紫胶虫的遗传与进化

目录
第1章概述1
1.1紫胶与紫胶虫1
1.2紫胶虫的生活史2
1.3紫胶的理化性质2
1.4紫胶虫的泌胶特性3
1.5紫胶的经济价值4
1.6紫胶的生态价值6
参考文献7
第2章紫胶虫的形态特征和支序进化8
2.1紫胶虫的形态分类特征9
2.1.1分类特征的确定9
2.1.2形态特征的观察与测量10
2.1.3所选特征性状的极性确定11
2.1.4外类群的选择11
2.2紫胶虫形态特征图与显微测量12
2.2.1紫胶蚧Kerria lacca(Kerr)12
2.2.2普萨紫胶虫Kerria pusana(Misra)12
2.2.3尼泊尔紫胶虫Kerria nepalensis Varshney14
2.2.4田紫胶虫Kerria ruralis Wang15
2.2.5信德紫胶虫Kerria sindica(Mahdihassan)16
2.2.6中华紫胶虫Kerria chinensis(Mahdihassan)17
2.2.7云南紫胶虫Kerria yunnanensis Ou et Hong18
2.3紫胶虫支序进化分析19
2.3.1紫胶虫的形态特征测量19
2.3.2极性赋值20
2.3.3数据矩阵21
2.3.4紫胶虫的支序进化分析21
2.3.5紫胶虫形态特征与生态适应性23
参考文献25
第3章紫胶虫的染色体核型进化分析26
3.1紫胶虫染色体的二倍体数目27
3.2染色体大小28
3.3紫胶虫主要种类核型比较29
3.3.1中华紫胶虫Kerria chinensis(Mahdihassan)30
3.3.2云南紫胶虫Kerria yunnanensis Ou et Hong31
3.3.3紫胶蚧Kerria lacca(Kerr)32
3.3.4田紫胶虫Kerria ruralis Wang33
3.3.5普萨紫胶虫Kerria pusana(Misra)35
3.3.6尼泊尔紫胶虫Kerria nepalensis Varshney36
3.3.7信德紫胶虫Kerria sindica(Mahdihassan)37
3.4田紫胶虫红、黄两种色型的染色体比较38
3.4.1染色体形状与数量38
3.4.2核型分析对比39
3.5种间核型比较与亲缘关系42
3.6紫胶虫的核型似近系数聚类分析结果44
3.7核型进化47
3.8核型与产胶质量的关系48
参考文献49
第4章紫胶虫全基因组扫描51
4.1DNA建库52
4.2测序深度53
4.3测序质量评估53
4.4K-mer分析55
4.5基因组组装56
4.6GC含量分布57
4.7结论58
参考文献58
第5章紫胶虫分子进化分析60
5.1基因测序63
5.2序列碱基组成和特征64
5.3基于核糖体28SrRNA数据的系统发育分析67
5.4基于核基因EF1α数据的系统发育分析68
5.5基于合并数据的系统发育分析70
5.6亲缘关系分析71
参考文献74
第6章紫胶虫生物地理学分析76
6.1不同地理种群DNA保存与多基因测序76
6.2序列特征78
6.3基于多基因序列独立及联合构建系统树78
6.3.1基于EF1α基因系统发育关系分析79
6.3.2基于28SrRNA基因系统发育关系分析80
6.3.3多基因联合序列系统树建立81
6.4中国特有种分类地位确定84
6.5生物地理学分析84
参考文献89
第7章紫胶合成通路关键基因及其表达规律分析91
7.1个体泌胶速率91
7.2转录组学分析策略92
7.3高通量测序和组装93
7.4转录组注释94
7.5GO、KEGG、KOG注释结果95
7.6差异基因表达分析98
7.6.1蛋白质代谢99
7.6.2物质代谢途径101
7.6.3非中枢代谢途径102
7.6.4参与泌胶的候选基因102
7.7差异表达基因的荧光定量PCR验证104
参考文献107