《郭慶藩與王先謙比較研究》主要分为四个部分:首章为绪论。这一部分首先简要介绍历代《庄子》研究概况;其次介绍郭庆藩《集释》、王先谦《集解》及其研究概况,最后指出《郭慶藩與王先謙比較研究》的研究目的及方法。第二章为注释内容的比较。首章是《郭慶藩與王先謙比較研究》研究的重点,主要从注字音、辨文字、释词义、论修辞、解题旨、明句读、做校勘和引他说八个方面对郭、王两注的注释内容进行比较。第三章为注释术语的比较。主要从注释术语的形式和功能两方面,对郭注、王注中注音、辨字、释义和校勘四种术语的使用情况进行考察,总结归纳其异同。第四章为徵引书证的比较。本章从引书的角度对郭庆藩《集释》、王先谦《集解》进行比较,试图发现二者引书的不同特点,并由此管窥其各自呈现的治《庄》特色。