自然哲学分为三部分:力学、物理学、有机物理学。力学部分首先考察了抽象的空间和时间;其次考察了物质和运动,即物质与空间时间的关系,物质与物质的关系,这是有限力学;最后考察了自由运动的物质,这是绝对力学。物理学部分考察了物体的内在形式,这种形式通过物体的外在形态得到映现。到物理学阶段,物质有了个体统一性,聚合为物体,物体有自己的形式和规定性,摆脱了引力中心的吸回,因而在空间中有了自己的位置。物理学部分首先考察了物体的普遍个体性,即物体的直接的、自由的、物理的质;其次考察了物体的特殊的个体性,即物体形式与重力的关系,以及这种形式对重力的规定;最后考察了整体的、自由的个体性。第三部分是有机物理学,有机体是自在又自为的生命体。在有机物理学部分,黑格尔秉承了亚里士多德的三分法,把有机物理学分为三个领域:地质自然界,植物有机体,动物有机体。地质自然界也就是矿物界,矿物虽然现在只是有机物的尸骸,但它们曾经是有机物,所以黑格尔把地质自然界放入有机物理学中进行考察。