《中华医学百科全书》按基础医学类、临床医学类、中医药学类、公共卫生类、军事与特种医学类、药学类的不同学科分卷出版。一学科辑成一卷或数卷。《中华医学百科全书:医学细胞生物学》基本结构单元为条目,主要供读者查检,亦可系统阅读。条目标题有些是一个词,例如“炎症”;有些是词组,例如“弥散性血管内凝血”。由于学科内容有交叉,会在不同卷设有少量同名条目。例如《肿瘤学》《病理生理学》都设有“肿瘤”条目。其释文会根据不同学科的视角不同各有侧重。条目标题上方加注汉语拼音,条目标题后附相应的外文。例如:《中华医学百科全书:医学细胞生物学》条目按学科知识体系顺序排列。为便于读者了解学科概貌,卷首条目分类目录中条目标题按阶梯式排列,例如:各学科都有一篇介绍本学科的概观性条目,一般作为本学科卷的首条。介绍学科大类的概观性条目,列在本大类中基础性学科卷的学科概观性条目之前。条目之中设立参见系统,体现相关条目内容的联系。一个条目的内容涉及其他条目,需要其他条目的释文作为补充的,设为“参见”。所参见的《中华医学百科全书:医学细胞生物学》条目的标题在本条目释文中出现的,用蓝色楷体字印刷;所参见的《中华医学百科全书:医学细胞生物学》条目的标题未在本条目释文中出现的,在括号内用蓝色楷体字印刷该标题.另加“见”字;参见其他卷条目的,注明参见条所属学科卷名,如“参见□□□卷”或“参见□□□卷□□□□”。《中华医学百科全书:医学细胞生物学》医学名词以全国科学技术名词审定委员会审定公布的为标准。同一概念或疾病在不同学科有不同命名的,以主科所定名词为准。字数较多,释文中拟