全书分三个部分。第一部分“微生物基础实验”，以训练学生微生物基本操作能力为目的，包括无菌操作技术、培养基配制、消毒与灭菌、微生物计数、微生物分离鉴定、显微镜的使用、染色观察、生理生化实验、菌种保藏等。第二部分“微生物综合实验”，涉及与微生物应用相关的实验，培养学生对微生物学科的兴趣，包括环境因素对微生物的影响，蛭弧菌的分离观察及应用，土壤中分离固氮菌实验，微生物**实验，醪糟、酸奶、葡萄酒的制作等。第三部分“微生物分子生物学实验”，鉴于分子生物学在微生物分型、鉴定、组学分析等方面发挥了越来越重要的作用，特介绍此部分内容，为今后学生开展微生物相关的科研和学习提供知识储备，包括细菌质粒、DNA提取、16S鉴定、耐药基因检测、细菌脉冲场凝胶电泳分型、多位点序列分析、高通量测序、全基因组、宏基因组等。
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