张居正，字叔大，江陵人。少年时期聪敏绝伦，十五岁就考取生员。巡抚顾王..惊异他的文辞，称他为“国宝”。不久，居正乡试中举，顾王..解下犀牛皮带赠给他，说：“你日后必定会佩玉腰带，犀牛皮带是捆束不住你的。”嘉靖二十六年(1547)，居正考取进士，封为庶吉士。每天研讨国家朝章典故。徐阶等人都器重他，授予编修职，他奏请马上归乡，不久返京就职。
居正脸长而眉目清秀，飘髯至腹。办事勇敢，自称豪杰。但是城府深沉，不可窥测。严嵩任首辅，忌恨徐阶，与徐阶亲近的都作回避。居正却很从容，严嵩也仍器重他。调他任右中允，负责国子司事务。他与祭酒高拱友好，相约为相。不久又受理春坊事务，调任裕邸讲读。裕王认为他很贤能，邸中的宦官也没有不与居正友善的。李芳屡次向他询问尚书的义理，他对天下事很有见地。很快他被调任右谕德兼侍读，晋升为侍讲学士，负责院事。
徐阶取代严嵩任首辅，对居正很倚重。世宗去世，徐阶草拟遗诏，召他共同谋划。随即调他任礼部右侍郎兼翰林院学士。一个多月后，他与裕邸原讲官陈以勤一道进内阁，居正任吏部左侍郎兼东阁大学士。不久担任《世宗实录》的总裁，晋升礼部尚书兼武英殿大学士，加封少保兼太子太保，距做五品学士时仅仅一年多。当时徐阶以宿老的身份任首辅，与李春芳都礼贤下士。居正最后进内阁，却单单做出丞相状，傲慢地接见九卿，并不引进任何人，也不听取任何意见。间或说句话就很中肯，人们因此最害怕他，把他看得比其他丞相重。
高拱以强硬急躁被罢免，徐阶也被免职，春芳任首辅。不久赵贞吉入内阁，轻视居正。居正与以前掌管司礼的相好李芳商议，召见任用高拱，让他负责吏部，用来扼制贞吉，并且夺取春芳的权力。高拱来后，与居正更加友好。春芳不久离去，以勤也自动引退，贞吉、殷士儋都被罢免，只留下居正与高拱，两人更加亲密。高拱主张册封俺答，居正表示赞同，告诉王崇古等人方略。加封柱国、太子太傅。时满六年，加封为少傅、吏部尚书、建极殿大学士。因为辽东的战功，加封太子太师。媾和成功后，加封他为少师，其他照旧。
起初，徐阶离去后，指示三个儿子谨慎事奉居正。但高拱对徐阶异常忌恨，挑动舆论追论不止，徐阶的儿子们都被治罪。居正和缓地与高拱言及此事，高拱稍稍动心。但是高拱的门客捏造居正接受徐阶的儿子三万两银子的事，高拱因此谴责居正。居正变了脸色，指天发誓，言辞很狠毒。高拱道歉称自己不慎重，两人的交情从此破裂。高拱又同居正相好的宦官冯保摩擦。穆宗不快乐，居正与冯保密谋处置他，居正推荐冯保任内助，高拱却想赶走冯保。神宗即位，冯保凭两宫诏书驱逐高拱，居正取代高拱任首辅。皇帝幸临平台，召见张居正给奖赏，赏赐他金币和绣蟒斗牛服。从此奖赏不断。
皇帝授大权给居正，居正也慨然以天下为己任，朝廷内外人都想目睹他的丰采。居正劝告皇帝遵守祖宗的旧制度，不必要纷纷更改，认为讲学、亲贤、爱民、节用都是紧迫的事。皇帝称好，他着力考核朝廷大臣，贬斥所有不称职与依附过高拱的人。又下文书召见众大臣在朝廷中加以整治，朝廷众臣都谨慎小心。皇帝应该尊崇两宫。先例，皇后与天子的生母并称皇太后，但标帜符号有区别。冯保想阿谀皇帝的生母李贵妃，暗示居正把她们并尊。居正不敢违抗，提议尊称皇后为仁圣皇太后，皇贵妃为慈圣皇太后，于是两宫没有差别了。慈圣皇太后迁居乾清宫，抚慰皇帝，内宫任用冯保，外面大权全部委任给居正。
居正处理政务，以尊重皇权、考察吏绩、明辨赏罚、统一号令为主。虽然是万里以外的地方，也是朝令夕行。黔国公沐朝弼多次犯法，应该逮捕他，朝廷议论却难办。居正提拔他的儿子，骑快马去绑缚他，不敢有所反抗。押到京城，他请求赐死，却被囚禁于南京。漕运的运河贯通，居正认为岁赋征收时间超出春季，发水就四方横溢，不是决堤就是干涸，于是采纳漕臣的建议，督促水兵在孟冬月份着手交税运送，到年初全部发运完，少遭水患之灾。推行此法很久，太仓的粮食丰盈，可以享用十年。互市上马匹丰饶，于是减少太仆的种马，指令百姓依价格交纳银两，太仆也积累四百多万银两。还制订考成法督导吏治。开始，部院反奏报地方巡视考察情况，曾经拖延不上报。居正下令以大小缓急为标准，误事者治罪。从此，一切人都不敢掩饰过失，政治体制整肃。南京的小宦官醉酒后侮辱给事中，舆论请求追究惩治。居正将最激进的赵参鲁贬出京城以便取悦冯保，再慢慢劝说冯保制裁，抑制他的党羽，不要同六部摩擦。奉命行事的人，也不时指令锦衣卫暗中刺探他们。冯保的党羽因此怨恨居正，而且内心也不依附冯保。
居正认为御史在京城之外，往往凌辱抚臣，因此想大加整治。一件事稍微不合意，随即辱骂谴责，甚至下令他们的上司进行考察。给事中余懋学奏请施行宽大政策，居正认为是讽喻自己，革去了他的职务。御史傅应祯继续申诉此事，更加迫切，被投入诏狱，杖责后遣往边关。给事中徐贞明等人一起到监狱，并带了些饭食去探视，也被逮捕贬出京城。御史刘台巡视辽东，误传捷报。居正引用先例绳治他，刘台上书称居正专横枉法，居正非常恼怒。皇帝替居正将刘台打入诏狱，命令杖责百次，然后遣往遥远的边关。居正公开奏请挽救，只剥夺他的官职。不久，刘台终于还是被遣送边关。因此，各位给事御史更加敬畏居正，但心中却愤愤不平。
当时，太后认为皇帝年幼，很尊重礼遇居正，同事吕调阳不敢论及异同。等到吏部左侍郎张四维进入内阁，恭敬谨慎得如同属官，不敢自视为同僚。
居正喜好建树，能凭智术驾驭属下，人们大多数乐于为他效力。俺答求和于关塞，很久没有为害。只有小王子的部属十多万人，向东北至辽左，因互市没有被开通，屡次入侵。居正任用李成梁镇守辽省，戚继光镇守蓟门。李成梁奋战打退敌寇，功劳大得足以加封伯爵，而戚继光也设置了很好的防范。居正对他们都加以亲近信任，边境局势得以安然。两广督抚殷正茂、凌云翼等人也有多次破兵的功劳。浙江兵卒和百姓一再发难，他任用张佳胤前往安抚就得以平定，所以世人称居正知人善任。然而他执法严厉。核实驿道、裁减冗官、清理学校，澄清和淘汰的都很多。他说公卿和普通小吏不能乘坐驿站的车马，与商旅没有差别。因为部署缺少的、需要次之的地方不能候补，大城镇的士子名额少，进取仕途很艰难，也有很多怨恨他的人。
当时太平日久，众盗匪蜂起，以至于进城入市抢劫府库，有司常常隐讳这事，居正严格禁令。隐匿不举报的人，虽然是良吏也必定罢免。捕获盗匪立即斩杀，有司不敢掩饰情况。盗窃沿海钱米数额很多的人，惯例都斩杀，然而往往长期监禁或者死在狱中。惟独张居正立即斩杀他们，而且追捕他们的家属。盗贼衰减。但是觉得执行不便的人，都对他有怨言，居正也不加理会。
慈圣太后将要返回慈宁宫，告诉居正“：我不能朝夕看着皇帝，担心他不像从前那样求学、勤于政务，有负先帝的嘱托。先生负有师保的职责，与大臣们不同。你替我朝夕教诲，用德辅佐我，尽你与先帝凭几的友谊。”于是赏赐他坐蟒官服、白银、彩币。不久，遭遇父亲丧事。皇帝派遣司礼宦官慰问他，送给他粥药，劝居正节哀，问候的人在道路上络绎不绝，三宫赠送的丧礼礼品很丰厚。
户部侍郎李幼孜想阿谀居正，倡议丧期未满、强令出仕，居正为此动心。冯保也坚决挽留居正。众翰林王锡爵、张位、赵志白牛、吴中行、赵用贤、习孔教、沈懋学等都认为不行，居正不听。吏部尚书张瀚因为滞留了皇上劝居正留任的圣旨，被驱逐。御史曾士楚，给事中陈三谟等接着上书请求挽留张居正。吴中行、赵用贤和员外郎艾穆、主事沈思孝、进士邹元标相继争议此事。都被处以廷杖责罚，分别遭贬职。当时有彗星从东南方出现，与天长长相连。人情激昂，目光都指向居正，以至于在交通要道悬挂诽谤书。皇帝下诏告诫群臣，再论及此事的人格杀无赦，诽谤才终止。因此派张居正的儿子编修张嗣修与司礼太监魏朝骑快马代替张居正主持丧葬，礼部主事曹诰负责祭祀，工部主事徐应聘负责葬礼。居正上奏请求不上朝，穿青衣、白孝服、角带进内阁主持朝政，讲读经书，并且奏请辞谢年薪。皇帝同意了。等到皇帝举行婚礼，张居正穿吉祥的服装行事，给事中李涞说他违背礼仪，居正发怒，把他贬为佥事。当时皇帝对张居正很器重，经常赏赐居正御书，称他为“元辅张少师先生”，用师礼待他。
张居正请求回乡安葬父亲，皇帝派尚宝少卿郑钦、锦衣指挥史继书护送，约定三个月时间，葬礼结束立即返回。虽然如此，皇帝还是指令抚按大臣们提前策马前去送达皇帝的催促诏书信。铸“帝赉忠良”银印赏赐给他，如同杨士奇、张孚敬一样，得到密函论事的特权。皇帝告诫次辅吕调阳等人“有大事不要专断，由驿马传到江陵，听任张先生处理”。张居正奏请扩充内阁成员，皇帝下诏指令居正推荐。居正就推荐礼部尚书马自强、吏部右侍郎申时行进入内阁。马自强一向抵触张居正，没料想到此事，很感激居正，而申时行与张四维都自觉与居正亲昵。居正就安心离去。皇帝和两宫对他赏赐安慰有加，派遣司礼太监张宏在郊外设宴为张居正饯行，朝廷众臣僚属列队相送。所有经过的地方，有司安排好食宿，整治道路。辽东奏报大捷，皇帝又归功于居正。派使者骑马奔告，让他确定封赏等次。张居正条列分明地予以上报。吕调阳更加自惭，坚持卧病，多次上书请求退休。
张居正称母亲年老不能经受炎暑，奏请等待清凉的时候上路。因此内阁、两都院寺卿、给事中、御史都上奏章，请求促张居正迅速返回朝廷。皇帝派遣锦衣指挥翟汝敬骑催快马迎接。皇帝计日以待；指令宦官护卫老夫人在秋天从水路走。张居正经过的地方，守备大臣都行长跪礼，抚按大吏越界迎送，担当前驱。路过襄阳，襄王出来迎候，邀请居正赴宴。先例，虽然公侯拜见襄王也行臣子礼，张居正却受出迎和宴请的礼遇。经过南阳，唐王也如此。抵达京都郊外，皇帝下诏派遣司礼太监何进设宴慰劳，两宫也各派遣大宦官李琦、李用宣读谕旨，赏赐他八宝金钉川扇、御膳、饼果、酒，朝廷众官又列队迎接。进殿朝拜，皇帝诚挚地慰劳了他，批准他休十天假后再进内阁，赏赐他白银、彩币、宝钞、羊酒，顺道带他拜见两宫皇太后。秋天，魏朝侍奉张居正的母亲上路，随从的仪礼煊赫，围观的人密集得像墙。抵达京城，皇帝和两宫皇太后又加倍赏赐财物，慰问居正母子，几乎像对待自家人。
当时皇帝逐渐备办六宫赐物，太仓提供的钱财很多。张居正就户部呈皇帝过目的清单发表意见，称每年太仓入不敷出，奏请皇帝坐下休息时抽空浏览一下清单，量入为出，节省过量的开支。奏章送去，皇帝留了下来。皇帝又命令工部铸造钱币支付开支，居正认为获利抵不上耗费制止了此举。劝谏的官吏奏请在苏、松地区停止织造活动，皇帝不听。居正为此当面向皇帝奏请，才同意减去大半。他还奏请皇帝停止修建武英殿，以及裁减对外戚升官的恩惠，皇帝多数违心地顺从了他。皇帝到文华殿，居正侍讲读完毕，告诉皇帝给事中呈送的有关灾害的奏章，请求赈济。他又说：“皇帝爱民如子，但是有司们在外损公肥私，盘剥百姓欺骗皇帝，应该依法严惩。皇上努力节省，把宫中的一切开支、服饰、赏赐物、布施品，裁减或禁止。”皇帝点头同意，对一些地方税粮予以蠲免。居正认为江南的贵族豪强仗势违法、奸诈狡猾的官吏和百姓长于拖欠赋税，挑选精悍的大官吏严格督导责罚。赋税因此按时输送，国库日益充实，但是豪强和狡猾的官民都怨恨居正。
居正的服丧期将结束，皇帝召见吏部官员询问日期，敕令赏赐他白玉带、大红色坐蟒官服、盘蟒官服。皇帝在平台召见他，慰抚很久。派宦官张宏引导他拜见慈庆、慈宁两宫皇太后，她们都有恩赐给他，而且慈圣皇太后还加赐九品御膳，派张宏侍奉居正宴享。
皇帝即位初期，冯保早晚巡视皇帝的起居，用力拥抱提拿，皇帝稍有冒犯，马上报告慈圣皇太后。慈圣皇太后管教皇帝很严格，每次责备他，就说“：假使张先生知道了，会怎么样？”因此皇帝很害怕居正。等到皇帝逐渐长大，心中就开始厌烦。乾清宫小宦官孙海、客用等人引导皇帝游玩戏耍，都被皇帝宠爱。慈圣皇太后派冯保把孙海、客用抓起来，杖责后驱逐了他们。居正又逐条列举这些小内侍的罪恶，请求贬逐他们，指令司礼和内侍们自己陈述，皇帝裁定他们的去留。张居正还趁机劝告皇帝戒除游玩和宴乐重视起居，精神专注以便增添圣上的后代，节制赏赐以便减少浪费，拒绝珍玩以便养成好习尚，亲理国事以了解政治事务，勤奋学习以便资助治理朝政。皇帝受太后的逼迫，没办法，都答复可以，但是内心很恨冯保和张居正。
皇帝刚开始主持朝政，居正曾编纂古代治乱的事例一百多条，绘有图画，用通俗的话进行解释，让皇帝容易理解。现在，又嘱咐儒臣记录太祖列圣的《宝训》、《实录》，分类编成书，共有四十条例：创业艰难，励精图治，勤奋学习，崇敬上天，效法先祖，保护百姓，谨慎祭祀，崇尚孝敬，开创好风尚，注意起居，戒除游荡，端正皇后和妃子的住处，教育太子，和睦宗族、藩国，亲近贤臣，远离奸邪的人，接受劝告，治理财产，遵守法律，告诫禁忌，办实事，端正纲纪，审察官吏，固定职位，加重地方太守县令的职权，驾驭亲幸的人，正确对待外戚，重视农业，提倡教化，明确赏罚，讲求诏书和命令的信用，慎重处理名分，裁减贡物和献祭，慎重地赏赐，敦促节俭，刑罚和狱审要慎重，表彰功德，摒弃异端，整顿武备，防御北方少数民族。其中的话语很警诫人，张居正请求在皇帝读经的空暇为他讲解。并奏请设置皇帝起居注，记录皇帝的言行和朝廷内外的事情，每天派四名翰林官负责，及时著文做诗，准备皇帝顾问。皇帝都用最高级别的诏令颁行。
张居正自从违反守丧礼制后，更加偏激放纵。大多数因为自己的爱憎，对官员进行罢免或晋升。他左右办事的人大都通晓贿赂活动。冯保的门客徐爵被提拔为锦衣卫指挥同知，负责南镇抚司事。张居正的三个儿子都在科举考试中列为上等。仆隶出身的游七出钱买官，有功劳的皇族亲戚和文武大臣很多人同他交往，缔结姻亲。游七衣冠整齐地拜见张居正，被列入士大夫中。世人因此更加厌恶张居正。
没多久，张居正患病。皇帝频繁地颁发圣旨询问他的病情，拿出很多银两和丝帛给他做医药费。经过四个月没好转，朝廷众臣一齐斋戒替他祈祷。南都、秦、晋、楚、豫的大官吏，没有不建造祭坛的。皇帝指令张四维等人处理内阁中细微的事务，大事情立即赶到张居正家中请他定夺。居正起初自己处理，后来很疲惫不能全部审阅，却不让张四维等人掺和。等到病情加重，请求辞官回乡。皇帝又颁布最高级别的诏书安慰、挽留他，称他为“太师张太岳先生”。张居正考虑到自己不能康复，推荐以前礼部尚书潘晟和尚书梁梦龙，侍郎余有丁、许国、陈经邦。不久，又推荐尚书徐学谟、曾省吾、张学颜，侍郎王篆等人可以担当大任。皇帝将张居正的推荐书贴在内宫屏风。潘晟、冯保接受别人的请托，强迫要张居正推荐。当时居正已经很昏聩，不能自主。等到他死去，皇帝因他而中止朝见，下诏以九坛进行祭祀，把他看成国公兼师傅。居正先因六年考绩满，特别加封中极殿大学士；满九年考绩，赏赐他坐蟒官服，加封左柱国，荫庇一个儿子为尚宝丞；因为皇帝婚娶大礼，增加他一百石年俸，录用做锦衣千户的儿子为指挥佥事；满十二年考绩，加封为少傅；因为辽东的大捷，晋升为太师，增加二百石年俸，儿子由指挥佥事提拔为同知。现在，追赠上柱国，谥号文忠，皇帝命令四品京官，锦衣堂的长官，司礼太监护送他的灵柩返乡安葬。从此张四维开始主持朝政，与居正推荐的王篆、曾省吾等人关系恶化。
开始，皇帝宠幸的宦官张诚遭冯保厌恶被贬出京都。皇帝派他秘密地调查冯保和张居正。现在，张诚重返皇宫，详尽地告发他们两人相互勾结骄横恣肆的情况，并称他们的宝藏超过天府。皇帝为此动心。皇帝的左右侍从也都揭发冯保的过失与罪孽，张四维的门徒御史李植极力诉讼徐爵与冯保通奸行诈的多条罪状。皇帝在皇宫拘捕了冯保，把徐爵逮捕投入诏狱。贬斥冯保到南京的御居中供事，登记他家的全部金银珠宝，数额达万计。皇帝怀疑张居正也蓄藏很多，心中更加不高兴。言官弹劾王篆、曾省吾的同时也弹劾居正，王篆、曾省吾都被治罪。刚受提拔的人更加积极地攻击张居正。皇帝下诏剥夺了他的上柱国、太师封号，又剥夺了谥号。所有由张居正推荐的人，都被贬职削官。皇帝召回吴中行、赵用贤等人，担当不同的官职。刘台也被追封官职，偿还财产。御史羊可立又继续追究居正的罪行指责居正捏造辽庶人宪火节的狱案。庶人的妃子趁机奏疏辩白冤屈，而且称：“庶人以万计的钱财，都被居正吞食。”皇帝命令司礼张诚和侍郎丘木舜偕同锦衣指挥、给事中到居正家登记。张诚等人将到，荆州守令事先登记人口，锁闭居正的家门，子女们大都逃进空屋中躲避。等到门开，饿死的有十多人。张诚等将居正几个儿子兄弟的家藏全部搜出，获得万两黄金，十多万两白银。居正的长子礼部主事张敬修忍受不了刑罚，自己屈招寄存二十万两白银在曾省吾、王篆和傅作舟等人那里。不久自缢身亡。事情传出，申时行等人同六卿大臣联合奏疏，请求皇帝稍稍宽缓居正家人；刑部尚书潘季驯的奏疏最激动直切。皇帝下诏保留一所空宅、十顷田，赡养居正的母亲。但是御史丁此吕又追究科举考场的事情，称高启愚用舜、禹命题，是为皇帝让位张居正制造理论根据。尚书杨巍等人与他辩驳。丁此吕被调出京都。高启愚被削免官籍。后来的议论者又不断攻击居正。皇帝下诏全部削免居正的官衔品级，剥夺从前赏赐的玺书、四代封赠的荣誉称号，把居正的罪状向天下公告，称应当剖棺戮尸姑且宽免。他的弟弟都指挥张居易，儿子编修张嗣修，都被发配戍守瘴气缭绕的边关。
迄万历朝末，没有敢为居正辩白的。熹宗时期，朝臣们渐渐追忆他。邹元标任都御史，也称赞居正，皇帝下诏恢复居正的原官职，允许祭祀他。崇祯三年(1630)礼部侍郎罗喻义等人为居正诉讼冤屈。皇帝命令部里商议，恢复两代的荫庇和帝王的封赠称号。十三年，敬修的孙子同敞又奏请皇帝恢复世袭武职，并恢复敬修的官职。皇帝授予同敞中书舍人的职位，下旨让部里议论敬修的事情。尚书李日宣等人说“：先前的首辅张居正，接受遗诏辅治朝政，替皇帝的先祖供事十年。任劳任怨，完善了法度和风纪，辅佐皇帝在万历初年治有所成。当时朝廷内外治理安平，国内物产丰盛，纲纪法度没有不严明的。他对国家的功勋，天长日久已成定论，人们更加怀念他。”皇帝同意了他们的奏议，恢复了敬修的官籍。
评论：徐阶凭恭顺殷勤被皇帝赏识，他城府大度，虽然颇弄权谋，但主要的行为不失正直。高拱自诩有才识谋略，傲气凌人。等到他被冯保驱逐时，只好乘简陋无饰的破车走上归途。张居正通晓时世变化，敢于担当事任。神宗初年主持朝政，使国家由衰弱中振兴，不能说没有济世的才干。操持显赫大权后，几乎威震皇帝，最终招致死后祸患家嗣。《尚书》讲“大臣不要把皇帝的宠幸当作自己的成就事业”，可以不作训诫吗？
居正脸长而眉目清秀，飘髯至腹。办事勇敢，自称豪杰。但是城府深沉，不可窥测。严嵩任首辅，忌恨徐阶，与徐阶亲近的都作回避。居正却很从容，严嵩也仍器重他。调他任右中允，负责国子司事务。他与祭酒高拱友好，相约为相。不久又受理春坊事务，调任裕邸讲读。裕王认为他很贤能，邸中的宦官也没有不与居正友善的。李芳屡次向他询问尚书的义理，他对天下事很有见地。很快他被调任右谕德兼侍读，晋升为侍讲学士，负责院事。
徐阶取代严嵩任首辅，对居正很倚重。世宗去世，徐阶草拟遗诏，召他共同谋划。随即调他任礼部右侍郎兼翰林院学士。一个多月后，他与裕邸原讲官陈以勤一道进内阁，居正任吏部左侍郎兼东阁大学士。不久担任《世宗实录》的总裁，晋升礼部尚书兼武英殿大学士，加封少保兼太子太保，距做五品学士时仅仅一年多。当时徐阶以宿老的身份任首辅，与李春芳都礼贤下士。居正最后进内阁，却单单做出丞相状，傲慢地接见九卿，并不引进任何人，也不听取任何意见。间或说句话就很中肯，人们因此最害怕他，把他看得比其他丞相重。
高拱以强硬急躁被罢免，徐阶也被免职，春芳任首辅。不久赵贞吉入内阁，轻视居正。居正与以前掌管司礼的相好李芳商议，召见任用高拱，让他负责吏部，用来扼制贞吉，并且夺取春芳的权力。高拱来后，与居正更加友好。春芳不久离去，以勤也自动引退，贞吉、殷士儋都被罢免，只留下居正与高拱，两人更加亲密。高拱主张册封俺答，居正表示赞同，告诉王崇古等人方略。加封柱国、太子太傅。时满六年，加封为少傅、吏部尚书、建极殿大学士。因为辽东的战功，加封太子太师。媾和成功后，加封他为少师，其他照旧。
起初，徐阶离去后，指示三个儿子谨慎事奉居正。但高拱对徐阶异常忌恨，挑动舆论追论不止，徐阶的儿子们都被治罪。居正和缓地与高拱言及此事，高拱稍稍动心。但是高拱的门客捏造居正接受徐阶的儿子三万两银子的事，高拱因此谴责居正。居正变了脸色，指天发誓，言辞很狠毒。高拱道歉称自己不慎重，两人的交情从此破裂。高拱又同居正相好的宦官冯保摩擦。穆宗不快乐，居正与冯保密谋处置他，居正推荐冯保任内助，高拱却想赶走冯保。神宗即位，冯保凭两宫诏书驱逐高拱，居正取代高拱任首辅。皇帝幸临平台，召见张居正给奖赏，赏赐他金币和绣蟒斗牛服。从此奖赏不断。
皇帝授大权给居正，居正也慨然以天下为己任，朝廷内外人都想目睹他的丰采。居正劝告皇帝遵守祖宗的旧制度，不必要纷纷更改，认为讲学、亲贤、爱民、节用都是紧迫的事。皇帝称好，他着力考核朝廷大臣，贬斥所有不称职与依附过高拱的人。又下文书召见众大臣在朝廷中加以整治，朝廷众臣都谨慎小心。皇帝应该尊崇两宫。先例，皇后与天子的生母并称皇太后，但标帜符号有区别。冯保想阿谀皇帝的生母李贵妃，暗示居正把她们并尊。居正不敢违抗，提议尊称皇后为仁圣皇太后，皇贵妃为慈圣皇太后，于是两宫没有差别了。慈圣皇太后迁居乾清宫，抚慰皇帝，内宫任用冯保，外面大权全部委任给居正。
居正处理政务，以尊重皇权、考察吏绩、明辨赏罚、统一号令为主。虽然是万里以外的地方，也是朝令夕行。黔国公沐朝弼多次犯法，应该逮捕他，朝廷议论却难办。居正提拔他的儿子，骑快马去绑缚他，不敢有所反抗。押到京城，他请求赐死，却被囚禁于南京。漕运的运河贯通，居正认为岁赋征收时间超出春季，发水就四方横溢，不是决堤就是干涸，于是采纳漕臣的建议，督促水兵在孟冬月份着手交税运送，到年初全部发运完，少遭水患之灾。推行此法很久，太仓的粮食丰盈，可以享用十年。互市上马匹丰饶，于是减少太仆的种马，指令百姓依价格交纳银两，太仆也积累四百多万银两。还制订考成法督导吏治。开始，部院反奏报地方巡视考察情况，曾经拖延不上报。居正下令以大小缓急为标准，误事者治罪。从此，一切人都不敢掩饰过失，政治体制整肃。南京的小宦官醉酒后侮辱给事中，舆论请求追究惩治。居正将最激进的赵参鲁贬出京城以便取悦冯保，再慢慢劝说冯保制裁，抑制他的党羽，不要同六部摩擦。奉命行事的人，也不时指令锦衣卫暗中刺探他们。冯保的党羽因此怨恨居正，而且内心也不依附冯保。
居正认为御史在京城之外，往往凌辱抚臣，因此想大加整治。一件事稍微不合意，随即辱骂谴责，甚至下令他们的上司进行考察。给事中余懋学奏请施行宽大政策，居正认为是讽喻自己，革去了他的职务。御史傅应祯继续申诉此事，更加迫切，被投入诏狱，杖责后遣往边关。给事中徐贞明等人一起到监狱，并带了些饭食去探视，也被逮捕贬出京城。御史刘台巡视辽东，误传捷报。居正引用先例绳治他，刘台上书称居正专横枉法，居正非常恼怒。皇帝替居正将刘台打入诏狱，命令杖责百次，然后遣往遥远的边关。居正公开奏请挽救，只剥夺他的官职。不久，刘台终于还是被遣送边关。因此，各位给事御史更加敬畏居正，但心中却愤愤不平。
当时，太后认为皇帝年幼，很尊重礼遇居正，同事吕调阳不敢论及异同。等到吏部左侍郎张四维进入内阁，恭敬谨慎得如同属官，不敢自视为同僚。
居正喜好建树，能凭智术驾驭属下，人们大多数乐于为他效力。俺答求和于关塞，很久没有为害。只有小王子的部属十多万人，向东北至辽左，因互市没有被开通，屡次入侵。居正任用李成梁镇守辽省，戚继光镇守蓟门。李成梁奋战打退敌寇，功劳大得足以加封伯爵，而戚继光也设置了很好的防范。居正对他们都加以亲近信任，边境局势得以安然。两广督抚殷正茂、凌云翼等人也有多次破兵的功劳。浙江兵卒和百姓一再发难，他任用张佳胤前往安抚就得以平定，所以世人称居正知人善任。然而他执法严厉。核实驿道、裁减冗官、清理学校，澄清和淘汰的都很多。他说公卿和普通小吏不能乘坐驿站的车马，与商旅没有差别。因为部署缺少的、需要次之的地方不能候补，大城镇的士子名额少，进取仕途很艰难，也有很多怨恨他的人。
当时太平日久，众盗匪蜂起，以至于进城入市抢劫府库，有司常常隐讳这事，居正严格禁令。隐匿不举报的人，虽然是良吏也必定罢免。捕获盗匪立即斩杀，有司不敢掩饰情况。盗窃沿海钱米数额很多的人，惯例都斩杀，然而往往长期监禁或者死在狱中。惟独张居正立即斩杀他们，而且追捕他们的家属。盗贼衰减。但是觉得执行不便的人，都对他有怨言，居正也不加理会。
慈圣太后将要返回慈宁宫，告诉居正“：我不能朝夕看着皇帝，担心他不像从前那样求学、勤于政务，有负先帝的嘱托。先生负有师保的职责，与大臣们不同。你替我朝夕教诲，用德辅佐我，尽你与先帝凭几的友谊。”于是赏赐他坐蟒官服、白银、彩币。不久，遭遇父亲丧事。皇帝派遣司礼宦官慰问他，送给他粥药，劝居正节哀，问候的人在道路上络绎不绝，三宫赠送的丧礼礼品很丰厚。
户部侍郎李幼孜想阿谀居正，倡议丧期未满、强令出仕，居正为此动心。冯保也坚决挽留居正。众翰林王锡爵、张位、赵志白牛、吴中行、赵用贤、习孔教、沈懋学等都认为不行，居正不听。吏部尚书张瀚因为滞留了皇上劝居正留任的圣旨，被驱逐。御史曾士楚，给事中陈三谟等接着上书请求挽留张居正。吴中行、赵用贤和员外郎艾穆、主事沈思孝、进士邹元标相继争议此事。都被处以廷杖责罚，分别遭贬职。当时有彗星从东南方出现，与天长长相连。人情激昂，目光都指向居正，以至于在交通要道悬挂诽谤书。皇帝下诏告诫群臣，再论及此事的人格杀无赦，诽谤才终止。因此派张居正的儿子编修张嗣修与司礼太监魏朝骑快马代替张居正主持丧葬，礼部主事曹诰负责祭祀，工部主事徐应聘负责葬礼。居正上奏请求不上朝，穿青衣、白孝服、角带进内阁主持朝政，讲读经书，并且奏请辞谢年薪。皇帝同意了。等到皇帝举行婚礼，张居正穿吉祥的服装行事，给事中李涞说他违背礼仪，居正发怒，把他贬为佥事。当时皇帝对张居正很器重，经常赏赐居正御书，称他为“元辅张少师先生”，用师礼待他。
张居正请求回乡安葬父亲，皇帝派尚宝少卿郑钦、锦衣指挥史继书护送，约定三个月时间，葬礼结束立即返回。虽然如此，皇帝还是指令抚按大臣们提前策马前去送达皇帝的催促诏书信。铸“帝赉忠良”银印赏赐给他，如同杨士奇、张孚敬一样，得到密函论事的特权。皇帝告诫次辅吕调阳等人“有大事不要专断，由驿马传到江陵，听任张先生处理”。张居正奏请扩充内阁成员，皇帝下诏指令居正推荐。居正就推荐礼部尚书马自强、吏部右侍郎申时行进入内阁。马自强一向抵触张居正，没料想到此事，很感激居正，而申时行与张四维都自觉与居正亲昵。居正就安心离去。皇帝和两宫对他赏赐安慰有加，派遣司礼太监张宏在郊外设宴为张居正饯行，朝廷众臣僚属列队相送。所有经过的地方，有司安排好食宿，整治道路。辽东奏报大捷，皇帝又归功于居正。派使者骑马奔告，让他确定封赏等次。张居正条列分明地予以上报。吕调阳更加自惭，坚持卧病，多次上书请求退休。
张居正称母亲年老不能经受炎暑，奏请等待清凉的时候上路。因此内阁、两都院寺卿、给事中、御史都上奏章，请求促张居正迅速返回朝廷。皇帝派遣锦衣指挥翟汝敬骑催快马迎接。皇帝计日以待；指令宦官护卫老夫人在秋天从水路走。张居正经过的地方，守备大臣都行长跪礼，抚按大吏越界迎送，担当前驱。路过襄阳，襄王出来迎候，邀请居正赴宴。先例，虽然公侯拜见襄王也行臣子礼，张居正却受出迎和宴请的礼遇。经过南阳，唐王也如此。抵达京都郊外，皇帝下诏派遣司礼太监何进设宴慰劳，两宫也各派遣大宦官李琦、李用宣读谕旨，赏赐他八宝金钉川扇、御膳、饼果、酒，朝廷众官又列队迎接。进殿朝拜，皇帝诚挚地慰劳了他，批准他休十天假后再进内阁，赏赐他白银、彩币、宝钞、羊酒，顺道带他拜见两宫皇太后。秋天，魏朝侍奉张居正的母亲上路，随从的仪礼煊赫，围观的人密集得像墙。抵达京城，皇帝和两宫皇太后又加倍赏赐财物，慰问居正母子，几乎像对待自家人。
当时皇帝逐渐备办六宫赐物，太仓提供的钱财很多。张居正就户部呈皇帝过目的清单发表意见，称每年太仓入不敷出，奏请皇帝坐下休息时抽空浏览一下清单，量入为出，节省过量的开支。奏章送去，皇帝留了下来。皇帝又命令工部铸造钱币支付开支，居正认为获利抵不上耗费制止了此举。劝谏的官吏奏请在苏、松地区停止织造活动，皇帝不听。居正为此当面向皇帝奏请，才同意减去大半。他还奏请皇帝停止修建武英殿，以及裁减对外戚升官的恩惠，皇帝多数违心地顺从了他。皇帝到文华殿，居正侍讲读完毕，告诉皇帝给事中呈送的有关灾害的奏章，请求赈济。他又说：“皇帝爱民如子，但是有司们在外损公肥私，盘剥百姓欺骗皇帝，应该依法严惩。皇上努力节省，把宫中的一切开支、服饰、赏赐物、布施品，裁减或禁止。”皇帝点头同意，对一些地方税粮予以蠲免。居正认为江南的贵族豪强仗势违法、奸诈狡猾的官吏和百姓长于拖欠赋税，挑选精悍的大官吏严格督导责罚。赋税因此按时输送，国库日益充实，但是豪强和狡猾的官民都怨恨居正。
居正的服丧期将结束，皇帝召见吏部官员询问日期，敕令赏赐他白玉带、大红色坐蟒官服、盘蟒官服。皇帝在平台召见他，慰抚很久。派宦官张宏引导他拜见慈庆、慈宁两宫皇太后，她们都有恩赐给他，而且慈圣皇太后还加赐九品御膳，派张宏侍奉居正宴享。
皇帝即位初期，冯保早晚巡视皇帝的起居，用力拥抱提拿，皇帝稍有冒犯，马上报告慈圣皇太后。慈圣皇太后管教皇帝很严格，每次责备他，就说“：假使张先生知道了，会怎么样？”因此皇帝很害怕居正。等到皇帝逐渐长大，心中就开始厌烦。乾清宫小宦官孙海、客用等人引导皇帝游玩戏耍，都被皇帝宠爱。慈圣皇太后派冯保把孙海、客用抓起来，杖责后驱逐了他们。居正又逐条列举这些小内侍的罪恶，请求贬逐他们，指令司礼和内侍们自己陈述，皇帝裁定他们的去留。张居正还趁机劝告皇帝戒除游玩和宴乐重视起居，精神专注以便增添圣上的后代，节制赏赐以便减少浪费，拒绝珍玩以便养成好习尚，亲理国事以了解政治事务，勤奋学习以便资助治理朝政。皇帝受太后的逼迫，没办法，都答复可以，但是内心很恨冯保和张居正。
皇帝刚开始主持朝政，居正曾编纂古代治乱的事例一百多条，绘有图画，用通俗的话进行解释，让皇帝容易理解。现在，又嘱咐儒臣记录太祖列圣的《宝训》、《实录》，分类编成书，共有四十条例：创业艰难，励精图治，勤奋学习，崇敬上天，效法先祖，保护百姓，谨慎祭祀，崇尚孝敬，开创好风尚，注意起居，戒除游荡，端正皇后和妃子的住处，教育太子，和睦宗族、藩国，亲近贤臣，远离奸邪的人，接受劝告，治理财产，遵守法律，告诫禁忌，办实事，端正纲纪，审察官吏，固定职位，加重地方太守县令的职权，驾驭亲幸的人，正确对待外戚，重视农业，提倡教化，明确赏罚，讲求诏书和命令的信用，慎重处理名分，裁减贡物和献祭，慎重地赏赐，敦促节俭，刑罚和狱审要慎重，表彰功德，摒弃异端，整顿武备，防御北方少数民族。其中的话语很警诫人，张居正请求在皇帝读经的空暇为他讲解。并奏请设置皇帝起居注，记录皇帝的言行和朝廷内外的事情，每天派四名翰林官负责，及时著文做诗，准备皇帝顾问。皇帝都用最高级别的诏令颁行。
张居正自从违反守丧礼制后，更加偏激放纵。大多数因为自己的爱憎，对官员进行罢免或晋升。他左右办事的人大都通晓贿赂活动。冯保的门客徐爵被提拔为锦衣卫指挥同知，负责南镇抚司事。张居正的三个儿子都在科举考试中列为上等。仆隶出身的游七出钱买官，有功劳的皇族亲戚和文武大臣很多人同他交往，缔结姻亲。游七衣冠整齐地拜见张居正，被列入士大夫中。世人因此更加厌恶张居正。
没多久，张居正患病。皇帝频繁地颁发圣旨询问他的病情，拿出很多银两和丝帛给他做医药费。经过四个月没好转，朝廷众臣一齐斋戒替他祈祷。南都、秦、晋、楚、豫的大官吏，没有不建造祭坛的。皇帝指令张四维等人处理内阁中细微的事务，大事情立即赶到张居正家中请他定夺。居正起初自己处理，后来很疲惫不能全部审阅，却不让张四维等人掺和。等到病情加重，请求辞官回乡。皇帝又颁布最高级别的诏书安慰、挽留他，称他为“太师张太岳先生”。张居正考虑到自己不能康复，推荐以前礼部尚书潘晟和尚书梁梦龙，侍郎余有丁、许国、陈经邦。不久，又推荐尚书徐学谟、曾省吾、张学颜，侍郎王篆等人可以担当大任。皇帝将张居正的推荐书贴在内宫屏风。潘晟、冯保接受别人的请托，强迫要张居正推荐。当时居正已经很昏聩，不能自主。等到他死去，皇帝因他而中止朝见，下诏以九坛进行祭祀，把他看成国公兼师傅。居正先因六年考绩满，特别加封中极殿大学士；满九年考绩，赏赐他坐蟒官服，加封左柱国，荫庇一个儿子为尚宝丞；因为皇帝婚娶大礼，增加他一百石年俸，录用做锦衣千户的儿子为指挥佥事；满十二年考绩，加封为少傅；因为辽东的大捷，晋升为太师，增加二百石年俸，儿子由指挥佥事提拔为同知。现在，追赠上柱国，谥号文忠，皇帝命令四品京官，锦衣堂的长官，司礼太监护送他的灵柩返乡安葬。从此张四维开始主持朝政，与居正推荐的王篆、曾省吾等人关系恶化。
开始，皇帝宠幸的宦官张诚遭冯保厌恶被贬出京都。皇帝派他秘密地调查冯保和张居正。现在，张诚重返皇宫，详尽地告发他们两人相互勾结骄横恣肆的情况，并称他们的宝藏超过天府。皇帝为此动心。皇帝的左右侍从也都揭发冯保的过失与罪孽，张四维的门徒御史李植极力诉讼徐爵与冯保通奸行诈的多条罪状。皇帝在皇宫拘捕了冯保，把徐爵逮捕投入诏狱。贬斥冯保到南京的御居中供事，登记他家的全部金银珠宝，数额达万计。皇帝怀疑张居正也蓄藏很多，心中更加不高兴。言官弹劾王篆、曾省吾的同时也弹劾居正，王篆、曾省吾都被治罪。刚受提拔的人更加积极地攻击张居正。皇帝下诏剥夺了他的上柱国、太师封号，又剥夺了谥号。所有由张居正推荐的人，都被贬职削官。皇帝召回吴中行、赵用贤等人，担当不同的官职。刘台也被追封官职，偿还财产。御史羊可立又继续追究居正的罪行指责居正捏造辽庶人宪火节的狱案。庶人的妃子趁机奏疏辩白冤屈，而且称：“庶人以万计的钱财，都被居正吞食。”皇帝命令司礼张诚和侍郎丘木舜偕同锦衣指挥、给事中到居正家登记。张诚等人将到，荆州守令事先登记人口，锁闭居正的家门，子女们大都逃进空屋中躲避。等到门开，饿死的有十多人。张诚等将居正几个儿子兄弟的家藏全部搜出，获得万两黄金，十多万两白银。居正的长子礼部主事张敬修忍受不了刑罚，自己屈招寄存二十万两白银在曾省吾、王篆和傅作舟等人那里。不久自缢身亡。事情传出，申时行等人同六卿大臣联合奏疏，请求皇帝稍稍宽缓居正家人；刑部尚书潘季驯的奏疏最激动直切。皇帝下诏保留一所空宅、十顷田，赡养居正的母亲。但是御史丁此吕又追究科举考场的事情，称高启愚用舜、禹命题，是为皇帝让位张居正制造理论根据。尚书杨巍等人与他辩驳。丁此吕被调出京都。高启愚被削免官籍。后来的议论者又不断攻击居正。皇帝下诏全部削免居正的官衔品级，剥夺从前赏赐的玺书、四代封赠的荣誉称号，把居正的罪状向天下公告，称应当剖棺戮尸姑且宽免。他的弟弟都指挥张居易，儿子编修张嗣修，都被发配戍守瘴气缭绕的边关。
迄万历朝末，没有敢为居正辩白的。熹宗时期，朝臣们渐渐追忆他。邹元标任都御史，也称赞居正，皇帝下诏恢复居正的原官职，允许祭祀他。崇祯三年(1630)礼部侍郎罗喻义等人为居正诉讼冤屈。皇帝命令部里商议，恢复两代的荫庇和帝王的封赠称号。十三年，敬修的孙子同敞又奏请皇帝恢复世袭武职，并恢复敬修的官职。皇帝授予同敞中书舍人的职位，下旨让部里议论敬修的事情。尚书李日宣等人说“：先前的首辅张居正，接受遗诏辅治朝政，替皇帝的先祖供事十年。任劳任怨，完善了法度和风纪，辅佐皇帝在万历初年治有所成。当时朝廷内外治理安平，国内物产丰盛，纲纪法度没有不严明的。他对国家的功勋，天长日久已成定论，人们更加怀念他。”皇帝同意了他们的奏议，恢复了敬修的官籍。
评论：徐阶凭恭顺殷勤被皇帝赏识，他城府大度，虽然颇弄权谋，但主要的行为不失正直。高拱自诩有才识谋略，傲气凌人。等到他被冯保驱逐时，只好乘简陋无饰的破车走上归途。张居正通晓时世变化，敢于担当事任。神宗初年主持朝政，使国家由衰弱中振兴，不能说没有济世的才干。操持显赫大权后，几乎威震皇帝，最终招致死后祸患家嗣。《尚书》讲“大臣不要把皇帝的宠幸当作自己的成就事业”，可以不作训诫吗？
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