淡水红藻对生境的要求较高，大部分种类生活在洁净流动的水体中，也有少数种类分布在静止水体如湖水和池塘中。由于淡水红藻对水质要求较高，随着水环境污染的日益加重，其生存受到严重威胁，好多种类已被欧洲国家列为濒危物种。淡水红藻在漫长的进化历史中，其演化历程与生存环境相互作用，一部分遗传信息的改变经过自然选择被固定了下来，发生基因的适应性进化。对具有重要功能蛋白质的编码基因进行适应性进化分析，能够揭示基因的变异和蛋白结构与功能的改变与淡水红藻进化史的关系。本研究选择了1，5-二磷酸核酮糖羧化/加氧酶大亚基编码基因rbcL、光系统Ⅰ反应中心（RC）跨膜复合物的中心蛋白A编码基因psaA、光系统Ⅱ D1蛋白编码基因psbA 3个重要的功能基因，通过度量核苷酸序列的非同义替换率（dN）和同义替换率（dS）的比值（ω）来判断自然选择对氨基酸位点的选择压力，以此判断淡水红藻主要谱系的基因适应性进化历程。
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