乾隆二十七年(1762年),清朝设置“总统伊犁等处将军”简称“伊犁将军”,至1912年止。伊犁将军节制塔尔巴哈台参赞大臣、乌鲁木齐都统、喀什噶尔参赞大臣,是新疆高军政首脑,有统率驻军、考察官吏、屯田置牧、组织生产、核征赋税、巡边守土等职能。光绪十年(1884年)新疆建省后,巡抚执掌伊犁将军的军政大权,成为军政一把手,伊犁将军只负责伊犁和塔尔巴哈台的防务和军政。部分伊犁将军、新疆巡抚奏议保留至今,所条陈新疆事务,是研究当时政治、经济、军事、行政管理的一手资料。清朝根据奏议,形成了治理新疆政策措施;而贯彻执行中央治疆政策,也主要靠这些官员。《清代伊犁将军奏议选编(套装共18册)》收录了诸如伊犁将军萨迎阿、松筠、奕山、布彦泰、荣全、马亮、广福、长龄、长庚、那彦成以及新疆巡抚刘锦棠、陶模、联魁等军政大员的奏疏,起自乾隆、嘉庆、道光、咸丰、同治、光绪,止于宣统朝,适当补充了钦差大臣、陕甘总督等名臣的奏疏。全编内容具有两个主要特点:一是奏议维护新疆统一和稳定等措施,设官建制,巩固统治;二是,伊犁将军、大臣、巡抚对新疆行政、经济、屯田、边防事务等看法和对策,不涉及民族宗教争议问题,具有历史借鉴意义。