《流域水生态文明建设理论、方法及实践》分为两篇，上篇为“流域水生态文明建设理论与方法”，从“全流域”着眼，基于流域生态学与流域生态系统管理理论，探索流域水生态文明的概念与内涵；从城市化进程影响流域水循环、水资源分配、水环境质量和水生态系统演变等角度，聚焦流域水生态文明建设“热点”“难点”，探讨流域水生态系统健康评价方法及应用；基于水资源与水功能分区、生态水文分区、水生态区划和水生态功能分区等成果，提出流域水生态文明建设分区，为流域水生态文明建设模式的构建提供基础。下篇为“流域水生态文明建设实践与展望”，选择桂江作为流域水生态文明建设示范区，以流域水生态文明建设理论、方法和关键技术为指引，对流域水资源保护、水利基础设施建设、水生态保护修复等工作做出科学部署。
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