为切实满足自然资源部、财政部和生态环境部对试点工程的考核要求，巩固项目实施过程中每个工程建设的质量和产出效果，乌梁素海流域投资建设有限公司（以下简称SPV公司）在国内开创性地招标引入了生态环境领域的国家队——中国环境科学研究院作为第三方进行项目的效果评估。从2020年6月起，中国环境科学研究院采取驻点办公、专家咨询、现场调研及采样检测的方式，对试点工程展开了绩效评估工作。队伍组建后，对参加人员进行了技术培训和专业协调，制定了野外采样测试工作规范，并邀请了相关领域专家进行咨询。每个子项目派遣专门工作人员进行对接，对工程量和验收材料逐一核实。开展山水林田湖草生态保护修复工程绩效评估对提高项目资金使用效率、规范财政支出、提高项目决策准确性和管理科学性、巩固项目建设质量和产出效果、打造示范样板等起着重要作用。然而，山水林田湖草生态保护修复工程绩效评估指标和方法没有统一的规范和要求，存在指标碎片化、系统性和科学性不足等问题，难以有效引导此项工作取得预期目标。中国环境科学研究院在此方面进行了积极探索，并在实践中不断完善，有效指导了山水林田湖草生态保护修复工程的绩效评估。该项目共产出35个子项目评估报告、1个总报告、1个创新性报告、1个可持续性发展报告、1本专著、1项山水林田湖草生态保护修复试点工程绩效评估软件。
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