《机动奥特曼》故事是讲曾经世界上有着一位被唤作“光之巨人”的人物。光之巨人与一位地球人同化,在外星人的侵略和被称为“怪兽”的巨大生物的破坏和混沌之中守护着地球。不久,光之巨人完成使命,回到遥远宇宙的故乡,而和他同化的地球人丧失了那段时间的记忆。40年后,奥特曼的存在早已成为过去式的世界,过去与奥特曼同化的早田进的儿子早田进次郎,与生俱来就拥有特殊的能力。某一天,为营救被神秘敌人袭击的进次郎,父亲早田现身并说道“我才是奥特曼!”在父亲命悬一线之际,进次郎穿上原科特队的井手给予的奥特曼装甲,向敌人发起挑战!本作是1-16卷的合集版本。