《R语言基础》精心安排了9章内容：第1章为R语言概述和《R语言基础》约定的表述方法介绍。第2章以非常低的门槛介绍R语言的基本操作，既是基础知识，也是快速入门。第3～4章详细介绍了R语言的数据类型和数据管理方法；由于R语言数据类型和相关处理方法非常多，《R语言基础》仅选取了生命科学中常处理的数据类型进行介绍，相关函数也经过了精心挑选。文本挖掘在生命科学领域具有相当重要的地位，如基因本体、途径以及文献分析等，而这部分内容也相对难以掌握，因此我们将“文本操作”独立成章专门介绍。第5～6章是R语言的优势应用，即绘图和统计，由于这方面的内容非常烦杂，不可能包罗万象地讲解，我们建议以讲授基本方法为主。第7～8章讲授R函数的自定义方法以及R扩展包的编写。与使用其他语言的编写大型应用相比，R扩展包的编写非常简单，也非常实用，应该纳入教学计划中。第9章简要介绍了生命科学的主要R项目Bioconductor，以方便学生日后自学和应用。
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