《东亚的王权与思想》全书分为四大部分。第一部分是“政治体制的思想”,描述了一个独特奇异的、以儒教观念难以想象的、武士统治的社会,并阐明了这个社会的维持方式与思想的关系。第二部分是“东亚诸社会与思想”,通过导入与中国、韩国比较的视野,内在地理解中国“读书人”和韩国“两班”的社会学特征,鲜明地对照出日本儒学者的存在方式,描绘出他们作为知识人在世界上也属罕见的境遇,以及思想与体制碰撞所导致的儒学自身的变化。第三部分是“日本的儒学与国学的心性”,阐述了儒学的引进对日本所产生的种种刺激,以及由此带来的思想多样化,儒学与各种思想,特别是与日本“国学”的碰撞。第四部分是“西洋的‘近代’与东亚”,通过阐述西洋的“近代”在东亚各国的演化,对照出日本的独特型态。