《金陵全書》(以下簡稱《全書》》收錄的南京文獻,依内容分為方志、史料和檔案三大類。《全書》按上述三大類分馬甲、乙、丙三编,以不同的封面顏色加以區分;每编酌分细類,原則上以成書時代為序分為若幹册,依次编列序號。《全書》收錄南京文獻的範圍,以二○一三年南京市所轄十一區,即玄武、秦淮、建鄴、鼓樓、浦口、六合、棲霞、雨花臺、江寧、溧水和高淳為限。《全書》收錄的南京文獻,其成書年代的下限為一九四九年。《全書》收錄方志和史料,盡量選用善本為底本。《全書》收錄的檔案以學術價值和實用價值較高為原則,一般選用延續時間較長、相對比較完整的檔案全出不。