《禅真后史》较早的刻本有明崇祯年间峥霄馆刊本、钱塘金衙梓行本。清初又有覆明刻本，后又有同治年间重刻等多种版本。其中有60回本，有53回本，有目录为53回而正文为60回本。53回本是删略原60回本中第49回至55回而成者。此本是以明刊60回本为依据，参考北京图书馆藏本。删节涉及僧尼淫邪丑行的情节。小说接《禅真逸史》，写云薛举在卢溪州托生为瞿琰，被林澹然转世而成的老僧上门化缘后带走，授以各种本领以便护国救民。后因立功而被封为东部司理，继续仗义行侠，救民疾苦。后吞服老僧所赐的四粒金丸，乃大彻大悟，白日飞升而去。

全称《新镌批评出像通俗演义禅真后史》，题“清溪道人编次”、“冲和居士评校”。清溪道人即明末方汝浩（详本《古本小说集成》《禅真逸史》之提要），冲和居士无考。卷首有崇祯己巳（二年，1629）翠娱阁主人（杭州陆云龙）序文及〈禅真后史源流〉一文。据孙楷第《中国通俗小说书目》，此书有明峥霄馆刊本，藏日本日光山慈眼堂。另有明末“钱塘金衙梓”本，藏北京、上海、辽宁、浙江等地图书馆。此外，尚有清末删节本，删去原书第49至55回。

《禅真后史》是《禅真逸史》的续书。《后史》写唐贞末年，上帝为扫除人间暴乱，殄灭妖氛，令已成仙的薛举下凡，降生为人，名瞿琰。瞿琰经仙僧指点，通五经，精武艺。年长后诛异僧、服生番、剿邪魔、败权奸、灭毒疫、赈饥荒、除孽鳄，利物济世，屡立奇勋，历任司理、侍中、大理寺少卿、兵部左侍郎。后随仙僧林澹然修炼，驾云升天。《禅真后史》与《禅真逸史》二书在叙事时间上有联系，部分人物先后承接。但其主要的联系还是在于思想内容方面。清代翻刻的53回本虽为洁本，便于流传，但它将原本中体现“禅真”精神的色戒，以及对封建社会不合理婚姻制度的形象性批判全部删除，有损作者原意。