《神正论》分为三个既相互独立又相互关联的部分。这就是“哲学原理”部分、“哲学应用”部分和“附录”部分。其中,“哲学原理”部分涵盖“前言”与“论信仰与理性的一致”两个小部分。在“前言”中,莱布尼茨着重提出和阐释了他的“道德的必然性”学说。在“论信仰与理性的一致”中,莱布尼茨则着重提出和阐释了他的“信仰与理性一致”学说。“哲学应用”部分所指的是“就恶的起源论上帝的正义与人的自由”。总的来说,“上篇”为“总论”,“中篇”和“下篇”为“分论”。《神正论》共有5个附录。它们分别是:“被压缩成形式证明的争论摘要”,“《神正论》第392节附笔”,“对霍布斯先生以英文发表的关于‘自由、必然和偶然’论著的反思”、“对最近在英国出版的论‘恶的起源’著作的评论”以及“上帝的事业”。