《方壶外史》八卷,收书十五种。内容分为两类:一注释,有《无上玉皇心印妙经测疏》《黄帝阴符经测疏》《老子道德经玄览》《周易参同契测疏》《周易参同契口义》《悟真篇小序》《崔公入药镜测疏》《纯阳吕公百字碑测疏》《紫阳真人金丹四百字测疏》《龙眉子金丹印证诗测疏》《邱真人青天歌测疏》;二自著,有《玄肤论》《金丹就正篇》《金丹大旨图》《七破论》。本《方壶外史》以明万历年间“未孩堂”刻本为底本整理,郑观应刊本、萧天石《道藏精华》影印本、《藏外道书》第五册影印本为校本。《三藏真诠》,分《法藏》《华藏》《论藏》三部,现仅存《法藏》,分为上下卷。《三藏真诠》是研究陆西星不可缺少的文献,是对《方壶外史》的有效补充。现以台北“国立中央图书馆”藏陆西星抄本《三藏真诠》为底本整理,陈撄宁手抄本《法藏总抄》。