放线菌资源及药物发现

目录
第一章 放线菌资源 1
第一节 放线菌分离方法的重要性 2
一、实验样品采集 2
二、样品的预处理 2
三、分离培养基的选择 2
四、抑制剂 3
第二节 土壤放线菌资源 3
一、云南西双版纳热带雨林自然保护区的土壤放线菌资源 3
二、怒江大峡谷的土壤放线菌资源 4
三、高黎贡山龙陵段的土壤放线菌资源 7
四、云南 3个特殊地质地貌地区的土壤放线菌资源 7
五、中国西南部分地区的土壤放线菌资源 26
六、新疆、青海盐碱地区的土壤放线菌资源 29
七、土壤放线菌资源分布的规律及特点 31
第三节 动物放线菌资源 32
一、2种长臂猿 32
二、2种金丝猴 33
三、猕猴 33
四、3种虎 34
五、4种熊科动物 34
六、麝香猫 36
七、5种鹿 38
八、2种羊驼 39
九、2种犀牛 39
十、亚洲象 40
十一、9种鸟类 44
十二、中华竹鼠 46
十三、北海狮、髯海豹 46
十四、罗非鱼 46
十五、云南土白蚁 46
十六、几类高等动物粪便免培养微生物的比较 47
十七、动物粪便放线菌区系的特点 48
第四节 地衣放线菌资源 51
一、滇西南地区地衣放线菌 52
二、普洱地区地衣放线菌 55
三、金沙江中段地衣放线菌 55
四、西双版纳、白茫雪山、波罗的海南岸地衣放线菌 56
五、几个地区免培养和纯培养地衣微生物比较研究 59
六、地衣放线菌资源的分布规律及特点 62
第五节 毒性植物内生放线菌资源 63
一、3种有毒植物的免培养、纯培养研究 64
二、26种毒性植物纯培养放线菌资源 67
三、生长在不同生境同种毒性植物的内生放线菌多样性. 69
四、西双版纳热带雨林 90种中药植物的内生放线菌资源 69
五、毒性植物内生放线菌的分布及其特点 70
第六节 部分海域的放线菌资源 71
一、北部湾茅尾海的放线菌 71
二、波罗的海基尔湾的放线菌 72
第七节 放线菌资源分布的规律和特点 73
主要参考文献 76
第二章 放线菌资源药用价值评估 81
第一节 菌种快速鉴定 81
一、放线菌基因组小量提取方法 81
二、16S rRNA基因扩增及测序比对 82
三、菌种鉴定 82
第二节 抗菌活性 82
一、土壤放线菌的抗菌活性 83
二、动物粪便放线菌的抗菌活性 86
三、毒性植物内生放线菌的抗菌活性 88
四、地衣放线菌的抗菌活性 88
五、北部湾茅尾海放线菌的抗菌活性 91
第三节 抗肿瘤活性 93
第四节 酶活性 96
第五节 各类活性物质的合成基因 98
一、基因筛选的实验方法 98
二、土壤放线菌基因筛选 100
三、动物粪便放线菌基因筛选 104
四、毒性植物内生放线菌基因筛选 106
五、地衣放线菌基因筛选 107
六、北部湾茅尾海放线菌基因筛选 110
第六节 全基因组分析及基因组挖掘 112
一、测序菌株 112
二、基因组测序流程 113
三、基因组挖掘举例 113
第七节 超高压液相色谱 -高分辨质谱-高分辨代谢组学分析 117
第八节 放线菌资源药用价值综合评估 119
主要参考文献 120
第三章 放线菌产生的活性先导化合物 122
第一节 动物粪便放线菌 122
一、巴芙洛霉素类成分抗真菌活性和作用机制 123
二、壳梭孢菌素二萜类化合物抗肿瘤作用研究 125
三、violacin A抗炎活性作用机制研究 125
四、borrelidin衍生物抗真菌活性的构效关系和机制研究. 126
第二节 地衣放线菌 128
一、地衣放线菌合成活性次级代谢产物的潜力 129
二、地衣放线菌活性代谢产物的发现 129
第三节 姜氏菌目放线菌 131
一、姜氏菌素的发现 132
二、姜氏菌素抗炎作用机制研究 133
主要参考文献 134
第四章 放线菌活性物质发现的新方法 137
第一节 宏基因组分析 137
一、宏基因组测序与分析 138
二、宏基因组的应用 139
三、利用宏基因组测序技术比较分析亚洲象粪便样品中的微生物组 141
四、展望 144
第二节 全基因组分析及基因组挖掘 144
一、基于单个基因组的基因组挖掘 144
二、基于多个基因组的基因组挖掘 145
三、宏基因组挖掘 146
四、自动化的基因组挖掘 146
五、分子网络和全基因组分析辅助天然产物发现 147
六、利用基因组挖掘技术开展部分菌株新化合物分离的实例 148
七、展望 150
第三节 基于生物合成途径关键基因的天然产物产生菌高通量筛选 150
一、建立放线菌基因组 DNA库. 151
二、基于生物合成途径特异性探针高通量筛选基因组 DNA库 151
三、基于生物合成途径特异性引物实时荧光定量 PCR高通量筛选基因组 DNA库 153
四、潜力菌株的进一步精选及基因组挖掘研究 153
五、对部分放线菌高通量筛选的研究进展 154
六、展望 156
第四节 激活沉默基因簇技术 156
一、异源表达 156
二、启动子的引入 157
三、调控基因改造 158
四、高通量激发子筛选与成像质谱偶联 159
五、表观遗传学调控 160
六、核糖体工程 160
七、展望 161
第五节 组合生物合成技术的应用 161
一、组合生物合成在药物结构多样性及功能上的应用 161
二、组合生物合成在传统药物生产工艺上的应用 162
三、利用组合生物合成方法设计和生产新药 162
四、展望 163
主要参考文献 163
第五章 放线菌生物活性物质的生物合成 166
第一节 合成生物学的新进展 166
一、CRISPR基因编辑技术 166
二、宿主细胞遗传改造 167
三、展望 169
第二节 自溶霉素的生物合成 169
一、自溶霉素和格尔德霉素类化合物的结构及活性. 169
二、自溶霉素类化合物的生物合成机制研究 170
三、对自溶霉素生物合成机制的进一步研究 173
四、小结 175
第三节 烯二炔类化合物的生物合成 176
一、烯二炔类化合物的结构及活性 176
二、烯二炔类化合物的生物合成机制 178
三、对烯二炔类化合物生物合成的研究 181
四、小结 182
第四节 AT-less typeⅠPKS化合物雷纳霉素和放线酮的生物合成 182
一、雷纳霉素 182
二、放线酮 185
三、小结 189
第五节 新型萜类化合物的生物合成 189
一、放线菌萜类化合物的生物合成基因簇 191
二、放线菌萜类化合物生物合成策略 193
三、关于萜类化合物生物合成工作的策略 195
四、总结与展望 197
主要参考文献 199
第六章 防治三七土传病害的复合放线菌肥 201
一、有效成分分析 201
二、毒性 201
三、提高保苗率 201
四、与19个单位的药剂做的同田对比试验 202
五、复合菌肥对产量的影响 203
六、其他试验 204
主要参考文献 204
第七章 微生物药物研发新思维 206
一、中药是中华文明的基石之一 206
二、西药的长处和短处 207
三、微生物药物开发新思维 207
主要参考文献 209
支撑材料 210
S1-1 土壤放线菌的组成 210
S1-2 研究的 53种动物名录 213
S1-3 53种动物粪便纯培养放线菌的组成 213
S1-4 地衣内生放线菌的组成 215
S1-5 116种毒性植物和中药植物内生放线菌及其他细菌的组成（黑体字为新属） 217
S1-6 各种来源放线菌组成总表 218
S1-7 1991～2019年云南省微生物研究所发表的细菌属以上新分类单元 223
S2-1 全基因组测序及基因组挖掘菌株信息 226
S3-1 动物粪便放线菌、地衣放线菌、姜氏菌代谢产物 227
本书资助项目明细 235
作者通讯录 237