《藏传佛教史研究·明代卷》(以下简称《明代卷》)对1372年(藏历第6饶迥水鼠年)至1644年(藏历第11饶迥木猴年)即明朝时期藏传佛教的历史发展进行了全面的论述和介绍。总体来讲,《明代卷》系统梳理了明代藏传佛教的历史发展脉络,并探析了明代藏传佛教的基本特点,其中涉及各教派、寺院、活佛、甘丹赤巴和高僧大德等。笔者在写作过程当中,有些教派历史比较完整,比如说觉囊派,为了完整理解觉囊派的历史脉络,笔者采取了追根溯源的方法,甚至涉及元末、清初的部分事件和人物。除此而外,有些章节内容在论述时,笔者尽量做到具体细致,比如说色拉寺和哲蚌寺等历史。撰写《明代卷》时,笔者参考了大量的藏文资料,在藏文文献资料搜集和引用上下了很大工夫,这也许是《明代卷》的亮点也是《明代卷》的学术贡献,但不免有繁琐之嫌。