回顾一百余年的云冈研究,从蓦然发现到声名远扬,石窟寺考古始终是支撑云冈学的栋梁。20世纪30年代末,日本东方文化研究所(现为京都大学人文科学研究所)组建的云冈石窟调查队进驻山寺,为了解历代寺院的建置情况,对昙曜五窟(第16-20窟)、第8窟和五华洞窟(第9-13窟)前,以及云冈山顶部分台地、龙王庙沟寺院遗址进行了小规模发掘。中华人民共和国成立后,云冈考古逐步深入。1972年和1987年,云冈石窟文物保管所在洞窟加固维修工程中,分别对五华洞窟前和龙王庙沟石窟窟前遗址进行了勘探发掘。1992~1993年,为了配合云冈石窟“八五”保护维修工程,山西省考古研究所、大同市博物馆、云冈石窟文物研究所组成联合考古队,对云冈石窟窟前地面进行了全面清理发掘,并对第3窟窟内及山顶东部佛教建筑遗址进行发掘。其中,第3窟遗址发掘被评为“1993年度全国十大考古新发现”。2008-2012年,为了配合云冈石窟山顶防渗水工程,山西省考古研究所、大同市考古研究所和云冈石窟研究院组成联合考古队,对云冈石窟中西部山顶进行了大规模的考古发掘,清理出北魏辽金佛教寺院遗址2座,荣获“2011年度全国十大考古新发现”。云冈石窟山顶考古发掘始于1940年。日本调查队在第3窟山顶挖了一条东西向的探沟,发现一处石板筑成的建筑基础和石雕狮头门枕石,以及有红色彩绘的白灰墙皮,还出土了筒瓦、波状纹板瓦、“传祚无穷”瓦当、“Y”形瓦钉等遗物,无疑属于北魏时期,可能是一座北魏寺庙遗址。同年,他们在云冈西部山顶的南部开了几条探沟,发现了三处建筑遗迹,包括长方形石板圈、一段石块路面、土坯砖砌筑的炕。出土遗物有板瓦、筒瓦、莲花纹瓦当、“传祚无穷”瓦当、绳纹砖、莲花建筑饰件、绿釉或无釉的滴水、灰陶盆和灰陶罐等,推测这里曾经有过一座北魏寺院建筑。