上编《书品》以李调元《涵海》乾隆本为底本,与《养素轩丛录》本互校断句;中编《墨池琐录》以清人朱照廉校订本为底本,与《文渊阁四库全书》本互校断句;下编论书诗词则广泛参考了升庵《词品》《升庵诗话》等著作。另外还参考了卢圣辅先生主编之《中国书画全书》及其他经典版本,确定全书文字内容。首先为校勘部分,指出并纠正杨慎引文与己见之错误,列于原文条目之下,以【校】标明,如有多处错误,则按顺序排列。其次为注释,以【注】标明,位于【校】之后,按数目字顺序排列。在注释中,如有需要说明而不便纳入注解的话语,则以“按”提示之;如有需要补充注释或必须新增注释之处,则以【附注】标注,以次级数字顺序排列。在研究中,需要涉及其他艺术理论、艺术典故、重要术语、历史影响、比较分析等处,则以【译】作出评价,带有研究与评论的性质。需要附录他人诗文、相关文献、经典作品或图片处,则以【附】附录之。全书文字用简体字横排,并进行断句与标点,为生难字注上汉语拼音。杨慎书论征引历代书论文献甚多,以征引文献出现的频率和所引书论在历史上的影响力为标准,择其精要,附录于正文之中。书末附录了《明史·杨慎传》和明、清时期至今对杨慎的部分评论,以便读者全面了解杨慎书论思想及其来源,熟悉其生平与学术成就。