1199年,源赖朝去世。源赖朝死后,幕府政权被他的妻子北条政子和岳父北条时政掌握。自此幕府政权中将军成了摆设,实权则被北条氏世袭的执权所领导。1219年,北条义时唆使源赖家遗子源公晓暗杀源实朝,随后借此杀害源公晓,源氏家族绝嗣,北条政子成为统治者,并拥立与源氏有血缘关系的藤原赖经为将军。1221年,后鸟羽上皇策动倒幕战争,史称“承久之乱”,但以失败告终。 承久之乱后,公家政权开始衰落,武士阶层得到了前所未有的发展。但是镰仓幕府的稳定局面没有维持多久,中日两国的元日战争加速了镰仓幕府的衰退与覆灭,并加深了公家与武家的裂痕。1318年,后醍醐天皇即位,决心恢复皇室权威,废黜院政,开始亲征。1331年,后醍醐天皇再次密谋倒幕,后被幕府军打败,史称“元弘之乱”,后醍醐天皇被流放,第二次倒幕运动失败。 1333年,各地豪族都开始倒幕,幕府派足利高氏(足利尊氏)前去平乱,足利高氏早已不满北条氏专制政权,途中倒戈,攻下了镰仓,最后一代执权北条高时自杀,镰仓幕府灭亡。后醍醐天皇退位后败走吉野,日本进入南北朝时期。 公元1336年,足利高氏建立政权,是为最早的室町幕府。室町幕府直到第三代将军足利义满的时候才逐渐稳定下来。1392年,足利义满统一南北朝。足利义满重视对于寺社和地方守护的打压,对过于强大的地方势力给予严厉的压制。这一定程度上减弱了幕府的外部威胁,但并不能阻止内部隐患的产生。1467年,围绕将军继承问题,细川氏与山名氏两大派系的朋党倾轧达到了巅峰,最后直接诉诸武力,史称“应仁之乱”。“应仁之乱”后,各地大名看准了这个能够成为“天下人”的契机纷纷起兵,意图在乱世中一展身手,战国时代来临了。