《中国海域史》共分为五卷,即《总论卷》《渤海卷》《黄海卷》《东海卷》和《南海卷》。《总论卷》从中国人对海域的认识、中国古代造船技术发展、海洋经济与贸易等角度,系统介绍了从古至今中国人对海域的认知和中国海域的发展变迁。各海域的分卷则从具体角度论述自身的变迁历史,同时又各具特点。例如渤海和黄海北部最先进入国人的视线而且开发较早,在先秦时期中国文化的形成中发挥了重要作用;黄海和东海在东亚,尤其是中日、中朝的文化交流与碰撞中扮演了重要角色;东海和南海在明清以后,尤其是近代以后,在国家的发展与变迁中有重要地位。通过《中国海域史》的研究,说明中华文明不是仅限于陆地的“黄色文明”,同时也深具“蓝色基因”的海洋文明,海洋文明对中华文明的形成和变迁都发挥着重要作用。