職官二
都察院附總督巡撫 通政司 大理寺 詹事府附左右春坊司經局 翰林院 國子監 衍聖公附五經博士
都察院。左、右都御史，[正二品，]左、右副都御史，[正三品，]左、右僉都御史。[正四品。]其屬，經歷司，經歷一人，[正六品，]都事一人。[正七品。]司務廳，司務二人。[從九品。初設四人，後革二人]。照磨所，照磨，[正八品，]檢校。[正九品，]司獄司，司獄，[從九品。初設六人，後革五人。]各一人。十三道監察御史一百十人，[正七品，]浙江、江西、河南、山東各十人，福建、廣東、廣西、四川、貴州各七人，陝西、湖廣、山西各八人，雲南十一人。其在外加都御史或副、僉都御史銜者，有總督，有提督，有巡撫，有總督兼巡撫，提督兼巡撫，及經略、總理、贊理、巡視、撫治等員。[巡撫之名，起於懿文太子巡撫陝西。永樂十九年遣尚書蹇義等二十六人巡行天下，安撫軍民。以後不拘尚書、侍郎、都御史、少卿等官，事畢復命，即或停遣。初名巡撫，或名鎮守，後以鎮守侍郎與巡按御史不相統屬，文移窒礙，定為都御史。巡撫兼軍務者加提督，有總兵地方加贊理或參贊，所轄多、事重者加總督。他如整飭、撫治、巡治、總理等項，皆因事特設。其以尚書、侍郎任總督軍務者，皆兼都御史，以便行事。]
都御史職專糾劾百司，辯明冤枉，提督各道，為天子耳目風紀之司。凡大臣姦邪、小人搆黨、作威福亂政者，劾。凡百官猥茸貪冒壞官紀者，劾。凡學術不正、上書陳言變亂成憲、希進用者，劾。遇朝覲、考察，同吏部司賢否陟黜。大獄重囚會鞫於外朝，偕刑部、大理讞平之。其奉敕內地，拊循外地，各專其敕行事。
十三道監察御史，主察糾內外百司之官邪，或露章面劾，或封章奏劾。在內兩京刷卷，巡視京營，監臨鄉、會試及武舉，巡視光祿，巡視倉場，巡視內庫、皇城、五城，輪值登聞鼓。[後改科員。]在外巡按，[北直隸二人，南直隸三人，宣大一人，遼東一人，甘肅一人，十三省各一人。]清軍，提督學校，[兩京各一人，萬曆末，南京增設一人。]巡鹽，[兩淮一人，兩浙一人，長蘆一人，河東一人。]茶馬，[陝西。]巡漕，巡關，[宣德四年設立鈔關御史，至正統十年始遣主事。]儹運，印馬，屯田。師行則監軍紀功，各以其事專監察。而巡按則代天子巡狩，所按藩服大臣、府州縣官諸考察，舉劾尤專，大事奏裁，小事立斷。按臨所至，必先審錄罪囚，弔刷案卷，有故出入者理辯之。諸祭祀壇場，省其牆宇祭器。存恤孤老，巡視倉庫，查算錢糧，勉勵學校，表揚善類，翦除豪蠹，以正風俗，振綱紀。凡朝會糾儀，祭祀監禮。凡政事得失，軍民利病，皆得直言無避。有大政，集闕廷預議焉。蓋六部至重，然有專司，而都察院總憲綱，惟所見聞得糾察。諸御史糾劾，務明著實跡，開寫年月，毋虛文泛詆，訐拾細瑣。出按復命，都御史覆劾其稱職不稱職以聞。凡御史犯罪，加三等，有贓從重論。
十三道各協管兩京、直隸衙門；而都察院衙門分屬河南道，獨專諸內外考察。[浙江道協管中軍都督府，在京府軍左、金吾左、金吾右、金吾前、留守中、神策、應天、和陽、廣洋、武功中、武功後、茂陵十二衞，牧馬千戶所，及直隸廬州府，廬州、六安二衞。 江西道協管前軍都督府，在京府軍前、燕山左、龍江左、龍江右、龍驤、豹韜、天策、寬河八衞，及直隸淮安府，淮安、大河、邳州、九江、武清、龍門各衞。 福建道協管戶部，寶鈔提舉司，鈔紙、印鈔二局，承運、廣惠、廣積、廣盈、贓罰、甲乙丙丁戊字、天財、軍儲、供用、行用各庫，在京金吾後、武成中、飛熊、武功左、武功右、武功前、獻陵、景陵、裕陵、泰陵十衞，及直隸常州、池州二府，定邊、開平中屯二衞，美峪千戶所。 四川道協管工部，營繕所，文思院，御用、司設、神宮、尚衣、都知等監，惜薪司，兵仗、銀作、巾帽、鍼工、器皿、盔甲、軍器、寶源、皮作、鞍轡、織染、柴炭、抽分竹木各局，僧、道錄司，在京府軍、濟州、大寧前、蔚州左、永清左五衞，蕃牧千戶所，及直隸松江府、廣德州，金山、懷安、懷來各衞，神木千戶所，播州宣慰司，石砫、酉陽等宣撫司，天全六番招討司。 陝西道協管後軍都督府，大理寺，行人司，在京府軍後、鷹揚、興武、義勇右、橫海、江陰、康陵、昭陵八衞，敢勇、報效二營，韓、秦、慶、安化四府，及直隸和州，保定左、右、中、前四衞。 雲南道協管順天府，廣備庫，在京羽林前、通州二衞，及直隸永平、廣平二府，通州左、通州右、涿鹿、涿鹿左、涿鹿中、密雲中、密雲後、永平、山海、盧龍、撫寧、東勝左、東勝右、大同中屯、營州五屯、延慶、延慶左、延慶右、萬全左、萬全右各衞，居庸關、黃花鎮、寬河、武定各千戶所。 河南道協管禮部，都察院，翰林院，國子監，太常寺，光祿寺，鴻臚寺，尚寶司，中書舍人，欽天監，太醫院，司禮、尚膳、尚寶、直殿等監，酒醋局，鐘鼓司，教坊司，在京羽林左、留守前、留守後、神武左、神武前、彭城六衞，伊、唐、周、鄭四府，及兩淮鹽運司，直隸揚州、大名二府，揚州、高郵、儀真、歸德、寧山、潼關、神武右各衞，泰州、通州、汝寧各千戶所。 廣西道協管通政司，六科，在京燕山右、燕山前、大興左、騰驤左、騰驤右、武驤左、鎮南、瀋陽左、會州、富峪、忠義前、忠義後十二衞，及直隸安慶、徽州、保定、真定四府，安慶、新安、鎮武、真定各衞，紫荊關、倒馬關、廣昌各千戶所。 廣東道協管刑部，應天府，在京虎賁左、濟陽、武驤右、瀋陽右、武功左、武功右、孝陵、長陵八衞，及直隸延慶州，開平中屯衞。 山西道協管左軍都督府，在京錦衣、府軍右、留守左、驍騎左、驍騎右、龍虎、龍虎左、大寧中、義勇前、義勇後、英武、水軍左十二衞，晉府長史司，及直隸鎮江、太平二府，鎮江、建陽、瀋陽中屯各衞，平定、蒲州二千戶所。 山東道協管宗人府，兵部，會同館，御馬監，典牧所，大通關，在京羽林右、永清右、濟川三衞，及中都留守司，遼東都司，直隸鳳陽府，徐、滁二州，中都留守左、留守中、鳳陽、鳳陽中、鳳陽右、皇陵、長淮、懷遠、徐州、滁州、泗州、壽州、宿州、武平、沂州、德州、德州左、保定後、瀋陽中各衞，洪塘千戶所。 湖廣道協管右軍都督府，五城兵馬司，在京留守右、武德、忠義右、虎賁右、廣武、水軍右、江淮、永陵八衞，遼、梁、岷、吉、華陽五府，荊、襄、楚三府長史司，及興都留守司，直隸寧國府，寧國、宣州、神武中、定州、茂山各衞。 貴州道協管吏部，太僕寺，上林苑監，內官、印綬二監，在京旗手衞，及長蘆鹽運司，大寧都司，萬全都司，直隸蘇州、河間、順德三府，保安州、蘇州、太倉、鎮海、薊州、遵化、鎮朔、興州五屯，忠義中、河間、天津、天津左、天津右、宣府前、宣府左、宣府右、開平、保安右、蔚州、永寧各衞，嘉興、吳淞江、梁城、滄州、興和、長安、龍門各千戶所。]
初，吳元年置御史臺，設左、右御史大夫，[從一品，]御史中丞，[正二品，]侍御史，[從二品，]治書侍御史，[正三品，]殿中侍御史，[正五品，]察院監察御史，[正七品，]經歷，[從五品，]都事，[正七品，]照磨、管勾。[正八品。]以鄧愈、湯和為御史大夫，劉基、章溢為御史中丞，諭之曰：「國家立三大府，中書總政事，都督掌軍旅，御史掌糾察。朝廷紀綱盡繫於此，而臺察之任尤清要。卿等當正己以率下，忠勤以事上，毋委靡因循以縱姦，毋假公濟私以害物。」洪武九年汰侍御史及治書、殿中侍御史。十年七月詔遣監察御史巡按州縣。十三年專設左、右中丞，[正二品，]左、右侍御史，[正四品。]尋罷御史臺。十五年更置都察院，設監察都御史八人，秩正七品。分監察御史為浙江、河南、山東、北平、山西、陝西、湖廣、福建、江西、廣東、廣西、四川十二道，各道置御史或五人或三、四人，秩正九品。每道鑄印二，一畀御史久次者掌之，一藏內府，有事受印以出，既事納之，文曰「繩愆糾繆」。以秀才李原名、詹徽等為都御史，吳荃等為試監察御史。[試御史，一年後實授。又有理刑進士，理刑知縣、理都察院刑獄，半年實授。正德中革。]十六年陞都察院為正三品，設左、右都御史各一人，正三品，左、右副都御史各一人，正四品，左、右僉都御史各二人，正五品，經歷一人，正七品，知事一人，正八品。十七年陞都御史正二品，副都御史正三品，僉都御史正四品，十二道監察御史正七品。二十三年，左副都御史袁泰言，「各道印篆相同，慮有詐偽」，乃更鑄監察御史印曰「某道監察御史印」，其巡按印曰「巡按某處監察御史印」。建文元年改設都御史一人，革僉都御史。二年改為御史府，設御史大夫，改十二道為左、右兩院，止設御史二十八人。成祖復舊制。
永樂元年改北平道為北京道。十九年罷北京道，增設貴州、雲南、交阯三道。洪熙元年稱行在都察院，同六部，又定巡按以八月出巡。宣德十年罷交阯道，始定為十三道。正統中，去「行在」字。嘉靖中，以清屯，增副都御史三人，尋罷。隆慶中，以提督京營，增右都御史三人，尋亦罷。
總督漕運兼提督軍務巡撫鳳陽等處兼管河道一員。太祖時，嘗置京畿都漕運司，設漕運使。[洪武元年置漕運使，正四品，知事，正八品，提控案牘，從九品，屬官監運，正九品，都綱，省注。十四年罷。]永樂間，設漕運總兵官，以平江伯陳瑄治漕。宣德中，又遣侍郎、都御史、少卿等官督運。至景泰二年，因漕運不繼，始命副都御史王竑總督，因兼巡撫淮、揚、廬、鳳四府，徐、和、滁三州，治淮安。成化八年分設巡撫、總漕各一員。九年復舊。正德十三年又分設。十六年又復舊。嘉靖三十六年，以倭警，添設提督軍務巡撫鳳陽都御史。四十年歸併，改總督漕運兼提督軍務。萬曆七年加兼管河道。
總督薊遼、保定等處軍務兼理糧餉一員。嘉靖二十九年置。先是，薊、遼有警，間遣重臣巡視，或稱提督。至是以邊患益甚，始置總督，開府密雲，轄順天、保定、遼東三巡撫，兼理糧餉。萬曆九年加兼巡撫順天等處。十一年復舊。天啟元年置遼東經略。[經略之名，起於萬曆二十年宋應昌暨後楊鎬。至天啟元年，又以內閣孫承宗督師經略山海關，稱樞輔。]崇禎四年併入總督。十一年又增設總督於保定。
總督宣大、山西等處軍務兼理糧餉一員。正統元年始遣僉都御史巡撫宣大。景泰二年，宣府、大同各設巡撫，遣尚書石璞總理軍務。成化、弘治間，有警則遣。正德八年設總制。嘉靖初，兼轄偏、保。二十九年去偏、保，定設總督宣大、山西等處銜。三十八年令防秋日駐宣府。四十三年移駐懷來。隆慶四年移駐陽和。
總督陝西三邊軍務一員。弘治十年，火篩入寇，議遣重臣總督陝西、甘肅、延綏、寧夏軍務，乃起左都御史王越任之。十五年以後，或設或罷。至嘉靖四年，始定設，初稱提督軍務。七年改為總制。十九年避制字，改為總督，開府固原，防秋駐花馬池。
總督兩廣軍務兼理糧餉帶管鹽法兼巡撫廣東地方一員。永樂二年遣給事中雷填巡撫廣西。十九年遣郭瑄、艾廣巡撫廣東。景泰三年，苗寇起，以兩廣宜協濟應援，乃設總督。成化元年兼巡撫事，駐梧州。正德十四年改總督為總制，尋改提督。嘉靖四十五年另設廣東巡撫，改提督為總督，止兼巡撫廣西，駐肇慶。隆慶三年又設廣西巡撫，除兼職。四年革廣東巡撫，改為提督兩廣軍務兼理糧餉，巡撫廣東。萬曆三年仍改總督，加帶管鹽法。
總督四川、陝西、河南、湖廣等處軍務一員。正德五年設，尋罷。嘉靖二十七年，以苗患，又設總督四川、湖廣、貴州、雲南等處軍務。四十二年罷。天啟元年，以土官奢崇明反，又設四川、湖廣、雲南、貴州、廣西五省總督。四年兼巡撫貴州。
總督浙江、福建、江南兼制江西軍務一員。嘉靖三十三年，以倭犯杭州置。四十一年革。
總督陝西、山西、河南、湖廣、四川五省軍務一員。崇禎七年置，或兼七省。十二年後，俱以內閣督師。
總督鳳陽地方兼制河南、湖廣軍務一員。崇禎十四年設。
總督保定地方軍務一員。崇禎十一年設。
總督河南、湖廣軍務兼巡撫河南一員。崇禎十六年設。
總督九江地方兼制江西、湖廣軍務一員。崇禎十六年設。
總理南直隸、河南、山東、湖廣、四川軍務一員。崇禎八年設，以盧象昇為之，與總督或分或併。
總理河漕兼提督軍務一員。永樂九年遣尚書治河，自後間遣侍郎、都御史。成化後，始稱總督河道。正德四年定設都御史。嘉靖二十年以都御史加工部職銜，提督河南、山東、直隸河道。隆慶四年加提督軍務。萬曆五年改總理河漕兼提督軍務。八年革。
總理糧儲提督軍務兼巡撫應天等府一員。宣德五年初命侍郎總督糧儲兼巡撫。景泰四年定遣都御史。嘉靖三十三年以海警，加提督軍務，駐蘇州。萬曆中，移駐句容，已復駐蘇州。
巡撫浙江等處地方兼提督軍務一員。永樂初，遣尚書治兩浙農事。以後或巡視或督鹺，有事則遣。嘉靖二十六年以海警，始命都御史巡撫浙江，兼管福建福、興、建寧、漳、泉海道地方，提督軍務。二十七年改巡撫為巡視。二十八年罷。三十一年復設。
巡撫福建地方兼提督軍務一員。嘉靖二十六年既設浙江巡撫兼轄福、興、漳、泉等處，三十五年以閩、浙道遠，又設提督軍務兼巡福、興、漳、泉、福寧海道都御史。後改巡撫福建，統轄全省。
巡撫順天等府地方兼整飭薊州等處邊備一員。成化二年始專設都御史贊理軍務，巡撫順天、永平二府，尋兼撫河間、真定、保定，凡五府。七年兼理八府。八年以畿輔地廣，從居庸關中分，設二巡撫，其東為巡撫順天、永平二府，駐遵化。崇禎二年又於永平分設巡撫兼提督山海軍務，其舊者止轄順天。
巡撫保定等府提督紫荊等關兼管河道一員。成化八年分居庸關以西，另設巡撫保定、真定、河間、順德、大名、廣平六府，提督紫荊、倒馬、龍泉等關，駐真定。萬曆七年兼管河道。
巡撫河南等處地方兼管河道提督軍務一員。宣德五年遣兵部侍郎于謙巡撫山西、河南。正統七年以右副都御史王來巡撫湖廣、河南。景泰七年始專設河南巡撫。萬曆七年兼管河道。八年加提督軍務。
巡撫山西地方兼提督雁門等關軍務一員。宣德五年以侍郎巡撫河南、山西。正統十三年始命都御史專撫山西，鎮守雁門。天順、成化間暫革，尋復置。
巡撫山東等處地方督理營田兼管河道提督軍務一員。正統五年始設巡撫。十三年定遣都御史。嘉靖四十二年加督理營田。萬曆七年兼管河道。八年加提督軍務。
巡撫遼東地方贊理軍務一員。正統元年設，舊駐遼陽，後地日蹙，移駐廣寧，駐山海關，後又駐寧遠。
巡撫宣府地方贊理軍務一員。正統元年命都御史出巡塞北，因奏設巡撫兼理大同。景泰二年另設大同巡撫，後復併為一。成化十年復分設。十四年加贊理軍務。
巡撫大同地方贊理軍務一員。初與宣府共一巡撫，後或分或併。成化十年復專設，加贊理軍務。
巡撫延綏等處贊理軍務一員。宣德十年遣都御史出鎮。景泰元年專設巡撫加參贊軍務。成化九年徙鎮榆林。隆慶六年改贊理軍務。
巡撫寧夏地方贊理軍務一員。正統元年以右僉都御史郭智鎮撫寧夏，參贊軍務。天順元年罷。二年復設，去參贊。隆慶六年加贊理軍務。
巡撫甘肅等處贊理軍務一員。宣德十年命侍郎鎮守。正統元年，甘、涼用兵，命侍郎參贊軍務。景泰元年定設巡撫都御史。隆慶六年改贊理軍務。
巡撫陝西地方贊理軍務一員。宣德初，遣尚書、侍郎出鎮。正統間，命右都御史陳鎰、王文等出入更代。景泰初，耿九疇以刑部侍郎出鎮，文移不得徑下按察司，特改都御史巡撫。成化二年加提督軍務，後改贊理，駐西安，防秋駐固原。
巡撫四川等處地方兼提督軍務一員。宣德五年命都御史鎮撫，後停遣。正統十四年始設巡撫。萬曆十一年加提督軍務。
巡撫湖廣等處地方兼贊理軍務一員。正統三年命都御史賈諒鎮守，以後或侍郎或大理卿出撫。景泰元年定設巡撫都御史兼贊理軍務。萬曆八年改為提督軍務。十二年仍為贊理。
巡撫江西地方兼理軍務一員。永樂後，間設巡撫鎮守。成化以後，定為巡撫，或有時罷遣。嘉靖六年始定設。四十年加兼理軍務。
巡撫南贛汀韶等處地方提督軍務一員。弘治十年始設巡撫。正德十一年改提督軍務。嘉靖四十五年定巡撫銜，所轄南安、贛州、南雄、韶州、汀州幷郴州地方，駐贛州。
巡撫廣東地方兼贊理軍務一員。永樂中，設巡撫，後以總督兼巡撫事，遂罷不設。嘉靖四十五年復另設巡撫，加贊理軍務。隆慶四年又罷。
巡撫廣西地方一員。廣西舊有巡撫，沿革不常。隆慶三年復專設。
巡撫雲南兼建昌、畢節等處地方贊理軍務兼督川、貴糧餉一員。正統九年命侍郎參贊軍務。十年設鎮撫。天順元年罷。成化十二年復設。嘉靖三十年加兼理軍務。四十三年改贊理。隆慶二年兼撫建昌、畢節等處。
巡撫貴州兼督理湖北、川東等處地方提督軍務一員。正統十四年以苗亂置總督，鎮守貴州、湖北、川東等處。景泰元年另設貴州巡撫。成化八年罷。十一年復設。正德二年又罷。五年又復設。嘉靖四十二年裁革總督，令巡撫兼理湖北、川東等處提督軍務。
巡撫天津地方贊理軍務一員。萬曆二十五年以倭陷朝鮮，暫設，尋為定制。
巡撫登萊地方贊理軍務一員。天啟元年設。崇禎二年罷。三年復設。
巡撫安廬地方贊理軍務一員。崇禎十年設，以史可法為之。十六年又增設安、太、池、廬四府巡撫。
巡撫偏沅地方贊理軍務一員。萬曆二十七年以征播暫設，尋罷。天啟二年後，或置或罷。崇禎二年定設。
巡撫密雲地方贊理軍務一員。崇禎十一年設。
巡撫淮揚地方贊理軍務一員。崇禎十一年設。
巡撫承天贊理軍務一員。崇禎十六年設。
撫治鄖陽等處地方兼提督軍務一員。成化十二年以鄖、襄流民屢叛，遣都御史安撫，因奏設官撫治之。萬曆二年以撫治事權不專，添提督軍務兼撫治職銜。九年裁革，十一年復設。
贊理松潘地方軍務一員。正統四年以王翺為之。
通政使司。通政使一人，[正三品，]左、右通政各一人，謄黃右通政一人，[正四品，]左、右參議各一人。[正五品。]其屬，經歷司，經歷一人，[正七品，]知事一人。[正八品。]
通政使掌受內外章疏敷奏封駁之事。凡四方陳情建言，申訴冤滯，或告不法等事，於底簿內謄寫訴告緣由，齎狀奏聞。凡天下臣民實封入遞，即於公廳啟視，節寫副本，然後奏聞。即五軍、六部、都察院等衙門，有事關機密重大者，其入奏仍用本司印信。凡諸司公文、勘合辨驗允當，編號注寫，公文用「日照之記」、勘合用「驗正之記」關防之。凡在外之題本、奏本，在京之奏本，並受之，於早朝彙而進之。有徑自封進者則參駁。午朝則引奏臣民之言事者，有機密則不時入奏。有違誤則籍而彙請。凡抄發、照駁諸司公移及勘合、訟牒、勾提件數、給繇人員，月終類奏，歲終通奏。凡議大政、大獄及會推文武大臣，必參預。
初，洪武三年置察言司，設司令二人，掌受四方章奏，尋罷。十年置通政使司，以曾秉正為通政使，劉仁為左通政，諭之曰：「政猶水也，欲其常通，故以『通政』名官。卿其審命令以正百司，達幽隱以通庶務。當執奏者勿忌避，當駁正者勿阿隨，當敷陳者毋隱蔽，當引見者毋留難。」十二年撥承敕監給事中、殿廷儀禮司、九關通事使隸焉。建文中，改司為寺，通政使為通政卿，通政參議為少卿，寺丞增置左、右補闕，左、右拾遺各一人。成祖復舊制。成化二年置提督謄黃右通政，不理司事，錄武官黃衞所襲替之故，以徵選事。萬曆九年革。
大理寺。卿一人，[正三品，]左、右少卿各一人，[正四品，]左、右寺丞各一人。[正五品。]其屬，司務廳，司務二人。[從九品。]左、右二寺，各寺正一人，[正六品，]寺副二人，[從六品，後革右寺副一人。]評事四人。[正七品。初設右評事八人，後革四人。]
卿掌審讞平反刑獄之政令。少卿、寺丞贊之。左、右寺分理京畿、十三布政司刑名之事。凡刑部、都察院、五軍斷事官所推問獄訟，皆移案牘，引囚徒，詣寺詳讞。左、右寺寺正，各隨其所轄而覆審之。既按律例，必復問其款狀，情允罪服，始呈堂准擬具奏。不則駁令改擬，曰照駁。三擬不當，則糾問官，曰參駁。有牾律失入者，調他司再訊，曰番異。猶不愜，則請下九卿會訊，曰圓審。已評允而招由未明，移再訊，曰追駁。屢駁不合，則請旨發落，曰制決。凡獄既具，未經本寺評允，諸司毋得發遣。誤則糾之。
初，吳元年置大理司卿，秩正三品。洪武元年革。三年置磨勘司，凡諸司刑名、錢糧，有冤濫隱匿者，稽其功過以聞。尋亦革。洪武三年置磨勘司，設司令、司丞。七年增設司令一人，司丞五人，首領官五人，分為四科。十年革。十四年復置磨勘司，設司令一人，左、右司丞各一人，左、右司副各一人。二十年復罷。十四年復置大理寺，改卿秩正五品，左、右少卿從五品，左、右寺丞正六品。其屬，左、右寺正各一人，寺副各二人，左評事四人，右評事八人。又置審刑司，共平庶獄。凡大理寺所理之刑，審刑司復詳議之。審刑司設左、右審刑各一人，正六品；左、右詳議各三人，正七品。十七年改建刑部、都察院、大理寺、審刑司、五軍斷事官署於太平門外，名其所曰貫城。十九年罷審刑司。二十二年復，卿秩正三品。少卿二人，正四品，丞三人，正五品。其左、右寺官如故。二十九年又罷，盡移案牘於後湖。建文初復置，改左、右寺為司，寺正為都評事，寺副為副都評事，司務為都典簿。司務，洪武二十六年置。
成祖初，仍置大理寺，其左、右寺設官，復如洪武時。又因左、右二寺評事多寡不等，所治事亦繁簡不均，以二寺評事均分，左、右各六人，如刑部、都察院十二司道，各帶管直隸地方審錄。初，太祖設左評事四員，分管在京諸司及直隸衞所、府州縣刑名。右評事八員，分管在外十三布政司、都司、衞所、府州縣刑名。永樂二年仍復舊。後定都北京，又改分寺屬。兩京、五府、六部、京衞等衙門刑名，屬左寺。順天、應天二府，南、北直隸衞所、府州縣並在外浙江等布政司、都司、衞所刑名，屬右寺。弘治元年裁減右評事四人。時天下罪囚，類不解審，右寺事顧簡於左寺。
萬曆九年，更定左、右寺分理天下刑獄。浙江、福建、山東、廣東、四川、貴州六司道，左寺理之。江西、陝西、河南、山西、湖廣、廣西、雲南七司道，右寺理之。以能按律出人罪者為稱職。大理寺之設，為慎刑也。三法司會審，初審，刑部、都察院為主，覆審，本寺為主。明初，猶置刑具、牢獄。弘治以後，止閱案卷，囚徒俱不到寺。司務典出納文移。
詹事府。詹事一人，正三品，少詹事二人，正四品，府丞二人，正六品。主簿廳，主簿一人，從七品，錄事二人，正九品，通事舍人二人。左春坊，大學士，正五品，左庶子，正五品，左諭德，從五品，各一人，左中允，正六品，左贊善，從六品，左司直郎，從六品，後不常設，各二人，左清紀郎一人，從八品，不常設，左司諫二人，從九品，不常設。右春坊，亦如之。司經局，洗馬一人，從五品，校書，正九品，正字，從九品，各二人。
詹事掌統府、坊、局之政事，以輔導太子。少詹事佐之。凡入侍太子，與坊、局翰林官番直進講尚書、春秋、資治通鑑、大學衍義、貞觀政要諸書。前期纂輯成章進御，然後赴文華殿講讀。講讀畢，率其僚屬，以朝廷所處分軍國重事及撫諭諸蕃恩義，陳說於太子。凡朝賀，必先奏朝廷，乃具啟本以進。凡府僚暨坊、局官與翰林院職互相兼，試士、修書皆與焉。通事舍人典東宮朝謁、辭見之禮，承令勞問之事，凡廷臣朝賀、進箋、進春、進曆於太子，則引入而舉案。
春坊大學士掌太子上奏請、下啟箋及講讀之事，皆審慎而監省之。庶子、諭德、中允、贊善各奉其職以從。凡東宮監國、撫軍、出狩，及朝會出入，覆啟，畫諾，必審署以移詹事。諸祥眚必啟告。內外庶政可為規鑒者，隨事而贊諭。伶人、僕御有改變新聲、導逢非禮者，則陳古義，申典制，糾正而請斥遠之。司直、清紀郎掌彈劾宮僚，糾舉職事。文華殿講讀畢，諸臣班退，有獨留奏事及私謁者，則共糾之。司諫掌箴誨鑒戒，以拾遺補過。凡有啟事於東宮，與司直、清紀執筆紀令旨，規正其偽繆者。
洗馬掌經史子集、制典、圖書刊輯之事。立正本、副本、貯本以備進覽。凡天下圖冊上東宮者，皆受而藏之。校書、正字掌繕寫裝潢，詮其訛謬而調其音切，以佐洗馬。
先是，洪武初，置大本堂，充古今圖籍其中，召四方名儒訓導太子、親王。諸儒專經面授，分番夜直。已而，太子居文華堂，諸儒迭班侍從，又選才俊之士入充伴讀，時時賜宴、賦詩，商榷今古，評論文學。是時，東宮官屬，自太子少師、少傅、少保、賓客外，則有左、右詹事，同知詹事院事，副詹事，詹事丞，左、右率府使，同知左、右率府事，左、右率府副使，諭德，贊善大夫，皆以勳舊大臣兼領其職。又有文學、中舍、正字、侍正、洗馬、庶子及贊讀等官。十五年更定左、右春坊官，各置庶子、諭德、中允、贊善、司直郎，又各設大學士。尋定司經局官，設洗馬、校書、正字。二十二年以官聯無統，始置詹事院。二十五年改院為府，定詹事秩正三品，春坊大學士正五品，司經局洗馬從五品。雖各有印，而事總於詹事府。二十九年增設左、右春坊清紀郎、司諫、通事舍人。建文中，增少卿、寺丞各一人，賓客二人。又置資德院資德一人，資善二人。其屬，贊讀、贊書、著作郎各二人，掌典籍各一人。成祖復舊制。英宗初，命大學士提調講讀官。
按詹事府多由他官兼掌。天順以前，或尚書、侍郎、都御史，成化以後，率以禮部尚書、侍郎由翰林出身者兼掌之。其協理者無常員。春坊大學士，景泰間，倪謙、劉定之而後，僅楊廷和一任之，後不復設。其司直、司諫、清紀郎亦不常置。惟嘉靖十八年以陸深為詹事，崔銑為少詹事，王教、羅洪先、華察等為諭德、贊善、洗馬，皇甫涍、唐順之等為司直、司諫，皆天下名儒。自明初宋濂諸人後，宮僚莫盛於此。嗣是，出閤講讀，每點別員，本府坊局僅為翰林官遷轉之階。
翰林院。學士一人，正五品，侍讀學士、侍講學士各二人，並從五品，侍讀、侍講各二人，並正六品，五經博士九人，正八品，並世襲，別見。典籍二人，從八品，侍書二人，正九品，後不常設。待詔六人，從九品，不常設。孔目一人，未入流。史官修撰，從六品，編修，正七品，檢討，從七品，庶吉士，無定員。
學士掌制誥、史冊、文翰之事，以考議制度，詳正文書，備天子顧問。凡經筵日講，纂修實錄、玉牒、史志諸書，編纂六曹章奏，皆奉敕而統承之。誥敕，以學士一人兼領。正統中，王直、王英以禮部侍郎兼學士，專領誥敕，後罷。弘治七年復設。正德中，白鉞、費宏等由禮部尚書入東閣，專典誥敕。嘉靖六年復罷，以講、讀、編、檢等官管之。大政事、大典禮，集諸臣會議，則與諸司參決其可否。車駕幸太學聽講，凡郊祀慶成諸宴，則學士侍坐於四品京卿上。
侍讀、侍講掌講讀經史。五經博士，初置五人，各掌專經講義，繼以優給聖賢先儒後裔世襲，不治院事。
史官掌修國史。凡天文、地理、宗潢、禮樂、兵刑諸大政，及詔敕、書檄，批答王言，皆籍而記之，以備實錄。國家有纂修著作之書，則分掌考輯撰述之事。經筵充展卷官，鄉試充考試官，會試充同考官，殿試充收卷官。凡記注起居，編纂六曹章奏，謄黃冊封等咸充之。庶吉士讀書翰林院，以學士一人教習之。侍書掌以六書供侍。待詔掌應對。孔目掌文移。
吳元年，初置翰林院，秩正三品，設學士，正三品，侍講學士，正四品，直學士，正五品，修撰、典簿，正七品，編修，正八品。洪武二年置學士承旨，正三品，改學士，從三品。侍講學士，正四品，侍讀學士，從四品，修撰，正六品。增設待制，從五品，應奉，正七品，典籍，從八品，等官。十三年增設檢閱，從九品。十四年定學士為正五品，革承旨、直學士、待制、應奉、檢閱、典簿，設孔目、五經博士、侍書、待詔、檢討。令編修、檢討、典籍同左春坊左司直郎、正字、贊讀考駁諸司奏啟，平允則署其銜曰「翰林院兼平駁諸司文章事某官某」，列名書之。十八年更定品員，如前所列，獨未有庶吉士，以侍讀先侍講。建文時，仍設承旨，改侍讀、侍講兩學士為文學博士，設文翰、文史二館，文翰以居侍讀、侍講、侍書、五經博士、典籍、待詔，文史以居修撰、編修、檢討。改孔目為典簿，改中書舍人為侍書，以隸翰林。又設文淵閣待詔及拾遺、補闕等官。成祖初復舊。其年九月，特簡講、讀、編、檢等官參預機務，簡用無定員，謂之內閣。然解縉、胡廣等既直文淵閣，猶相繼署院事。至洪熙以後，楊士奇等加至師保，禮絕百僚，始不復署。正統七年，翰林院落成，學士錢習禮不設楊士奇、楊溥公座，曰「此非三公府也」，二楊以聞。乃命工部具椅案，禮部定位次，以內閣固翰林職也。嘉、隆以前，文移關白，猶稱翰林院，以後則竟稱內閣矣。其在六部，自成化時，周洪謨以後，禮部尚書、侍郎必由翰林，吏部兩侍郎必有一由於翰林。其由翰林者，尚書則兼學士，六部皆然，侍郎則兼侍讀、侍講學士。其在詹事府暨坊、局官，視其品級，必帶本院銜。詹事、少詹事帶學士銜，春坊大學士不常設，庶子、諭德、中允、贊善、洗馬等則帶講、讀學士以下至編、檢銜。
史官，自洪武十四年置修撰三人，編修、檢討各四人。其後由一甲進士除授及庶吉士留館授職，往往溢額，無定員。嘉靖八年復定講、讀、修撰各三人，編修、檢討各六人，皆從吏部推補，如諸司例。然未幾，即以侍從人少，詔采方正有學術者以充其選，因改御史胡經、員外郎陳束、主事唐順之等七人俱為編修。以後仍循舊例，由庶吉士除授，卒無定額。崇禎七年又考選推官、知縣為編修、檢討，蓋亦創舉，非常制也。
庶吉士自洪武初有六科庶吉士。十八年以進士在翰林院、承敕監等近侍者，俱稱庶吉士。永樂二年始定為翰林院庶吉士，選進士文學優等及善書者為之。三年試之。其留者，二甲授編修，三甲授檢討；不得留者，則為給事中、御史，或出為州縣官。宣德五年始命學士教習。萬曆以後，掌教習者，專以吏、禮二部侍郎二人。
明初，嘗置弘文館學士，洪武三年置，以胡鉉為學士，又命劉基、危素、王本中、睢稼皆兼弘文館學士，未幾罷。宣德間，復建弘文閣於思善門右，以翰林學士楊溥掌閣印，尋併入文淵閣。秘書監，洪武三年置，秩正六品，除監丞一人，直長二人，尋定設令一人，丞、直長各二人，掌內府書籍。十三年併入翰林院典籍。起居注，甲辰年置。吳元年定秩正五品。洪武四年改正七品。六年陞從六品。九年定起居注二人，後革。十四年復置，秩從七品，尋罷。至萬曆間，命翰林院官兼攝之。已復罷。尋皆罷。
國子監。祭酒一人，從四品，司業一人，正六品。其屬，繩愆廳，監丞一人，正八品。博士廳，五經博士五人，從八品。率性、修道、誠心、正義、崇志、廣業六堂，助教十五人，從八品，學正十人，正九品，學錄七人，從九品。典簿廳，典簿一人，從八品。典籍廳，典籍一人，從九品。掌饌廳，掌饌二人，未入流。
祭酒、司業，掌國學諸生訓導之政令。凡舉人、貢生、官生、恩生、功生、例生、土官、外國生、幼勳臣及勳戚大臣子弟之入監者，奉監規而訓課之，造以明體達用之學，以孝弟、禮義、忠信、廉恥為之本，以六經、諸史為之業，務各期以敦倫善行，敬業樂羣，以修舉古樂正、成均之師道。有不率者，扑以夏楚，不悛，徙謫之。其率教者，有升堂積分超格敍用之法。課業倣書，季呈翰林院考校，文冊歲終奏上。每歲仲春秋上丁，遣大臣祀先師，則總其禮儀。車駕幸學，則執經坐講。新進士釋褐，則坐而受拜。監丞掌繩愆廳之事，以參領監務，堅明其約束，諸師生有過及廩膳不潔，並糾懲之，而書之於集愆冊。博士掌分經講授，而時其考課。凡經，以易、詩、書、春秋、禮記，人專一經，大學、中庸、論語、孟子兼習之。助教、學士、學錄掌六堂之訓誨，士子肄業本堂，則為講說經義文字，導約之以規矩。典簿典文移金錢出納支受。典籍典書籍。掌饌掌飲饌。
明初，即置國子學。乙巳九月置國子學，以故集慶路學為之。洪武十四年改建國子學於雞鳴山下。設博士、助教、學正、學錄、典樂、典書、典膳等官。吳元年定國子學官制，增設祭酒、司業、典簿。祭酒，正四品，司業，正五品，博士，正七品，典簿，正八品，助教，從八品，學正，正九品，學錄，從九品，典膳，省注。洪武八年又置中都國子學，秩正四品，命國子學分官領之。十三年改典膳為掌饌。十五年改為國子監，秩從四品，設祭酒一人，司業一人，監丞、典簿各一人，博士三人，助教十六人，學正、學錄各三人，掌饌一人。各官品秩，如前所列。中都國子監制亦如之。十六年以宋訥為祭酒，敕諭之曰：「太學天下賢關，禮義所由出，人材所由興。卿夙學耆德，故特命為祭酒。尚體朕立教之意，俾諸生有成，士習丕變，國家其有賴焉。」又命曹國公李文忠領監事，車駕時幸。以故監官不得中廳而坐，中門而行。二十四年更定國子監品秩、員數。俱如前所列。中都國子監設祭酒、司業、監丞、典簿、博士、學正、學錄、掌饌各一人，助教二人，品秩與在京同。二十六年罷中都國子監。建文中，陞監丞為堂上官，革學正、學錄。成祖復舊制。永樂元年置國子監於北京，設祭酒、司業、監丞、典簿、博士、學正、學錄、掌饌各一人，助教二人。後增設不常，助教至十五人，學正至十一人，學錄至七人。後革助教二人，學正四人，學錄二人。萬曆九年又革助教四人，學錄一人。宣德九年省司業。弘治十五年復設。明初，祭酒、司業，擇有學行者任之，後皆由翰林院官遷轉。
衍聖公，孔氏世襲，正二品。袍帶、誥命、朝班一品。[洪武元年授孔子五十六代孫希學襲封。]其屬，掌書、典籍、司樂、知印、奏差、書寫各一人。[皆以流官充之。]曲阜知縣，孔氏世職。[洪武元年授孔子裔孫希大為曲阜世襲知縣。]翰林院世襲五經博士，[正八品，]孔氏二人，[正德元年授孔子五十九世孫彥繩主衢州廟祀。宋孔端友從高宗南渡，家於衢州，此孔氏南宗也。正德二年授孔聞禮奉子思廟祀。]顏氏一人，[景泰三年授顏子五十九世孫希惠。]曾氏一人，[嘉靖十八年授曾子六十代孫質粹。]仲氏一人，[萬曆十五年授子路裔孫仲呂。]孟氏一人，[景泰三年授孟子裔孫希文。]周氏一人，[景泰七年授先儒周敦頤裔孫冕。]程氏二人，[景泰六年授先儒程頤裔孫克仁。崇禎三年授先儒程顥裔孫接道。]邵氏一人，[崇禎三年授先儒邵雍裔孫繼祖。]張氏一人，[天啟二年以先儒張載裔孫文運為博士。]朱氏二人，[景泰六年授先儒朱熹裔孫梴。嘉靖二年又授墅為博士，主婺源廟祀。]劉氏一人，[景泰七年授誠意伯劉基七世孫祿，後革。]教授司，教授，[從九品，]學錄、學司，[並未入流，]孔、顏、曾、孟四氏，各一人。又尼山、洙泗二書院，各學錄一人。
先是，元代封孔子後裔為衍聖公，賜三品印。洪武元年，太祖既以孔希學襲封衍聖公，因謂禮臣曰：「孔子萬世帝王之師，待其後嗣，秩止三品，弗稱褒崇，其授希學秩二品，賜以銀印。」又命復孔、顏、孟三家子孫徭役。十八年敕工部詢問，凡有聖賢子孫以罪輸作者，釋之。永樂二十二年賜衍聖公宅於京師，加一品金織衣。正統元年詔免凡聖賢子孫差役，選周、程、張、朱諸儒子孫聰明俊秀可教養者，不拘名數，送所在儒學讀書，仍給廩饌。成化元年給孔、顏、孟三氏學印，令三年貢有學行者一人，入國子監。六年命衍聖公始襲者在監讀書一年。
都察院附總督巡撫 通政司 大理寺 詹事府附左右春坊司經局 翰林院 國子監 衍聖公附五經博士
都察院。左、右都御史，[正二品，]左、右副都御史，[正三品，]左、右僉都御史。[正四品。]其屬，經歷司，經歷一人，[正六品，]都事一人。[正七品。]司務廳，司務二人。[從九品。初設四人，後革二人]。照磨所，照磨，[正八品，]檢校。[正九品，]司獄司，司獄，[從九品。初設六人，後革五人。]各一人。十三道監察御史一百十人，[正七品，]浙江、江西、河南、山東各十人，福建、廣東、廣西、四川、貴州各七人，陝西、湖廣、山西各八人，雲南十一人。其在外加都御史或副、僉都御史銜者，有總督，有提督，有巡撫，有總督兼巡撫，提督兼巡撫，及經略、總理、贊理、巡視、撫治等員。[巡撫之名，起於懿文太子巡撫陝西。永樂十九年遣尚書蹇義等二十六人巡行天下，安撫軍民。以後不拘尚書、侍郎、都御史、少卿等官，事畢復命，即或停遣。初名巡撫，或名鎮守，後以鎮守侍郎與巡按御史不相統屬，文移窒礙，定為都御史。巡撫兼軍務者加提督，有總兵地方加贊理或參贊，所轄多、事重者加總督。他如整飭、撫治、巡治、總理等項，皆因事特設。其以尚書、侍郎任總督軍務者，皆兼都御史，以便行事。]
都御史職專糾劾百司，辯明冤枉，提督各道，為天子耳目風紀之司。凡大臣姦邪、小人搆黨、作威福亂政者，劾。凡百官猥茸貪冒壞官紀者，劾。凡學術不正、上書陳言變亂成憲、希進用者，劾。遇朝覲、考察，同吏部司賢否陟黜。大獄重囚會鞫於外朝，偕刑部、大理讞平之。其奉敕內地，拊循外地，各專其敕行事。
十三道監察御史，主察糾內外百司之官邪，或露章面劾，或封章奏劾。在內兩京刷卷，巡視京營，監臨鄉、會試及武舉，巡視光祿，巡視倉場，巡視內庫、皇城、五城，輪值登聞鼓。[後改科員。]在外巡按，[北直隸二人，南直隸三人，宣大一人，遼東一人，甘肅一人，十三省各一人。]清軍，提督學校，[兩京各一人，萬曆末，南京增設一人。]巡鹽，[兩淮一人，兩浙一人，長蘆一人，河東一人。]茶馬，[陝西。]巡漕，巡關，[宣德四年設立鈔關御史，至正統十年始遣主事。]儹運，印馬，屯田。師行則監軍紀功，各以其事專監察。而巡按則代天子巡狩，所按藩服大臣、府州縣官諸考察，舉劾尤專，大事奏裁，小事立斷。按臨所至，必先審錄罪囚，弔刷案卷，有故出入者理辯之。諸祭祀壇場，省其牆宇祭器。存恤孤老，巡視倉庫，查算錢糧，勉勵學校，表揚善類，翦除豪蠹，以正風俗，振綱紀。凡朝會糾儀，祭祀監禮。凡政事得失，軍民利病，皆得直言無避。有大政，集闕廷預議焉。蓋六部至重，然有專司，而都察院總憲綱，惟所見聞得糾察。諸御史糾劾，務明著實跡，開寫年月，毋虛文泛詆，訐拾細瑣。出按復命，都御史覆劾其稱職不稱職以聞。凡御史犯罪，加三等，有贓從重論。
十三道各協管兩京、直隸衙門；而都察院衙門分屬河南道，獨專諸內外考察。[浙江道協管中軍都督府，在京府軍左、金吾左、金吾右、金吾前、留守中、神策、應天、和陽、廣洋、武功中、武功後、茂陵十二衞，牧馬千戶所，及直隸廬州府，廬州、六安二衞。 江西道協管前軍都督府，在京府軍前、燕山左、龍江左、龍江右、龍驤、豹韜、天策、寬河八衞，及直隸淮安府，淮安、大河、邳州、九江、武清、龍門各衞。 福建道協管戶部，寶鈔提舉司，鈔紙、印鈔二局，承運、廣惠、廣積、廣盈、贓罰、甲乙丙丁戊字、天財、軍儲、供用、行用各庫，在京金吾後、武成中、飛熊、武功左、武功右、武功前、獻陵、景陵、裕陵、泰陵十衞，及直隸常州、池州二府，定邊、開平中屯二衞，美峪千戶所。 四川道協管工部，營繕所，文思院，御用、司設、神宮、尚衣、都知等監，惜薪司，兵仗、銀作、巾帽、鍼工、器皿、盔甲、軍器、寶源、皮作、鞍轡、織染、柴炭、抽分竹木各局，僧、道錄司，在京府軍、濟州、大寧前、蔚州左、永清左五衞，蕃牧千戶所，及直隸松江府、廣德州，金山、懷安、懷來各衞，神木千戶所，播州宣慰司，石砫、酉陽等宣撫司，天全六番招討司。 陝西道協管後軍都督府，大理寺，行人司，在京府軍後、鷹揚、興武、義勇右、橫海、江陰、康陵、昭陵八衞，敢勇、報效二營，韓、秦、慶、安化四府，及直隸和州，保定左、右、中、前四衞。 雲南道協管順天府，廣備庫，在京羽林前、通州二衞，及直隸永平、廣平二府，通州左、通州右、涿鹿、涿鹿左、涿鹿中、密雲中、密雲後、永平、山海、盧龍、撫寧、東勝左、東勝右、大同中屯、營州五屯、延慶、延慶左、延慶右、萬全左、萬全右各衞，居庸關、黃花鎮、寬河、武定各千戶所。 河南道協管禮部，都察院，翰林院，國子監，太常寺，光祿寺，鴻臚寺，尚寶司，中書舍人，欽天監，太醫院，司禮、尚膳、尚寶、直殿等監，酒醋局，鐘鼓司，教坊司，在京羽林左、留守前、留守後、神武左、神武前、彭城六衞，伊、唐、周、鄭四府，及兩淮鹽運司，直隸揚州、大名二府，揚州、高郵、儀真、歸德、寧山、潼關、神武右各衞，泰州、通州、汝寧各千戶所。 廣西道協管通政司，六科，在京燕山右、燕山前、大興左、騰驤左、騰驤右、武驤左、鎮南、瀋陽左、會州、富峪、忠義前、忠義後十二衞，及直隸安慶、徽州、保定、真定四府，安慶、新安、鎮武、真定各衞，紫荊關、倒馬關、廣昌各千戶所。 廣東道協管刑部，應天府，在京虎賁左、濟陽、武驤右、瀋陽右、武功左、武功右、孝陵、長陵八衞，及直隸延慶州，開平中屯衞。 山西道協管左軍都督府，在京錦衣、府軍右、留守左、驍騎左、驍騎右、龍虎、龍虎左、大寧中、義勇前、義勇後、英武、水軍左十二衞，晉府長史司，及直隸鎮江、太平二府，鎮江、建陽、瀋陽中屯各衞，平定、蒲州二千戶所。 山東道協管宗人府，兵部，會同館，御馬監，典牧所，大通關，在京羽林右、永清右、濟川三衞，及中都留守司，遼東都司，直隸鳳陽府，徐、滁二州，中都留守左、留守中、鳳陽、鳳陽中、鳳陽右、皇陵、長淮、懷遠、徐州、滁州、泗州、壽州、宿州、武平、沂州、德州、德州左、保定後、瀋陽中各衞，洪塘千戶所。 湖廣道協管右軍都督府，五城兵馬司，在京留守右、武德、忠義右、虎賁右、廣武、水軍右、江淮、永陵八衞，遼、梁、岷、吉、華陽五府，荊、襄、楚三府長史司，及興都留守司，直隸寧國府，寧國、宣州、神武中、定州、茂山各衞。 貴州道協管吏部，太僕寺，上林苑監，內官、印綬二監，在京旗手衞，及長蘆鹽運司，大寧都司，萬全都司，直隸蘇州、河間、順德三府，保安州、蘇州、太倉、鎮海、薊州、遵化、鎮朔、興州五屯，忠義中、河間、天津、天津左、天津右、宣府前、宣府左、宣府右、開平、保安右、蔚州、永寧各衞，嘉興、吳淞江、梁城、滄州、興和、長安、龍門各千戶所。]
初，吳元年置御史臺，設左、右御史大夫，[從一品，]御史中丞，[正二品，]侍御史，[從二品，]治書侍御史，[正三品，]殿中侍御史，[正五品，]察院監察御史，[正七品，]經歷，[從五品，]都事，[正七品，]照磨、管勾。[正八品。]以鄧愈、湯和為御史大夫，劉基、章溢為御史中丞，諭之曰：「國家立三大府，中書總政事，都督掌軍旅，御史掌糾察。朝廷紀綱盡繫於此，而臺察之任尤清要。卿等當正己以率下，忠勤以事上，毋委靡因循以縱姦，毋假公濟私以害物。」洪武九年汰侍御史及治書、殿中侍御史。十年七月詔遣監察御史巡按州縣。十三年專設左、右中丞，[正二品，]左、右侍御史，[正四品。]尋罷御史臺。十五年更置都察院，設監察都御史八人，秩正七品。分監察御史為浙江、河南、山東、北平、山西、陝西、湖廣、福建、江西、廣東、廣西、四川十二道，各道置御史或五人或三、四人，秩正九品。每道鑄印二，一畀御史久次者掌之，一藏內府，有事受印以出，既事納之，文曰「繩愆糾繆」。以秀才李原名、詹徽等為都御史，吳荃等為試監察御史。[試御史，一年後實授。又有理刑進士，理刑知縣、理都察院刑獄，半年實授。正德中革。]十六年陞都察院為正三品，設左、右都御史各一人，正三品，左、右副都御史各一人，正四品，左、右僉都御史各二人，正五品，經歷一人，正七品，知事一人，正八品。十七年陞都御史正二品，副都御史正三品，僉都御史正四品，十二道監察御史正七品。二十三年，左副都御史袁泰言，「各道印篆相同，慮有詐偽」，乃更鑄監察御史印曰「某道監察御史印」，其巡按印曰「巡按某處監察御史印」。建文元年改設都御史一人，革僉都御史。二年改為御史府，設御史大夫，改十二道為左、右兩院，止設御史二十八人。成祖復舊制。
永樂元年改北平道為北京道。十九年罷北京道，增設貴州、雲南、交阯三道。洪熙元年稱行在都察院，同六部，又定巡按以八月出巡。宣德十年罷交阯道，始定為十三道。正統中，去「行在」字。嘉靖中，以清屯，增副都御史三人，尋罷。隆慶中，以提督京營，增右都御史三人，尋亦罷。
總督漕運兼提督軍務巡撫鳳陽等處兼管河道一員。太祖時，嘗置京畿都漕運司，設漕運使。[洪武元年置漕運使，正四品，知事，正八品，提控案牘，從九品，屬官監運，正九品，都綱，省注。十四年罷。]永樂間，設漕運總兵官，以平江伯陳瑄治漕。宣德中，又遣侍郎、都御史、少卿等官督運。至景泰二年，因漕運不繼，始命副都御史王竑總督，因兼巡撫淮、揚、廬、鳳四府，徐、和、滁三州，治淮安。成化八年分設巡撫、總漕各一員。九年復舊。正德十三年又分設。十六年又復舊。嘉靖三十六年，以倭警，添設提督軍務巡撫鳳陽都御史。四十年歸併，改總督漕運兼提督軍務。萬曆七年加兼管河道。
總督薊遼、保定等處軍務兼理糧餉一員。嘉靖二十九年置。先是，薊、遼有警，間遣重臣巡視，或稱提督。至是以邊患益甚，始置總督，開府密雲，轄順天、保定、遼東三巡撫，兼理糧餉。萬曆九年加兼巡撫順天等處。十一年復舊。天啟元年置遼東經略。[經略之名，起於萬曆二十年宋應昌暨後楊鎬。至天啟元年，又以內閣孫承宗督師經略山海關，稱樞輔。]崇禎四年併入總督。十一年又增設總督於保定。
總督宣大、山西等處軍務兼理糧餉一員。正統元年始遣僉都御史巡撫宣大。景泰二年，宣府、大同各設巡撫，遣尚書石璞總理軍務。成化、弘治間，有警則遣。正德八年設總制。嘉靖初，兼轄偏、保。二十九年去偏、保，定設總督宣大、山西等處銜。三十八年令防秋日駐宣府。四十三年移駐懷來。隆慶四年移駐陽和。
總督陝西三邊軍務一員。弘治十年，火篩入寇，議遣重臣總督陝西、甘肅、延綏、寧夏軍務，乃起左都御史王越任之。十五年以後，或設或罷。至嘉靖四年，始定設，初稱提督軍務。七年改為總制。十九年避制字，改為總督，開府固原，防秋駐花馬池。
總督兩廣軍務兼理糧餉帶管鹽法兼巡撫廣東地方一員。永樂二年遣給事中雷填巡撫廣西。十九年遣郭瑄、艾廣巡撫廣東。景泰三年，苗寇起，以兩廣宜協濟應援，乃設總督。成化元年兼巡撫事，駐梧州。正德十四年改總督為總制，尋改提督。嘉靖四十五年另設廣東巡撫，改提督為總督，止兼巡撫廣西，駐肇慶。隆慶三年又設廣西巡撫，除兼職。四年革廣東巡撫，改為提督兩廣軍務兼理糧餉，巡撫廣東。萬曆三年仍改總督，加帶管鹽法。
總督四川、陝西、河南、湖廣等處軍務一員。正德五年設，尋罷。嘉靖二十七年，以苗患，又設總督四川、湖廣、貴州、雲南等處軍務。四十二年罷。天啟元年，以土官奢崇明反，又設四川、湖廣、雲南、貴州、廣西五省總督。四年兼巡撫貴州。
總督浙江、福建、江南兼制江西軍務一員。嘉靖三十三年，以倭犯杭州置。四十一年革。
總督陝西、山西、河南、湖廣、四川五省軍務一員。崇禎七年置，或兼七省。十二年後，俱以內閣督師。
總督鳳陽地方兼制河南、湖廣軍務一員。崇禎十四年設。
總督保定地方軍務一員。崇禎十一年設。
總督河南、湖廣軍務兼巡撫河南一員。崇禎十六年設。
總督九江地方兼制江西、湖廣軍務一員。崇禎十六年設。
總理南直隸、河南、山東、湖廣、四川軍務一員。崇禎八年設，以盧象昇為之，與總督或分或併。
總理河漕兼提督軍務一員。永樂九年遣尚書治河，自後間遣侍郎、都御史。成化後，始稱總督河道。正德四年定設都御史。嘉靖二十年以都御史加工部職銜，提督河南、山東、直隸河道。隆慶四年加提督軍務。萬曆五年改總理河漕兼提督軍務。八年革。
總理糧儲提督軍務兼巡撫應天等府一員。宣德五年初命侍郎總督糧儲兼巡撫。景泰四年定遣都御史。嘉靖三十三年以海警，加提督軍務，駐蘇州。萬曆中，移駐句容，已復駐蘇州。
巡撫浙江等處地方兼提督軍務一員。永樂初，遣尚書治兩浙農事。以後或巡視或督鹺，有事則遣。嘉靖二十六年以海警，始命都御史巡撫浙江，兼管福建福、興、建寧、漳、泉海道地方，提督軍務。二十七年改巡撫為巡視。二十八年罷。三十一年復設。
巡撫福建地方兼提督軍務一員。嘉靖二十六年既設浙江巡撫兼轄福、興、漳、泉等處，三十五年以閩、浙道遠，又設提督軍務兼巡福、興、漳、泉、福寧海道都御史。後改巡撫福建，統轄全省。
巡撫順天等府地方兼整飭薊州等處邊備一員。成化二年始專設都御史贊理軍務，巡撫順天、永平二府，尋兼撫河間、真定、保定，凡五府。七年兼理八府。八年以畿輔地廣，從居庸關中分，設二巡撫，其東為巡撫順天、永平二府，駐遵化。崇禎二年又於永平分設巡撫兼提督山海軍務，其舊者止轄順天。
巡撫保定等府提督紫荊等關兼管河道一員。成化八年分居庸關以西，另設巡撫保定、真定、河間、順德、大名、廣平六府，提督紫荊、倒馬、龍泉等關，駐真定。萬曆七年兼管河道。
巡撫河南等處地方兼管河道提督軍務一員。宣德五年遣兵部侍郎于謙巡撫山西、河南。正統七年以右副都御史王來巡撫湖廣、河南。景泰七年始專設河南巡撫。萬曆七年兼管河道。八年加提督軍務。
巡撫山西地方兼提督雁門等關軍務一員。宣德五年以侍郎巡撫河南、山西。正統十三年始命都御史專撫山西，鎮守雁門。天順、成化間暫革，尋復置。
巡撫山東等處地方督理營田兼管河道提督軍務一員。正統五年始設巡撫。十三年定遣都御史。嘉靖四十二年加督理營田。萬曆七年兼管河道。八年加提督軍務。
巡撫遼東地方贊理軍務一員。正統元年設，舊駐遼陽，後地日蹙，移駐廣寧，駐山海關，後又駐寧遠。
巡撫宣府地方贊理軍務一員。正統元年命都御史出巡塞北，因奏設巡撫兼理大同。景泰二年另設大同巡撫，後復併為一。成化十年復分設。十四年加贊理軍務。
巡撫大同地方贊理軍務一員。初與宣府共一巡撫，後或分或併。成化十年復專設，加贊理軍務。
巡撫延綏等處贊理軍務一員。宣德十年遣都御史出鎮。景泰元年專設巡撫加參贊軍務。成化九年徙鎮榆林。隆慶六年改贊理軍務。
巡撫寧夏地方贊理軍務一員。正統元年以右僉都御史郭智鎮撫寧夏，參贊軍務。天順元年罷。二年復設，去參贊。隆慶六年加贊理軍務。
巡撫甘肅等處贊理軍務一員。宣德十年命侍郎鎮守。正統元年，甘、涼用兵，命侍郎參贊軍務。景泰元年定設巡撫都御史。隆慶六年改贊理軍務。
巡撫陝西地方贊理軍務一員。宣德初，遣尚書、侍郎出鎮。正統間，命右都御史陳鎰、王文等出入更代。景泰初，耿九疇以刑部侍郎出鎮，文移不得徑下按察司，特改都御史巡撫。成化二年加提督軍務，後改贊理，駐西安，防秋駐固原。
巡撫四川等處地方兼提督軍務一員。宣德五年命都御史鎮撫，後停遣。正統十四年始設巡撫。萬曆十一年加提督軍務。
巡撫湖廣等處地方兼贊理軍務一員。正統三年命都御史賈諒鎮守，以後或侍郎或大理卿出撫。景泰元年定設巡撫都御史兼贊理軍務。萬曆八年改為提督軍務。十二年仍為贊理。
巡撫江西地方兼理軍務一員。永樂後，間設巡撫鎮守。成化以後，定為巡撫，或有時罷遣。嘉靖六年始定設。四十年加兼理軍務。
巡撫南贛汀韶等處地方提督軍務一員。弘治十年始設巡撫。正德十一年改提督軍務。嘉靖四十五年定巡撫銜，所轄南安、贛州、南雄、韶州、汀州幷郴州地方，駐贛州。
巡撫廣東地方兼贊理軍務一員。永樂中，設巡撫，後以總督兼巡撫事，遂罷不設。嘉靖四十五年復另設巡撫，加贊理軍務。隆慶四年又罷。
巡撫廣西地方一員。廣西舊有巡撫，沿革不常。隆慶三年復專設。
巡撫雲南兼建昌、畢節等處地方贊理軍務兼督川、貴糧餉一員。正統九年命侍郎參贊軍務。十年設鎮撫。天順元年罷。成化十二年復設。嘉靖三十年加兼理軍務。四十三年改贊理。隆慶二年兼撫建昌、畢節等處。
巡撫貴州兼督理湖北、川東等處地方提督軍務一員。正統十四年以苗亂置總督，鎮守貴州、湖北、川東等處。景泰元年另設貴州巡撫。成化八年罷。十一年復設。正德二年又罷。五年又復設。嘉靖四十二年裁革總督，令巡撫兼理湖北、川東等處提督軍務。
巡撫天津地方贊理軍務一員。萬曆二十五年以倭陷朝鮮，暫設，尋為定制。
巡撫登萊地方贊理軍務一員。天啟元年設。崇禎二年罷。三年復設。
巡撫安廬地方贊理軍務一員。崇禎十年設，以史可法為之。十六年又增設安、太、池、廬四府巡撫。
巡撫偏沅地方贊理軍務一員。萬曆二十七年以征播暫設，尋罷。天啟二年後，或置或罷。崇禎二年定設。
巡撫密雲地方贊理軍務一員。崇禎十一年設。
巡撫淮揚地方贊理軍務一員。崇禎十一年設。
巡撫承天贊理軍務一員。崇禎十六年設。
撫治鄖陽等處地方兼提督軍務一員。成化十二年以鄖、襄流民屢叛，遣都御史安撫，因奏設官撫治之。萬曆二年以撫治事權不專，添提督軍務兼撫治職銜。九年裁革，十一年復設。
贊理松潘地方軍務一員。正統四年以王翺為之。
通政使司。通政使一人，[正三品，]左、右通政各一人，謄黃右通政一人，[正四品，]左、右參議各一人。[正五品。]其屬，經歷司，經歷一人，[正七品，]知事一人。[正八品。]
通政使掌受內外章疏敷奏封駁之事。凡四方陳情建言，申訴冤滯，或告不法等事，於底簿內謄寫訴告緣由，齎狀奏聞。凡天下臣民實封入遞，即於公廳啟視，節寫副本，然後奏聞。即五軍、六部、都察院等衙門，有事關機密重大者，其入奏仍用本司印信。凡諸司公文、勘合辨驗允當，編號注寫，公文用「日照之記」、勘合用「驗正之記」關防之。凡在外之題本、奏本，在京之奏本，並受之，於早朝彙而進之。有徑自封進者則參駁。午朝則引奏臣民之言事者，有機密則不時入奏。有違誤則籍而彙請。凡抄發、照駁諸司公移及勘合、訟牒、勾提件數、給繇人員，月終類奏，歲終通奏。凡議大政、大獄及會推文武大臣，必參預。
初，洪武三年置察言司，設司令二人，掌受四方章奏，尋罷。十年置通政使司，以曾秉正為通政使，劉仁為左通政，諭之曰：「政猶水也，欲其常通，故以『通政』名官。卿其審命令以正百司，達幽隱以通庶務。當執奏者勿忌避，當駁正者勿阿隨，當敷陳者毋隱蔽，當引見者毋留難。」十二年撥承敕監給事中、殿廷儀禮司、九關通事使隸焉。建文中，改司為寺，通政使為通政卿，通政參議為少卿，寺丞增置左、右補闕，左、右拾遺各一人。成祖復舊制。成化二年置提督謄黃右通政，不理司事，錄武官黃衞所襲替之故，以徵選事。萬曆九年革。
大理寺。卿一人，[正三品，]左、右少卿各一人，[正四品，]左、右寺丞各一人。[正五品。]其屬，司務廳，司務二人。[從九品。]左、右二寺，各寺正一人，[正六品，]寺副二人，[從六品，後革右寺副一人。]評事四人。[正七品。初設右評事八人，後革四人。]
卿掌審讞平反刑獄之政令。少卿、寺丞贊之。左、右寺分理京畿、十三布政司刑名之事。凡刑部、都察院、五軍斷事官所推問獄訟，皆移案牘，引囚徒，詣寺詳讞。左、右寺寺正，各隨其所轄而覆審之。既按律例，必復問其款狀，情允罪服，始呈堂准擬具奏。不則駁令改擬，曰照駁。三擬不當，則糾問官，曰參駁。有牾律失入者，調他司再訊，曰番異。猶不愜，則請下九卿會訊，曰圓審。已評允而招由未明，移再訊，曰追駁。屢駁不合，則請旨發落，曰制決。凡獄既具，未經本寺評允，諸司毋得發遣。誤則糾之。
初，吳元年置大理司卿，秩正三品。洪武元年革。三年置磨勘司，凡諸司刑名、錢糧，有冤濫隱匿者，稽其功過以聞。尋亦革。洪武三年置磨勘司，設司令、司丞。七年增設司令一人，司丞五人，首領官五人，分為四科。十年革。十四年復置磨勘司，設司令一人，左、右司丞各一人，左、右司副各一人。二十年復罷。十四年復置大理寺，改卿秩正五品，左、右少卿從五品，左、右寺丞正六品。其屬，左、右寺正各一人，寺副各二人，左評事四人，右評事八人。又置審刑司，共平庶獄。凡大理寺所理之刑，審刑司復詳議之。審刑司設左、右審刑各一人，正六品；左、右詳議各三人，正七品。十七年改建刑部、都察院、大理寺、審刑司、五軍斷事官署於太平門外，名其所曰貫城。十九年罷審刑司。二十二年復，卿秩正三品。少卿二人，正四品，丞三人，正五品。其左、右寺官如故。二十九年又罷，盡移案牘於後湖。建文初復置，改左、右寺為司，寺正為都評事，寺副為副都評事，司務為都典簿。司務，洪武二十六年置。
成祖初，仍置大理寺，其左、右寺設官，復如洪武時。又因左、右二寺評事多寡不等，所治事亦繁簡不均，以二寺評事均分，左、右各六人，如刑部、都察院十二司道，各帶管直隸地方審錄。初，太祖設左評事四員，分管在京諸司及直隸衞所、府州縣刑名。右評事八員，分管在外十三布政司、都司、衞所、府州縣刑名。永樂二年仍復舊。後定都北京，又改分寺屬。兩京、五府、六部、京衞等衙門刑名，屬左寺。順天、應天二府，南、北直隸衞所、府州縣並在外浙江等布政司、都司、衞所刑名，屬右寺。弘治元年裁減右評事四人。時天下罪囚，類不解審，右寺事顧簡於左寺。
萬曆九年，更定左、右寺分理天下刑獄。浙江、福建、山東、廣東、四川、貴州六司道，左寺理之。江西、陝西、河南、山西、湖廣、廣西、雲南七司道，右寺理之。以能按律出人罪者為稱職。大理寺之設，為慎刑也。三法司會審，初審，刑部、都察院為主，覆審，本寺為主。明初，猶置刑具、牢獄。弘治以後，止閱案卷，囚徒俱不到寺。司務典出納文移。
詹事府。詹事一人，正三品，少詹事二人，正四品，府丞二人，正六品。主簿廳，主簿一人，從七品，錄事二人，正九品，通事舍人二人。左春坊，大學士，正五品，左庶子，正五品，左諭德，從五品，各一人，左中允，正六品，左贊善，從六品，左司直郎，從六品，後不常設，各二人，左清紀郎一人，從八品，不常設，左司諫二人，從九品，不常設。右春坊，亦如之。司經局，洗馬一人，從五品，校書，正九品，正字，從九品，各二人。
詹事掌統府、坊、局之政事，以輔導太子。少詹事佐之。凡入侍太子，與坊、局翰林官番直進講尚書、春秋、資治通鑑、大學衍義、貞觀政要諸書。前期纂輯成章進御，然後赴文華殿講讀。講讀畢，率其僚屬，以朝廷所處分軍國重事及撫諭諸蕃恩義，陳說於太子。凡朝賀，必先奏朝廷，乃具啟本以進。凡府僚暨坊、局官與翰林院職互相兼，試士、修書皆與焉。通事舍人典東宮朝謁、辭見之禮，承令勞問之事，凡廷臣朝賀、進箋、進春、進曆於太子，則引入而舉案。
春坊大學士掌太子上奏請、下啟箋及講讀之事，皆審慎而監省之。庶子、諭德、中允、贊善各奉其職以從。凡東宮監國、撫軍、出狩，及朝會出入，覆啟，畫諾，必審署以移詹事。諸祥眚必啟告。內外庶政可為規鑒者，隨事而贊諭。伶人、僕御有改變新聲、導逢非禮者，則陳古義，申典制，糾正而請斥遠之。司直、清紀郎掌彈劾宮僚，糾舉職事。文華殿講讀畢，諸臣班退，有獨留奏事及私謁者，則共糾之。司諫掌箴誨鑒戒，以拾遺補過。凡有啟事於東宮，與司直、清紀執筆紀令旨，規正其偽繆者。
洗馬掌經史子集、制典、圖書刊輯之事。立正本、副本、貯本以備進覽。凡天下圖冊上東宮者，皆受而藏之。校書、正字掌繕寫裝潢，詮其訛謬而調其音切，以佐洗馬。
先是，洪武初，置大本堂，充古今圖籍其中，召四方名儒訓導太子、親王。諸儒專經面授，分番夜直。已而，太子居文華堂，諸儒迭班侍從，又選才俊之士入充伴讀，時時賜宴、賦詩，商榷今古，評論文學。是時，東宮官屬，自太子少師、少傅、少保、賓客外，則有左、右詹事，同知詹事院事，副詹事，詹事丞，左、右率府使，同知左、右率府事，左、右率府副使，諭德，贊善大夫，皆以勳舊大臣兼領其職。又有文學、中舍、正字、侍正、洗馬、庶子及贊讀等官。十五年更定左、右春坊官，各置庶子、諭德、中允、贊善、司直郎，又各設大學士。尋定司經局官，設洗馬、校書、正字。二十二年以官聯無統，始置詹事院。二十五年改院為府，定詹事秩正三品，春坊大學士正五品，司經局洗馬從五品。雖各有印，而事總於詹事府。二十九年增設左、右春坊清紀郎、司諫、通事舍人。建文中，增少卿、寺丞各一人，賓客二人。又置資德院資德一人，資善二人。其屬，贊讀、贊書、著作郎各二人，掌典籍各一人。成祖復舊制。英宗初，命大學士提調講讀官。
按詹事府多由他官兼掌。天順以前，或尚書、侍郎、都御史，成化以後，率以禮部尚書、侍郎由翰林出身者兼掌之。其協理者無常員。春坊大學士，景泰間，倪謙、劉定之而後，僅楊廷和一任之，後不復設。其司直、司諫、清紀郎亦不常置。惟嘉靖十八年以陸深為詹事，崔銑為少詹事，王教、羅洪先、華察等為諭德、贊善、洗馬，皇甫涍、唐順之等為司直、司諫，皆天下名儒。自明初宋濂諸人後，宮僚莫盛於此。嗣是，出閤講讀，每點別員，本府坊局僅為翰林官遷轉之階。
翰林院。學士一人，正五品，侍讀學士、侍講學士各二人，並從五品，侍讀、侍講各二人，並正六品，五經博士九人，正八品，並世襲，別見。典籍二人，從八品，侍書二人，正九品，後不常設。待詔六人，從九品，不常設。孔目一人，未入流。史官修撰，從六品，編修，正七品，檢討，從七品，庶吉士，無定員。
學士掌制誥、史冊、文翰之事，以考議制度，詳正文書，備天子顧問。凡經筵日講，纂修實錄、玉牒、史志諸書，編纂六曹章奏，皆奉敕而統承之。誥敕，以學士一人兼領。正統中，王直、王英以禮部侍郎兼學士，專領誥敕，後罷。弘治七年復設。正德中，白鉞、費宏等由禮部尚書入東閣，專典誥敕。嘉靖六年復罷，以講、讀、編、檢等官管之。大政事、大典禮，集諸臣會議，則與諸司參決其可否。車駕幸太學聽講，凡郊祀慶成諸宴，則學士侍坐於四品京卿上。
侍讀、侍講掌講讀經史。五經博士，初置五人，各掌專經講義，繼以優給聖賢先儒後裔世襲，不治院事。
史官掌修國史。凡天文、地理、宗潢、禮樂、兵刑諸大政，及詔敕、書檄，批答王言，皆籍而記之，以備實錄。國家有纂修著作之書，則分掌考輯撰述之事。經筵充展卷官，鄉試充考試官，會試充同考官，殿試充收卷官。凡記注起居，編纂六曹章奏，謄黃冊封等咸充之。庶吉士讀書翰林院，以學士一人教習之。侍書掌以六書供侍。待詔掌應對。孔目掌文移。
吳元年，初置翰林院，秩正三品，設學士，正三品，侍講學士，正四品，直學士，正五品，修撰、典簿，正七品，編修，正八品。洪武二年置學士承旨，正三品，改學士，從三品。侍講學士，正四品，侍讀學士，從四品，修撰，正六品。增設待制，從五品，應奉，正七品，典籍，從八品，等官。十三年增設檢閱，從九品。十四年定學士為正五品，革承旨、直學士、待制、應奉、檢閱、典簿，設孔目、五經博士、侍書、待詔、檢討。令編修、檢討、典籍同左春坊左司直郎、正字、贊讀考駁諸司奏啟，平允則署其銜曰「翰林院兼平駁諸司文章事某官某」，列名書之。十八年更定品員，如前所列，獨未有庶吉士，以侍讀先侍講。建文時，仍設承旨，改侍讀、侍講兩學士為文學博士，設文翰、文史二館，文翰以居侍讀、侍講、侍書、五經博士、典籍、待詔，文史以居修撰、編修、檢討。改孔目為典簿，改中書舍人為侍書，以隸翰林。又設文淵閣待詔及拾遺、補闕等官。成祖初復舊。其年九月，特簡講、讀、編、檢等官參預機務，簡用無定員，謂之內閣。然解縉、胡廣等既直文淵閣，猶相繼署院事。至洪熙以後，楊士奇等加至師保，禮絕百僚，始不復署。正統七年，翰林院落成，學士錢習禮不設楊士奇、楊溥公座，曰「此非三公府也」，二楊以聞。乃命工部具椅案，禮部定位次，以內閣固翰林職也。嘉、隆以前，文移關白，猶稱翰林院，以後則竟稱內閣矣。其在六部，自成化時，周洪謨以後，禮部尚書、侍郎必由翰林，吏部兩侍郎必有一由於翰林。其由翰林者，尚書則兼學士，六部皆然，侍郎則兼侍讀、侍講學士。其在詹事府暨坊、局官，視其品級，必帶本院銜。詹事、少詹事帶學士銜，春坊大學士不常設，庶子、諭德、中允、贊善、洗馬等則帶講、讀學士以下至編、檢銜。
史官，自洪武十四年置修撰三人，編修、檢討各四人。其後由一甲進士除授及庶吉士留館授職，往往溢額，無定員。嘉靖八年復定講、讀、修撰各三人，編修、檢討各六人，皆從吏部推補，如諸司例。然未幾，即以侍從人少，詔采方正有學術者以充其選，因改御史胡經、員外郎陳束、主事唐順之等七人俱為編修。以後仍循舊例，由庶吉士除授，卒無定額。崇禎七年又考選推官、知縣為編修、檢討，蓋亦創舉，非常制也。
庶吉士自洪武初有六科庶吉士。十八年以進士在翰林院、承敕監等近侍者，俱稱庶吉士。永樂二年始定為翰林院庶吉士，選進士文學優等及善書者為之。三年試之。其留者，二甲授編修，三甲授檢討；不得留者，則為給事中、御史，或出為州縣官。宣德五年始命學士教習。萬曆以後，掌教習者，專以吏、禮二部侍郎二人。
明初，嘗置弘文館學士，洪武三年置，以胡鉉為學士，又命劉基、危素、王本中、睢稼皆兼弘文館學士，未幾罷。宣德間，復建弘文閣於思善門右，以翰林學士楊溥掌閣印，尋併入文淵閣。秘書監，洪武三年置，秩正六品，除監丞一人，直長二人，尋定設令一人，丞、直長各二人，掌內府書籍。十三年併入翰林院典籍。起居注，甲辰年置。吳元年定秩正五品。洪武四年改正七品。六年陞從六品。九年定起居注二人，後革。十四年復置，秩從七品，尋罷。至萬曆間，命翰林院官兼攝之。已復罷。尋皆罷。
國子監。祭酒一人，從四品，司業一人，正六品。其屬，繩愆廳，監丞一人，正八品。博士廳，五經博士五人，從八品。率性、修道、誠心、正義、崇志、廣業六堂，助教十五人，從八品，學正十人，正九品，學錄七人，從九品。典簿廳，典簿一人，從八品。典籍廳，典籍一人，從九品。掌饌廳，掌饌二人，未入流。
祭酒、司業，掌國學諸生訓導之政令。凡舉人、貢生、官生、恩生、功生、例生、土官、外國生、幼勳臣及勳戚大臣子弟之入監者，奉監規而訓課之，造以明體達用之學，以孝弟、禮義、忠信、廉恥為之本，以六經、諸史為之業，務各期以敦倫善行，敬業樂羣，以修舉古樂正、成均之師道。有不率者，扑以夏楚，不悛，徙謫之。其率教者，有升堂積分超格敍用之法。課業倣書，季呈翰林院考校，文冊歲終奏上。每歲仲春秋上丁，遣大臣祀先師，則總其禮儀。車駕幸學，則執經坐講。新進士釋褐，則坐而受拜。監丞掌繩愆廳之事，以參領監務，堅明其約束，諸師生有過及廩膳不潔，並糾懲之，而書之於集愆冊。博士掌分經講授，而時其考課。凡經，以易、詩、書、春秋、禮記，人專一經，大學、中庸、論語、孟子兼習之。助教、學士、學錄掌六堂之訓誨，士子肄業本堂，則為講說經義文字，導約之以規矩。典簿典文移金錢出納支受。典籍典書籍。掌饌掌飲饌。
明初，即置國子學。乙巳九月置國子學，以故集慶路學為之。洪武十四年改建國子學於雞鳴山下。設博士、助教、學正、學錄、典樂、典書、典膳等官。吳元年定國子學官制，增設祭酒、司業、典簿。祭酒，正四品，司業，正五品，博士，正七品，典簿，正八品，助教，從八品，學正，正九品，學錄，從九品，典膳，省注。洪武八年又置中都國子學，秩正四品，命國子學分官領之。十三年改典膳為掌饌。十五年改為國子監，秩從四品，設祭酒一人，司業一人，監丞、典簿各一人，博士三人，助教十六人，學正、學錄各三人，掌饌一人。各官品秩，如前所列。中都國子監制亦如之。十六年以宋訥為祭酒，敕諭之曰：「太學天下賢關，禮義所由出，人材所由興。卿夙學耆德，故特命為祭酒。尚體朕立教之意，俾諸生有成，士習丕變，國家其有賴焉。」又命曹國公李文忠領監事，車駕時幸。以故監官不得中廳而坐，中門而行。二十四年更定國子監品秩、員數。俱如前所列。中都國子監設祭酒、司業、監丞、典簿、博士、學正、學錄、掌饌各一人，助教二人，品秩與在京同。二十六年罷中都國子監。建文中，陞監丞為堂上官，革學正、學錄。成祖復舊制。永樂元年置國子監於北京，設祭酒、司業、監丞、典簿、博士、學正、學錄、掌饌各一人，助教二人。後增設不常，助教至十五人，學正至十一人，學錄至七人。後革助教二人，學正四人，學錄二人。萬曆九年又革助教四人，學錄一人。宣德九年省司業。弘治十五年復設。明初，祭酒、司業，擇有學行者任之，後皆由翰林院官遷轉。
衍聖公，孔氏世襲，正二品。袍帶、誥命、朝班一品。[洪武元年授孔子五十六代孫希學襲封。]其屬，掌書、典籍、司樂、知印、奏差、書寫各一人。[皆以流官充之。]曲阜知縣，孔氏世職。[洪武元年授孔子裔孫希大為曲阜世襲知縣。]翰林院世襲五經博士，[正八品，]孔氏二人，[正德元年授孔子五十九世孫彥繩主衢州廟祀。宋孔端友從高宗南渡，家於衢州，此孔氏南宗也。正德二年授孔聞禮奉子思廟祀。]顏氏一人，[景泰三年授顏子五十九世孫希惠。]曾氏一人，[嘉靖十八年授曾子六十代孫質粹。]仲氏一人，[萬曆十五年授子路裔孫仲呂。]孟氏一人，[景泰三年授孟子裔孫希文。]周氏一人，[景泰七年授先儒周敦頤裔孫冕。]程氏二人，[景泰六年授先儒程頤裔孫克仁。崇禎三年授先儒程顥裔孫接道。]邵氏一人，[崇禎三年授先儒邵雍裔孫繼祖。]張氏一人，[天啟二年以先儒張載裔孫文運為博士。]朱氏二人，[景泰六年授先儒朱熹裔孫梴。嘉靖二年又授墅為博士，主婺源廟祀。]劉氏一人，[景泰七年授誠意伯劉基七世孫祿，後革。]教授司，教授，[從九品，]學錄、學司，[並未入流，]孔、顏、曾、孟四氏，各一人。又尼山、洙泗二書院，各學錄一人。
先是，元代封孔子後裔為衍聖公，賜三品印。洪武元年，太祖既以孔希學襲封衍聖公，因謂禮臣曰：「孔子萬世帝王之師，待其後嗣，秩止三品，弗稱褒崇，其授希學秩二品，賜以銀印。」又命復孔、顏、孟三家子孫徭役。十八年敕工部詢問，凡有聖賢子孫以罪輸作者，釋之。永樂二十二年賜衍聖公宅於京師，加一品金織衣。正統元年詔免凡聖賢子孫差役，選周、程、張、朱諸儒子孫聰明俊秀可教養者，不拘名數，送所在儒學讀書，仍給廩饌。成化元年給孔、顏、孟三氏學印，令三年貢有學行者一人，入國子監。六年命衍聖公始襲者在監讀書一年。
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