土司家族的统治。总之,两者在西北土司和西南土司群中,都有其自身的典型性。