保护区内药用植物资源十分丰富,共有175科576属1034种,分别占保护区植物总科、属、种数的75.6%、70.9%、59.4%,占浙江省药用植物种数的32.9%,占中国药用植物种数的8.6%。药用植物中,苔藓植物有20科27属35种,蕨类植物有27科51属89种,裸子植物有5科7属8种,双子叶植物有107科402属755种,单子叶植物有16科89属147种。药用植物中,被《中华人民共和国药典(2020年版)》收录的有130种;被《浙江省中药炮制规范(2015年版)》收录的有194种;被《国家重点保护野生植物名录》(2021)收录的有25种;被《浙江省重点保护野生植物名录(批)》收录的有8种;被《中国生物多样性红色名录——高等植物卷》(简称《中国多样性红色名录》)评估为易危(VU)及以上等级的有21种,其中,极危(CR)1种,濒危(EN)3种,易危17种;被《濒危野生动植物种国际贸易公约》(简称CITES)列入附录Ⅱ的有25种。