第一章 R语言介绍
一、基本数学和统计计算
二、对象和数据结构
三、简单的循环编程
四、创建函数
第二章 VCF文件处理
一、VCF格式文件
二、使用VCF格式的SNP数据
三、问题
第三章 哈迪-温伯格平衡
一、哈迪-温伯格平衡的基本假设
二、哈迪-温伯格平衡的用途
三、违反哈迪-温伯格平衡的常见情况
四、哈迪-温伯格不平衡的显著性检验
五、下一代测序易出现的问题
六、练习
第四章 群体结构
一、等位基因频谱中的偏斜
二、Fs群体分化
三、遗传漂变
四、自然选择
第五章 连锁不平衡
一、定义、数据和统计
二、解释、分析和应用
第六章 等位基因频谱
一、单位点与多位点
二、合并理论
第七章 Tajima's D
一、溯祖树
二、核苷酸多样性
三、计算每个窗口的沃森θ
四、计算每个窗口的核苷酸多样性
五、计算及绘制
第八章 麦当劳-克里特曼检验
一、中性指数
二、相关检验
三、Ka/Ks
第九章 统计计算基础
一、扔硬币模拟
二、计算机模拟解决概率问题
三、Gibbs抽样
四、EM算法
第十章 科学研究中的常用算法
一、用蒙特卡洛方法求解圆周率
二、斐波那契数列
三、快速自助法重采样
四、置换重采样
第十一章 群体遗传学基础
一、群体遗传学
二、基因的定义
三、基因座位
四、纯合型、杂合型、复等位基因
五、基因型
六、基因（基因型）到性状（表型）
七、基因的显隐性
八、性状的显隐性
九、基因与环境共同决定表型
十、遗传学分离定律
十一、遗传学自由组合定律
十二、遗传学连锁和交换定律
十三、重组率的作用
十四、基因频率和基因型频率
十五、等位基因频率的估计
十六、基因型频率的估计
十七、基因频率和基因型频率的关系
十八、群体的杂合度
十九、交配系统及其分类
二十、哈迪-温伯格平衡定律
第十二章 数量性状的遗传统计学基础
一、数量性状的遗传学基础
二、数量性状在纯系杂交后代中的分布
三、数量性状遗传的纯系理论
四、数量性状是否服从孟德尔遗传规律之争
第十三章 连锁分析和遗传图谱构建
一、世代转移矩阵的定义
二、2个座位上的10种基因型
三、10种基因型的频率向量
四、后续世代中10种基因型的频率向量
五、转移矩阵的概念
六、转移矩阵的作用
七、AABB和AABb与亲本P1回交
八、AAbb和AaBB与亲本P1回交
九、ABab与亲本P1回交
十、AbaB与亲本P1回交
十一、Aabb和aaBB与亲本P1回交
十二、aaBb和aabb与亲本P,回交
十三、与亲本P1回交的转移矩阵
十四、与亲本P,回交的转移矩阵
十五、自交世代转移矩阵：双纯型
十六、自交世代转移矩阵：单纯或单杂型
十七、自交世代转移矩阵
十八、加倍单倍体世代转移矩阵
十九、连续自交世代转移矩阵
二十、基因型理论频率的矩阵表示
二十一、DH群体中重组率的极大似然估计
二十二、重组率的极大似然估计和显著性检验
二十三、重组率MLE的Newton迭代算法
二十四、Newton迭代算法的几何原理
二十五、Newton选代算法的初始值选择
二十六、F2群体中重组率估计的EM算法
二十七、F2群体中重组率估计EM算法的步骤
二十八、奇异分离现象
二十九、奇异分离对重组率估计的影响
三十、利用选择后频率得到的重组率
第十四章 奇异分离座位的鉴定
一、奇异分离的证据
二、随机交配种群的平衡
第十五章 遗传研究群体
一、遗传研究的常见群体类型
二、基因型数据的初步整理和分析
参考文献
附录A
附录A1 第九章 练习题和参考答案
附录A2 第十四章 练习题和参考答案
附录A3 第十五章 练习题和参考答案
附录B
附录B1 Excel中公式的编辑、复制和粘贴
附录B2 Excel公式中控制符“$”的使用
附录B3 Excel中的矩阵运算
附录B4 Excel中的描述统计量
附录B5 Excel中的数据分析模块
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