专利制度作为促进与保护技术创新活动的一项特殊法律安排,虽与伦理分属于不同的学科框架,但其与伦理之间的联系却涉及制度理论与运行实践的方方面面。而科技变革与产业革新的不断推进则更使专利制度面临着正当性层面的伦理基础不明和制度运行过程中伦理指引不足的实践难题。为此,不仅应从正当性层面明确专利制度的伦理基础,厘清专利制度正当性证成“道义论”与“功利论”不同伦理面向之间的差异,并在理顺二者的生成诱因与道德效果的基础上展开进一步的评价与衡量,还应针对专利制度实践中伦理指引薄弱的问题,分别以专利授权审查实践和专利权益分配实践为例,阐释专利制度运行困境的基本表现及其成因,并结合制度的实践状况,明确专利制度运行的伦理价位阶与原则框架,以及破解专利制度运行伦理困境的法律选择。