全书共三十章,按时间顺序分为四个部分:古希腊古罗马时期、中世纪时期、文艺复兴时期以及近代新篇章。每一章都以一个特定的人物或历史事件为主题,如苏格拉底之死、宗教裁判所、十字军东征等,讲述人类文明发展史中发生过的宽容与不宽容。这是一部西方宗教发展史,同时也是一部人类文明进化史。在《宽容》里,房龙从人文主义立场出发,从历史源头反省人类的愚昧和偏执,他发现对于异己的恐惧是所有不宽容的起因。由于信仰、道德、风俗等的不同,人类形成了不同的利益群体。每个群体在偏执和固执所构成的壁垒森严的城堡里,抵御着外界和来自外界的影响。偏执和固执给人类带来了很多悲剧,许多追求自由新知的人物为冲出这壁垒而殉身。