多元统计分析起源于医学和心理学。1928年Wishert发表论文《多元正态总体样本协方差阵的精确分布》,是多元统计分析的开端;20世纪30年代,费希尔(Fisher)、霍特林(Hotelling)、许宝碌等奠定了多元统计分析的理论基础;20世纪40年代,这一分析方法在心理学、教育学、生物学等方面有不少应用,但由于计算复杂且计算量大,其发展受到限制;20世纪50年代中期,随着计算机的出现和发展,多元统计分析方法在地质、气象、医学和社会学方面得到广泛应用,多元统计分析已渗入几乎所有的学科;到20世纪80年代后期,计算机软件包已很普遍,使用也方便,因此多元统计分析方法也更为普及,在我国受到各个领域的极大关注,近40多年在理论上和应用上都取得了若干新进展。