左良玉，字昆山，临清人。早年曾官任辽东车右营都司。崇祯元年(1628)，宁远城发生兵变，巡抚毕自肃自杀而死，良玉因为此事丢官回了家乡。后来恢复了官职。总理马世龙让他跟随游击将军曹文诏前去援助玉田、丰润两地，接连攻战了洪桥、大堑山，一直打到遵化。评定恢复以上四城的功劳，他与文诏等都升了官，然后在昌平督治侍郎侯恂的麾下供职。大凌河被围告急，庄烈帝诏令昌平军赶去支援，总兵官尤世威因护守皇陵不能去，就推荐良玉代他率兵前往。过后，侯恂推举他做了副将，带队在松山、杏山下与敌作战，经评定功劳排在第一名。
良玉很小的时候父亲就死了，被叔父带大。等到他显贵的时候，连母亲的姓氏都不知道。他身材修长，面带红色，矫健勇猛，善于左右张弓射箭。他不大识字，但有智谋，善于安抚士兵，能得到他们的欢心，因此每每打仗都能立功。这时陕西的造反农民进入河南，妄图攻占怀庆。朝廷命令良玉率领昌平军前往剿除，大体要他专门办理河南的军事。当进攻修武、清化的乱军窜入平阳时，朝廷诏令他到山西去抵御，杀伤、俘获了许多敌人。河南巡抚樊尚瞡认为让良玉驻军泽州，扼守河南、山西间咽喉地段，还可以作为四周的援兵。庄烈帝同意了。这时曹文诏率领着陕西的军队，朝廷命令良玉接受樊尚瞡的节制，与文诏齐心讨伐乱民，一旦有危急战事，那么陕西的兵力向东，河南的兵力向西，良玉的军队则从中截击。
六年(1633)正月，乱兵进犯隰州，打下阳城。良玉在涉县的西陂地方打败了它。二月，良玉的军队同乱兵争战武安，大败。尚瞡被罢官，由太常少卿元默代其职。三月，乱兵又一次进入河内，良玉从辉县出兵驱逐他们，敌人逃往修武，杀死了游击将领越效忠，追赶参将陶希谦，希谦从马上掉下来摔死。良玉在万善驿打击贼寇，一直追到柳树口才大败他们，捉拿了几个贼寇首领。贼寇于是向西逃跑。河南的兵额只有七千，和贼人几次作战，死伤得已经差不多了。良玉率领昌平军队二千多人，几次作战，虽然有功绩，但势力很单薄。总兵邓王己刚在莱州立了功，朝廷命令他率领川兵，加上石石主的土司马凤仪的兵力立即赴援良玉，同良玉一起追杀贼寇。不久，凤仪因为孤军作战，在侯家庄全军覆没。
这个时候，贼寇的势力已经十分旺盛，兵力纵横在三晋、京城周围以及黄河以北的广大地区。曹文诏、李卑、艾万年、汤九州、邓王己、良玉等各位将领先后同贼寇作战，胜负大致相当。良玉、邓王己负责办理河南战事，在官村、沁河、清化、万善等地多次打败贼寇。良玉又在武安八德地方堵住他们，杀死俘获敌兵人数特别多。恰好皇上任命倪宠、王朴做总兵，率领京营的六千兵力赶赴河南，让宦官杨进朝、卢九德监督他们的军队，并且另外派宦官监督良玉等人的军队。职方郎中李继贞说：“良玉、李卑亲身经历过多次战斗，地位反而在倪宠、王朴之下。恐怕他们听到了会灰心。”于是让良玉、李卑任职都督佥事，做援剿总兵官，同倪宠、王朴官职大体相当。京营的军队到后，联合攻击贼寇，几次立功。良玉在济源、河内打败贼寇，又在永宁、青山岭、银洞沟打败他们。继而从叶县追赶到小武当山，都斩杀了很多贼军将士。然而各位将领因为宦官监督军事，心里都不痛快。
那年冬天，向西逃跑的贼寇又掉头打向东边来。良玉、九州扼守在他们前面，京营的军队跟在他们后面，贼军非常困窘，官兵又在柳泉、猛虎村接连打败他们。敌将张妙手、贺双全等三十六家兵诈称向分巡抚布政使常道立请求招安，通过监军杨进朝向皇帝报告了这件事。各位将领等候朝廷传令下来，当时不敢出战。等到天气寒冷，黄河上结了一层厚冰，敌人于是从渑池踏过黄河。巡抚元默率领良玉、九州、李卑、邓王己的兵力在对岸等待他们。敌人于是逃到卢氏山中，这以后从郧阳、襄阳进入川中，绕道攻掠了秦陇地带，又出没在川中、湖北一带，以便俟机进犯河南，中原地区因此更加残破，而三晋、京城周围地区不受盗贼骚扰，长达十年之久。
敌人渡黄河离开后，良玉同其他将领们分地把守。陈奇瑜、卢象升正在陕西、湖北两地追杀敌人，七年(1634)春夏之际，中州地区幸好没有战事。后来奇瑜在车箱峡让李自成给跑了，朝廷讨论联合山西、河南、湖北、四川的兵力从四面八方来围剿他们。敌人于是兵分三路：一路向庆阳进攻，一路挺进郧阳，另外一路出关后挺进河南。挺进河南的军队又分为三路，受到攻击的郡邑一下子吃紧。良玉扼守新安、渑池，其他将领陈治邦驻守汝州，陈永福扼守南阳，都只是坐甲自保而已，根本不能怎么损伤敌人。敌军每个兵营有几万士兵，士兵们轮番出击作战，军粮供应充足；官军兵少，设防又多，粮饷供应跟不上来。敌军骑马前进，一天一夜能走几百里；官军步兵多，骑兵少，走几十里路就精疲力竭。因此大多都有畏敌情绪。良玉在怀庆时与当地督抚意见不一，由此产生了私心杂念，没有严加追逐而给了敌人以喘息的机会，又收留了很多投降过来的将领以便扩张自己的势力。督抚以文书征调他的军队，也不准时应征，渐渐显示骄横自恣的端倪出来。十二月在磁山同敌军相遇，大战的场面有十次之多，他把敌兵追击了一百多里。
八年(1635)正月，河南的敌兵攻破颍州，毁坏了凤阳的皇陵。敌人打下鹿邑、柘城、宁陵、通许的时候，良玉驻军许州也没能前去援救。四月，督师洪承畴驻军汝州，命令各位将领分地拦挡敌军。尤世威把守洛南，陈永福控制卢氏、永宁两地，邓王己、尤翟文、张应昌、许成名在湖广阻击敌人。因为吴村、瓦屋是内乡、淅川的要害，所以命令良玉同汤九州带领五千人扼守。不多久，邓王己因为士兵哗变而死，而曹文诏讨伐陕西的敌人，在真宁兵败身亡。敌军更加嚣张，于是越过卢氏，直奔永宁。巡抚元默遭到逮捕还没离开时，传令让良玉从内乡同陈治邦、马良文一起前去援助卢氏。八月在鄢城打败敌军。九月，良玉尾随敌人到了郏县的神篨山。敌军兵营绵延几十里，用轮番休息、作战的方式使官兵疲劳，良玉收回自己的兵力，停止作战。敌军再次攻打密县，良玉从郏县援救，敌军才离去。十月，良玉抵达灵宝，联合辽东总兵官祖宽的军队在涧口、焦村歼灭敌军。焦村属朱阳关地盘。十一月，李自成离开朱阳关，张献忠长期占据灵宝，闯王高迎祥也同他联合。良玉、祖宽在灵宝阻截，抵挡不住敌人的兵力，陕州失陷了。敌人又向东攻打洛阳，良玉、祖宽跟随巡抚陈必谦解救洛阳，敌兵于是退去。迎祥、自成兵走偃师、巩县，献忠逃往嵩县、汝州。良玉从洛阳出发追击迎祥和自成，祖宽兵分几路打击张献忠，援救汝州。恰巧总理卢象升从湖广来，与祖宽一起在汝州西部大败敌军，又命令自己的偏裨将领在宜阳的黄涧口打败敌军。
九年(1636)二月，敌人在登封的郜城镇被打败，逃往石阳关，同伊阳、嵩县两处的敌军联合。原总兵官九州从嵩县深入，与良玉夹攻剿敌。良玉中途逃回，九州乘胜追击四十里，由于孤立无援，战败而亡。良玉却把此役当作捷报递呈朝廷。五月，象升派遣祖宽、李重镇随陕西总督洪承畴向西前进。良玉的军队实力最强，又大都是中州人，所以他独自久留河南。因为他骄横、傲慢，难得听用，所以让孔道光代替他的偏将赵柱驻守灵宝，防守洛西；良玉同罗岱驻守宜阳、永城两地，防守洛东。七月，良玉的军队抵达开封，由登封的唐庄深入进去，从清早一直激战到下午，敌军支持不住，向西逃跑。陈永福刚刚在唐河打败敌人，敌兵到了田家营，良玉渡河进攻，杀死、俘虏了很多人。九月，巡抚杨绳武弹劾良玉回避敌人，朝廷责令他立功赎罪。
十年(1637)正月，敌将老回回联合曹操、闯塌天的各部兵力沿江东下，安庆传来警报。朝廷命令良玉从中叶出发前去援救。良玉途中剿杀了南阳的土匪杨田、侯驭民、郭三海，急忙抵达六安，同敌军相遇。部将罗岱、道兴乘胜作战，连连破敌。敌军逃往霍山和潜山。此时马火广、刘良佐在桐城、庐州、六安也多次打败敌军，在滁州、和州两地的敌军也向西逃跑，江北的危急也稍稍减弱了。应天巡抚张国维三次发布檄文要良玉进入山中搜剿，良玉没有响应，而是纵兵在当地掳掠妇女。屯居舒城一个多月后，河南监军的太监极力催促他，良玉才向北去，这时敌军已经掠夺够了，进入山中。过后，淅川陷落，良玉拥兵坐视，不去援救。因为在六安破敌有功，以前诏书让他戴罪立功，至此又恢复了官职。敌军东下袭击六合，攻占天长，兵分几路占领瓜洲、仪真，打下盱眙。良玉坚决不肯去救援，反让中州的士绅联名上书挽留自己。庄烈帝知道是良玉自己的意思，也无法改变他的意志。十月，总理熊文灿到达安庆，兵部传令良玉的部队归他统领，良玉瞧不起文灿，不肯听他征调。
十一年(1638)正月，良玉与总兵陈洪范在郧西大败敌军。张献忠想借官府的名义袭击南阳，驻扎在南关。良玉正好赶到，心中怀疑，就召他们前来，献忠逃跑而去。良玉追上去，射了两箭，射中他的肩膀，又挥刀猛砍，献忠血流满面。他的部下及时援救才得免一死，于是逃到谷城，不多时，请求投降。良玉知道他是假装投降，竭力请求向他进攻，文灿不允许。九月，文灿进攻郧阳、襄阳两地的敌军，斩获二千首级。十二月，河南巡抚常道立派良玉到陕州。敌人乘卢氏守备空虚，逃往内乡、淅川两地。这个月，许州发生兵变，良玉的家安置在许州，在兵变中被灭了门。
十二年(1639)二月，良玉率领降将刘国能北上援救京城，庄烈帝诏令他回师讨伐河南的敌军。他的军队路过灞头、吴桥时，大肆掠夺当地百姓。太监卢九德上书报告朝廷知道后，庄烈帝又下诏让良玉戴罪立功。后来良玉在镇平关打败敌将马进忠，进忠投降了他。又与国能在张家林、七里河两次打败敌将李万庆，万庆也投降了他。七月，献忠叛逃而去，良玉同罗岱追击他，罗岱充当前锋，良玉跟在他的后面。赶过房县八十里，到达罗猴山，军队缺乏粮食。敌人的伏兵突起，罗岱的马被藤条挂住，他拔出刀来砍断藤条，跌倒之后又继续向前，放弃自己的马登上山来，敌军围困很紧，罗岱的箭射完后被俘获。良玉这次大败而回，官印、军符全都丢掉了，放弃了成千上万的军用物资，死亡的士卒有一万人。事情报到朝廷后，良玉因轻率进兵，被贬官三级。
十三年(1640)春天，督师杨嗣昌推荐说，良玉虽然打了败仗，但他有大将之才，他的部队也听从他的调遣。于是良玉晋升做了平贼将军。这个时候，敌军分为三块：西侧由张献忠率领，盘踞在湖北、四川的城外；东侧是革里眼、左金王等人统辖的四个军营，在随州、应山、麻城、黄冈一带狼奔豕突；南侧是曹操、过天星等人统辖的十个军营，部署在南漳、房县、兴山、远安之间。闰正月，良玉联合各路军队在枸平关向敌军进攻，张献忠失败逃走，良玉于是请求从汉阳、西乡进入四川境内追击他们。嗣昌计划让陕西总督郑崇俭率领贺人龙、李国奇从西乡进入四川，而命令良玉驻兵兴平，另外派遣偏将追剿敌人，良玉不愿服从。嗣昌传令给良玉说“：敌军的架势好像不会进入四川，他们仍会在陕西境内奔逃，寻找生路。你从汉阳、西乡进入四川，万一敌军从旧路急奔平利，仍然进入竹山、房县两地，你怎样抵御他们？即使不这样，而是去宁昌，进入归州、巫山两地，同曹操的兵力相会合，我军大将随后追击，促使敌军返回湖北，这也不是好计策。”良玉回答说：“四川土地肥沃，敌军冒险渡江，如果听凭他们逃跑，以后就难以制服。况且敌军进入四川，有粮食可以作为生存的保障，返回郧阳也没有土地可以掠夺，他们不会返回湖北，这是明白无疑的。兵力联合则势力强，兵力分散势力就弱。现在已经留刘国能、李万庆把守郧阳，如果再分三千人进入四川，即使驻扎在兴平，军队的力量已经很薄弱了，敌军前来，能阻止得了？现在应当给敌军来一个突然袭击，一当受到重大打击，敌人的军心自然会瓦解。即使折回房县、竹山之间，那里人烟稀少，他们从哪儿搞到粮食吃去？况且郧阳的驻军在前面扼守，陕西巡抚在紫阳、兴安牵制敌军的右侧，敌人一定不会得逞。像宁昌、归州、巫山地带那样险峻而且道路远的地方，曹操和献忠之间又不能相互礼让。倘若献忠败后去归附曹操，内部必然会相互吞并，他们的灭亡也就立等可见了。”良玉已经在二月初一日到达四川边界的渔溪渡了，嗣昌估计自己不能制止他，并且他的考虑也很有道理，就听从了他。
当时，张献忠的军营在太平县的大竹河，良玉驻扎在渔溪渡。不多久，总督崇俭带领他的兵力前来会合。敌军移驻九滚坪，看到玛瑙山地势险峻，打算占据它。良玉刚抵达山下，敌军已经盘踞在山顶上，凭借高处向良玉的军队击鼓叫战。良玉下马到四周观察了很久，说：“我知道怎样破敌了。”于是把进兵的道路分为三条，良玉自己负责两条，陕西兵马负责另一条道。下令说“：听到鼓声就攻上去。”两路夹攻而上，敌军阵势坚固，牢不可破。经过长时间的激烈战斗，敌军大败，掉到山沟里去的人不计其数。官军追击敌人四十里，斩杀了扫地王曹威、白马邓天王等十六个大头目。献忠的妻妾也被捉拿，自己逃往兴山、归州的山中，不久从盐井逃窜到兴山、归州的边界线上。这次战役，良玉的功劳第一。事情报给朝廷后，良玉被加封为太子少保。四月，良玉进驻兴安、平利的群山中，军营相连有一百多里长。各路官兵惧怕山势险峻，只包围敌人而不攻打。过了很长一段时间，献忠从兴山、房县经白羊山向西逃窜，同罗汝才的军队会合。七月，良玉乘胜进攻过天星，迫使他投降过来。过天星，名叫惠登相，投降之后，就一直当良玉的部将。
原先，良玉掌了平贼将军的大印后，越来越骄横，不愿意受督师的约束。而贺人龙多次破敌立功，嗣昌私下允诺让人龙取代良玉的位置。等良玉奏上玛瑙山的捷报以后，嗣昌对人龙说需等到以后才能改任他了。人龙非常愤恨，把嗣昌以前说的话都告诉了良玉，良玉心中也十分恼恨。所以当献忠失败逃跑时，官军正要追到，献忠派遣他的党羽马元利拿着贵重的珍宝前来对良玉谄言道：“献忠在，所以你才被器重。你的部队多有杀害百姓，掠夺财物的，而朝廷里内阁、兵部又猜疑大将，权力集中。没有了献忠，你的日子也就不会太多了。”良玉听后动了心，就放献忠一马让他逃了。监军万元吉知道良玉骄横，无法调用，敦劝嗣昌让军队前锋悄悄跟随在敌军后面，后边的兵力一齐跟上去，自己从小路出梓潼扼守归州，以便等候救援的部队来。嗣昌没有采用他的计策。敌军进入四川的巴州后，人龙的部队哗然撤防向西部去了。嗣昌召良玉的军队来联合进攻，命令传了九次之多他都不来。
十四年(1641)正月，各路兵马追击贼寇到了开县的黄陵城。参将刘士杰深入敌占区，所向披靡。献忠登上高处眺望，看到没有陕西兵的旗帜，而且良玉的军队前锋没有斗志，只有士杰的一支孤军。于是精选壮士偷偷地在长满树木的山谷中前进，然后凭借高处大声喊叫着飞奔下山，良玉的军队首先散了，总兵猛如虎也破围而出。嗣昌正后悔没有采纳元吉的建议，而张献忠已经以席卷之势冲出四川，向西割断了刚刚设立的驿站，湖北、四川的消息隔绝了。于是献忠定计蒙骗，混入了襄阳城，襄王被抓获，嗣昌绝食而死。乱贼临近灭亡又得以重新振作，最终导致明朝亡国，正是因为良玉一向骄横不服从军令的缘故。二月，朝廷颁布诏书把良玉削了职，让他戴罪平敌，立功赎罪。五月，献忠打下南阳后就攻打沁阳，又打了下来。良玉到达南阳，敌人跑了。良玉不管教自己的军队，从敌人手下逃脱性命的南阳人，遇到官兵就无所存活。后来献忠打下郧西，攻占领土直达信阳，屡屡得胜，就骄傲起来。良玉于是从南阳出兵，又一次使他遭到惨败，迫使他的几万军队投降。献忠伤了大腿，带着重伤趁黑夜逃跑了。而这个时候，李自成正在破坏襄城，把良玉围困在郾城，差点打了下来。碰巧陕西总督汪乔年出关而来，自成才撤了围，与乔年大战于襄阳城外。乔年的队伍全军覆灭，良玉也没能挽救。这以后，庄烈帝因为斩了贺人龙，严肃军政，就只好专门依靠良玉来平定贼寇了。
十五年(1642)四月，自成又围攻开封，朝廷于是把当初推荐过良玉的原尚书侯恂从狱中放出来，起用为督师，又从国库中拿出十五万两银子来犒劳良玉的将士，以激励他奋勇作战。良玉与虎大威、杨德政在朱仙镇会师后，贼寇的军营扎在镇西，官军在镇北扎下营寨。良玉看到贼兵势头凶猛，就在一天夜里拔营逃跑了，其他各军见状也都溃退下来。自成告诫士兵们说等良玉的军队过去后再从后面打击他，因此幸亏追兵来得慢，官军才跑出了八十里路。但贼兵已经在他们前方的去路上挖了深、宽各二寻的壕沟，环绕百里，自成又亲率大军紧跟在后面。良玉的军队大乱，下马渡越壕沟，士兵倒在沟里，后边的人用脚从他们的头顶上踩了过去，贼兵也跟着从他们身上践踏而过。良玉的军队这次大败，丢弃了成千上万的骡马和不计其数的器械，良玉败退到襄阳去了。庄烈帝听说良玉战败后，下令让侯恂抵抗贼兵，不让他们渡过黄河东，同时命令良玉带兵前来会合。良玉因为害怕自成，就拖延时间没有去。九月，开封因黄河决口而失陷了。庄烈帝恼恨侯恂，罢了他的官，但是无法把良玉治罪。开封失陷后，李自成在那里没有什么收获，就带兵向西去，计划占领襄阳作为大本营。
当时良玉在樊城设防，大规模地制造战船，驱使襄阳一郡的人充实军队，加上很多投降过来归附他的贼兵，他的部队有二十万士兵。但是他自己的亲兵爱将大都死掉了，投降过来的人又不怎么听从他的管教，良玉自己也逐渐年老多病，不能再跟自成厮杀了。自成乘胜来攻打良玉，良玉把士兵撤退到南岸，连成水寨和他对峙，派一万士兵扼守浅水滩。贼兵十万人来抢渡，官军抵挡不住，良玉于是连夜逃走，率领他的船队、左岸步兵、右岸骑兵，一齐向南避开了。到武昌后，良玉向楚王讨要二十万人的军饷，说“：我替您护卫领土。”楚王没有答应。良玉纵容士兵大肆掳掠，火光照得江心通明。武昌的皇亲国戚、士绅百姓纷纷逃往山谷中，很多人给土匪杀害了。驿传道王扬基夺门出逃，良玉的士兵抢走了他家里的财产，并且连他的子女也给抢走了。从十二月二十四日抵达武昌，到十六年(1643)正月中间，良玉的军队才离开。当地居民登上蛇山看到他的部队走了，喊叫着如得再生，说“：左良玉的军队往东走了！”良玉东下后，自成就攻占了承天府，并且掳掠了附近的州县。
当时，降兵叛变都假借左军旗号大肆剽掠，蕲州守将王允成是制造混乱的首领。他打下建德，抢劫池阳，在离芜湖四十里处把船停泊在三山、荻港，江中往来的漕运、运盐的船只，他都夺过来运兵。又声称各位将领打算往南京运国库银，请让自己带三千名亲信一同前去。南京的文武大臣和操江都御史不得不把军队布署在长江上防备他，南京城的士绅、百姓一夜之间迁移了几次，商旅往来也断绝了。都御史李邦华被召赴京，取路经过湖口时，起草了一篇檄文送给左良玉，不顾危险用直言激励他。又让安庆巡抚从九江银库中拨出十五万两白银，给良玉的部队补上六月份的军饷，良玉的军心才稳定下来。邦华进京见到庄烈帝，讲了良玉败兵的罪过，请归罪于王允成。庄烈帝于是命令良玉杀掉允成，并称赞他稳住了局势。良玉最终还是把允成留在军中没有杀。良玉在安庆住了很长时间，才慢慢从九江溯流而上。路上听说张献忠攻打湖广，把楚王沉到江水中去了，他也坐视不救。
八月良玉才到达武昌，他在这里设立军府招徕四方人丁，下属将士大致稳定下来，然后分派副将吴学礼去援救袁州。江西巡抚郭都贤讨厌他们奸淫、掳掠，传去文书让他们回去，自己招募当地百姓来把守。碰巧贼兵攻陷长沙、吉州，又攻陷了袁州、岳州，良玉派遣马进忠援救袁州，马士秀援救岳州。士秀率领水军在岳州城下打败贼兵，这两座城市于是得到收复。这时庄烈帝命令兵部侍郎吕大器接替了侯恂，侯恂解任后回家，中途又被逮捕了。良玉知道是因为自己的缘故，心中闷闷不乐，就同大器产生了矛盾。贼兵接连攻占建昌等府县，大器没有兵力不能救援，良玉也不去援助。进忠在嘉鱼同贼兵争战，两次失利，良玉的军队从此一蹶不振了。后来碰上张献忠从荆河进入四川，良玉派兵前往追击，驻扎在离荆州七十里的地方。荆州、襄阳一带的贼兵因为自成入关去了，大家都懈了气，良玉侦察到这一点，就派副将卢先祖北上攻打随州、枣阳、承德，派惠登相从均山、房县，刘洪起从南阳绕到贼兵后面，收复无贼兵占领的地盘作为自己的功劳。
十七年(1644)三月，朝廷下诏封良玉为宁南伯，给他的儿子梦庚平贼将军的大印，大功告成以后就让他们父子世代把守武昌。又命令给事中左懋第顺路经过时督促他出兵作战，良玉于是按年月拟定了一份出兵计划交了上去。他的奏疏交上后还没有得到朝廷的答复，就听说京师被打了下来。良玉部下的将领人心惶惶，因为江南拥立了新皇帝，请求率兵东下。良玉痛哭失声，发着誓言不许他们东下。副将马士秀说“：哪个不听左公命令要东下，我杀了他！”并在大船上架起大炮截断长江航线，大家这才平静下来。
福王继位后，晋升良玉为侯，荫封他一个儿子为锦衣卫正千户，并且一同加封黄得功、高杰、刘泽清、刘良佐为四镇军官，都荫封他们的子孙世袭官职。把长江上游的事专门委托给了良玉，不久又加封他为太子太傅。当时李自成在山海关战败了，良玉利用这个时机收复了湖北西部的荆州、德安、承天。湖广巡抚何腾蛟以及总督袁继咸住在江西，他们都跟良玉很友好，南都就把这一带靠作屏障。
良玉拥有八十万兵力，号称百万，前五营是他的亲兵，后五营是投降过来的士兵。每年春秋时节在武昌的各座山头上操练兵马，每座山上只有一种颜色的旗帜，山谷中都给插遍了。演习的办法是用两个人并排骑马飞驰，称作“过对”。马蹄声震天动地如打响雷，几里外都能听到。东部各镇的兵马只有高杰最强，但也远远赶不上良玉的兵力。不过良玉自从朱仙镇一战失败以后，精锐的兵力差不多丧失完了，后来归附他的大都是一些乌合之众，军容看起来壮观，但良玉不能很好地驾驭部下了。良玉的家在许昌被消灭，他在武昌时，各军营的将领都通宵达旦地有歌妓舞女相陪，良玉自己总是洁身独处。有一次他夜间设宴招待部下，召来了十多名军妓过来上酒，她们在房里走来走去，不一会儿良玉向左边侧着脸咳了几声，这些军妓们赶忙依次退出了。宾客们为之肃然起敬，没有哪个敢抬头看他。良玉对部下的驾驭很得体，就象这件事一样，他受到了部下的佩服。但是这时良玉已经年老并且多病，没有收复中原的雄心了。
良玉的做官曾得力于侯恂的推荐。侯恂本是东林党人。马士英、阮大铖掌权后，担心东林党人依靠良玉跟自己为难，就口头上虚伪地跟良玉结交，暗中忌恨他，并修筑板机城作为向西防御的屏障。良玉叹着气说“：现在西面有什么好防的，大概是防我吧！”适逢朝廷中的各种事情一天不如一天，监军御史黄澍仗着良玉的势力当面顶撞了马士英、阮大铖。黄澍返回后，朝廷派遣锦衣官员来逮捕黄澍，良玉把黄澍留下不肯交出。于是黄澍与其他一些将官天天请良玉出兵清除皇上身边的坏人，良玉犹豫不决，没有答应。不久，北来太子一事发生了，黄澍借此机会激发大家的怨气借以报复自己的仇恨，召引了三十六营大将与自己结盟。良玉于是下定了造反的决心，发布檄文讨伐马士英，从汉口到蕲州，排列了二百多里长的军舰，浩浩荡荡地顺江东下了。当时良玉的病情已经很严重，到九江后，他邀请总督袁继咸进他船中来，从袖中拿出一道密旨，说是皇太子送来的，以此来劫持当地的将领与自己结盟，继咸严词拒绝了他。良玉的部将郝效忠暗中进入九江城，放火把城烧毁就离开了。良玉看着城中的火光，说：“我对不起袁公啊！”当场吐了几升血，这天夜里就死了。当时是顺治二年(1645)四月。各位将领秘不发丧，共同推选他的儿子左梦庚为军主。七日，大军东下，朝廷传令让黄得功渡江防守，剿灭叛军。
当初，梦庚自立为总帅，骗继咸到池州来听取圣旨。继咸到池州后，就秘密上书报告朝廷，因为交通阻塞，奏章没能传到南京。惠登相当初是个贼寇，投降后给良玉当了副将。各路大军从彭泽沿江而下，连续打下建德、东流，破坏了安庆城，只池州没打下来。梦庚写信对登相说“：留下它等待后来的部队攻打吧。”登相大骂说：“这样的话，我还不如以前当流贼那阵子了，怎么对得起先帅左将军呢！”就传令让他的部队返回。梦庚看黑旗船只撤兵西上，要了一艘快船追上来，登相和他见面后大为伤心。因为梦庚成不了大事，登相就率兵渡过长江走掉了，其他将领于是决定回师。当时大清兵已经打下了泗州，逼近仪真。梦庚就和黄澍一起带着部队在九江投降了大清。
良玉很小的时候父亲就死了，被叔父带大。等到他显贵的时候，连母亲的姓氏都不知道。他身材修长，面带红色，矫健勇猛，善于左右张弓射箭。他不大识字，但有智谋，善于安抚士兵，能得到他们的欢心，因此每每打仗都能立功。这时陕西的造反农民进入河南，妄图攻占怀庆。朝廷命令良玉率领昌平军前往剿除，大体要他专门办理河南的军事。当进攻修武、清化的乱军窜入平阳时，朝廷诏令他到山西去抵御，杀伤、俘获了许多敌人。河南巡抚樊尚瞡认为让良玉驻军泽州，扼守河南、山西间咽喉地段，还可以作为四周的援兵。庄烈帝同意了。这时曹文诏率领着陕西的军队，朝廷命令良玉接受樊尚瞡的节制，与文诏齐心讨伐乱民，一旦有危急战事，那么陕西的兵力向东，河南的兵力向西，良玉的军队则从中截击。
六年(1633)正月，乱兵进犯隰州，打下阳城。良玉在涉县的西陂地方打败了它。二月，良玉的军队同乱兵争战武安，大败。尚瞡被罢官，由太常少卿元默代其职。三月，乱兵又一次进入河内，良玉从辉县出兵驱逐他们，敌人逃往修武，杀死了游击将领越效忠，追赶参将陶希谦，希谦从马上掉下来摔死。良玉在万善驿打击贼寇，一直追到柳树口才大败他们，捉拿了几个贼寇首领。贼寇于是向西逃跑。河南的兵额只有七千，和贼人几次作战，死伤得已经差不多了。良玉率领昌平军队二千多人，几次作战，虽然有功绩，但势力很单薄。总兵邓王己刚在莱州立了功，朝廷命令他率领川兵，加上石石主的土司马凤仪的兵力立即赴援良玉，同良玉一起追杀贼寇。不久，凤仪因为孤军作战，在侯家庄全军覆没。
这个时候，贼寇的势力已经十分旺盛，兵力纵横在三晋、京城周围以及黄河以北的广大地区。曹文诏、李卑、艾万年、汤九州、邓王己、良玉等各位将领先后同贼寇作战，胜负大致相当。良玉、邓王己负责办理河南战事，在官村、沁河、清化、万善等地多次打败贼寇。良玉又在武安八德地方堵住他们，杀死俘获敌兵人数特别多。恰好皇上任命倪宠、王朴做总兵，率领京营的六千兵力赶赴河南，让宦官杨进朝、卢九德监督他们的军队，并且另外派宦官监督良玉等人的军队。职方郎中李继贞说：“良玉、李卑亲身经历过多次战斗，地位反而在倪宠、王朴之下。恐怕他们听到了会灰心。”于是让良玉、李卑任职都督佥事，做援剿总兵官，同倪宠、王朴官职大体相当。京营的军队到后，联合攻击贼寇，几次立功。良玉在济源、河内打败贼寇，又在永宁、青山岭、银洞沟打败他们。继而从叶县追赶到小武当山，都斩杀了很多贼军将士。然而各位将领因为宦官监督军事，心里都不痛快。
那年冬天，向西逃跑的贼寇又掉头打向东边来。良玉、九州扼守在他们前面，京营的军队跟在他们后面，贼军非常困窘，官兵又在柳泉、猛虎村接连打败他们。敌将张妙手、贺双全等三十六家兵诈称向分巡抚布政使常道立请求招安，通过监军杨进朝向皇帝报告了这件事。各位将领等候朝廷传令下来，当时不敢出战。等到天气寒冷，黄河上结了一层厚冰，敌人于是从渑池踏过黄河。巡抚元默率领良玉、九州、李卑、邓王己的兵力在对岸等待他们。敌人于是逃到卢氏山中，这以后从郧阳、襄阳进入川中，绕道攻掠了秦陇地带，又出没在川中、湖北一带，以便俟机进犯河南，中原地区因此更加残破，而三晋、京城周围地区不受盗贼骚扰，长达十年之久。
敌人渡黄河离开后，良玉同其他将领们分地把守。陈奇瑜、卢象升正在陕西、湖北两地追杀敌人，七年(1634)春夏之际，中州地区幸好没有战事。后来奇瑜在车箱峡让李自成给跑了，朝廷讨论联合山西、河南、湖北、四川的兵力从四面八方来围剿他们。敌人于是兵分三路：一路向庆阳进攻，一路挺进郧阳，另外一路出关后挺进河南。挺进河南的军队又分为三路，受到攻击的郡邑一下子吃紧。良玉扼守新安、渑池，其他将领陈治邦驻守汝州，陈永福扼守南阳，都只是坐甲自保而已，根本不能怎么损伤敌人。敌军每个兵营有几万士兵，士兵们轮番出击作战，军粮供应充足；官军兵少，设防又多，粮饷供应跟不上来。敌军骑马前进，一天一夜能走几百里；官军步兵多，骑兵少，走几十里路就精疲力竭。因此大多都有畏敌情绪。良玉在怀庆时与当地督抚意见不一，由此产生了私心杂念，没有严加追逐而给了敌人以喘息的机会，又收留了很多投降过来的将领以便扩张自己的势力。督抚以文书征调他的军队，也不准时应征，渐渐显示骄横自恣的端倪出来。十二月在磁山同敌军相遇，大战的场面有十次之多，他把敌兵追击了一百多里。
八年(1635)正月，河南的敌兵攻破颍州，毁坏了凤阳的皇陵。敌人打下鹿邑、柘城、宁陵、通许的时候，良玉驻军许州也没能前去援救。四月，督师洪承畴驻军汝州，命令各位将领分地拦挡敌军。尤世威把守洛南，陈永福控制卢氏、永宁两地，邓王己、尤翟文、张应昌、许成名在湖广阻击敌人。因为吴村、瓦屋是内乡、淅川的要害，所以命令良玉同汤九州带领五千人扼守。不多久，邓王己因为士兵哗变而死，而曹文诏讨伐陕西的敌人，在真宁兵败身亡。敌军更加嚣张，于是越过卢氏，直奔永宁。巡抚元默遭到逮捕还没离开时，传令让良玉从内乡同陈治邦、马良文一起前去援助卢氏。八月在鄢城打败敌军。九月，良玉尾随敌人到了郏县的神篨山。敌军兵营绵延几十里，用轮番休息、作战的方式使官兵疲劳，良玉收回自己的兵力，停止作战。敌军再次攻打密县，良玉从郏县援救，敌军才离去。十月，良玉抵达灵宝，联合辽东总兵官祖宽的军队在涧口、焦村歼灭敌军。焦村属朱阳关地盘。十一月，李自成离开朱阳关，张献忠长期占据灵宝，闯王高迎祥也同他联合。良玉、祖宽在灵宝阻截，抵挡不住敌人的兵力，陕州失陷了。敌人又向东攻打洛阳，良玉、祖宽跟随巡抚陈必谦解救洛阳，敌兵于是退去。迎祥、自成兵走偃师、巩县，献忠逃往嵩县、汝州。良玉从洛阳出发追击迎祥和自成，祖宽兵分几路打击张献忠，援救汝州。恰巧总理卢象升从湖广来，与祖宽一起在汝州西部大败敌军，又命令自己的偏裨将领在宜阳的黄涧口打败敌军。
九年(1636)二月，敌人在登封的郜城镇被打败，逃往石阳关，同伊阳、嵩县两处的敌军联合。原总兵官九州从嵩县深入，与良玉夹攻剿敌。良玉中途逃回，九州乘胜追击四十里，由于孤立无援，战败而亡。良玉却把此役当作捷报递呈朝廷。五月，象升派遣祖宽、李重镇随陕西总督洪承畴向西前进。良玉的军队实力最强，又大都是中州人，所以他独自久留河南。因为他骄横、傲慢，难得听用，所以让孔道光代替他的偏将赵柱驻守灵宝，防守洛西；良玉同罗岱驻守宜阳、永城两地，防守洛东。七月，良玉的军队抵达开封，由登封的唐庄深入进去，从清早一直激战到下午，敌军支持不住，向西逃跑。陈永福刚刚在唐河打败敌人，敌兵到了田家营，良玉渡河进攻，杀死、俘虏了很多人。九月，巡抚杨绳武弹劾良玉回避敌人，朝廷责令他立功赎罪。
十年(1637)正月，敌将老回回联合曹操、闯塌天的各部兵力沿江东下，安庆传来警报。朝廷命令良玉从中叶出发前去援救。良玉途中剿杀了南阳的土匪杨田、侯驭民、郭三海，急忙抵达六安，同敌军相遇。部将罗岱、道兴乘胜作战，连连破敌。敌军逃往霍山和潜山。此时马火广、刘良佐在桐城、庐州、六安也多次打败敌军，在滁州、和州两地的敌军也向西逃跑，江北的危急也稍稍减弱了。应天巡抚张国维三次发布檄文要良玉进入山中搜剿，良玉没有响应，而是纵兵在当地掳掠妇女。屯居舒城一个多月后，河南监军的太监极力催促他，良玉才向北去，这时敌军已经掠夺够了，进入山中。过后，淅川陷落，良玉拥兵坐视，不去援救。因为在六安破敌有功，以前诏书让他戴罪立功，至此又恢复了官职。敌军东下袭击六合，攻占天长，兵分几路占领瓜洲、仪真，打下盱眙。良玉坚决不肯去救援，反让中州的士绅联名上书挽留自己。庄烈帝知道是良玉自己的意思，也无法改变他的意志。十月，总理熊文灿到达安庆，兵部传令良玉的部队归他统领，良玉瞧不起文灿，不肯听他征调。
十一年(1638)正月，良玉与总兵陈洪范在郧西大败敌军。张献忠想借官府的名义袭击南阳，驻扎在南关。良玉正好赶到，心中怀疑，就召他们前来，献忠逃跑而去。良玉追上去，射了两箭，射中他的肩膀，又挥刀猛砍，献忠血流满面。他的部下及时援救才得免一死，于是逃到谷城，不多时，请求投降。良玉知道他是假装投降，竭力请求向他进攻，文灿不允许。九月，文灿进攻郧阳、襄阳两地的敌军，斩获二千首级。十二月，河南巡抚常道立派良玉到陕州。敌人乘卢氏守备空虚，逃往内乡、淅川两地。这个月，许州发生兵变，良玉的家安置在许州，在兵变中被灭了门。
十二年(1639)二月，良玉率领降将刘国能北上援救京城，庄烈帝诏令他回师讨伐河南的敌军。他的军队路过灞头、吴桥时，大肆掠夺当地百姓。太监卢九德上书报告朝廷知道后，庄烈帝又下诏让良玉戴罪立功。后来良玉在镇平关打败敌将马进忠，进忠投降了他。又与国能在张家林、七里河两次打败敌将李万庆，万庆也投降了他。七月，献忠叛逃而去，良玉同罗岱追击他，罗岱充当前锋，良玉跟在他的后面。赶过房县八十里，到达罗猴山，军队缺乏粮食。敌人的伏兵突起，罗岱的马被藤条挂住，他拔出刀来砍断藤条，跌倒之后又继续向前，放弃自己的马登上山来，敌军围困很紧，罗岱的箭射完后被俘获。良玉这次大败而回，官印、军符全都丢掉了，放弃了成千上万的军用物资，死亡的士卒有一万人。事情报到朝廷后，良玉因轻率进兵，被贬官三级。
十三年(1640)春天，督师杨嗣昌推荐说，良玉虽然打了败仗，但他有大将之才，他的部队也听从他的调遣。于是良玉晋升做了平贼将军。这个时候，敌军分为三块：西侧由张献忠率领，盘踞在湖北、四川的城外；东侧是革里眼、左金王等人统辖的四个军营，在随州、应山、麻城、黄冈一带狼奔豕突；南侧是曹操、过天星等人统辖的十个军营，部署在南漳、房县、兴山、远安之间。闰正月，良玉联合各路军队在枸平关向敌军进攻，张献忠失败逃走，良玉于是请求从汉阳、西乡进入四川境内追击他们。嗣昌计划让陕西总督郑崇俭率领贺人龙、李国奇从西乡进入四川，而命令良玉驻兵兴平，另外派遣偏将追剿敌人，良玉不愿服从。嗣昌传令给良玉说“：敌军的架势好像不会进入四川，他们仍会在陕西境内奔逃，寻找生路。你从汉阳、西乡进入四川，万一敌军从旧路急奔平利，仍然进入竹山、房县两地，你怎样抵御他们？即使不这样，而是去宁昌，进入归州、巫山两地，同曹操的兵力相会合，我军大将随后追击，促使敌军返回湖北，这也不是好计策。”良玉回答说：“四川土地肥沃，敌军冒险渡江，如果听凭他们逃跑，以后就难以制服。况且敌军进入四川，有粮食可以作为生存的保障，返回郧阳也没有土地可以掠夺，他们不会返回湖北，这是明白无疑的。兵力联合则势力强，兵力分散势力就弱。现在已经留刘国能、李万庆把守郧阳，如果再分三千人进入四川，即使驻扎在兴平，军队的力量已经很薄弱了，敌军前来，能阻止得了？现在应当给敌军来一个突然袭击，一当受到重大打击，敌人的军心自然会瓦解。即使折回房县、竹山之间，那里人烟稀少，他们从哪儿搞到粮食吃去？况且郧阳的驻军在前面扼守，陕西巡抚在紫阳、兴安牵制敌军的右侧，敌人一定不会得逞。像宁昌、归州、巫山地带那样险峻而且道路远的地方，曹操和献忠之间又不能相互礼让。倘若献忠败后去归附曹操，内部必然会相互吞并，他们的灭亡也就立等可见了。”良玉已经在二月初一日到达四川边界的渔溪渡了，嗣昌估计自己不能制止他，并且他的考虑也很有道理，就听从了他。
当时，张献忠的军营在太平县的大竹河，良玉驻扎在渔溪渡。不多久，总督崇俭带领他的兵力前来会合。敌军移驻九滚坪，看到玛瑙山地势险峻，打算占据它。良玉刚抵达山下，敌军已经盘踞在山顶上，凭借高处向良玉的军队击鼓叫战。良玉下马到四周观察了很久，说：“我知道怎样破敌了。”于是把进兵的道路分为三条，良玉自己负责两条，陕西兵马负责另一条道。下令说“：听到鼓声就攻上去。”两路夹攻而上，敌军阵势坚固，牢不可破。经过长时间的激烈战斗，敌军大败，掉到山沟里去的人不计其数。官军追击敌人四十里，斩杀了扫地王曹威、白马邓天王等十六个大头目。献忠的妻妾也被捉拿，自己逃往兴山、归州的山中，不久从盐井逃窜到兴山、归州的边界线上。这次战役，良玉的功劳第一。事情报给朝廷后，良玉被加封为太子少保。四月，良玉进驻兴安、平利的群山中，军营相连有一百多里长。各路官兵惧怕山势险峻，只包围敌人而不攻打。过了很长一段时间，献忠从兴山、房县经白羊山向西逃窜，同罗汝才的军队会合。七月，良玉乘胜进攻过天星，迫使他投降过来。过天星，名叫惠登相，投降之后，就一直当良玉的部将。
原先，良玉掌了平贼将军的大印后，越来越骄横，不愿意受督师的约束。而贺人龙多次破敌立功，嗣昌私下允诺让人龙取代良玉的位置。等良玉奏上玛瑙山的捷报以后，嗣昌对人龙说需等到以后才能改任他了。人龙非常愤恨，把嗣昌以前说的话都告诉了良玉，良玉心中也十分恼恨。所以当献忠失败逃跑时，官军正要追到，献忠派遣他的党羽马元利拿着贵重的珍宝前来对良玉谄言道：“献忠在，所以你才被器重。你的部队多有杀害百姓，掠夺财物的，而朝廷里内阁、兵部又猜疑大将，权力集中。没有了献忠，你的日子也就不会太多了。”良玉听后动了心，就放献忠一马让他逃了。监军万元吉知道良玉骄横，无法调用，敦劝嗣昌让军队前锋悄悄跟随在敌军后面，后边的兵力一齐跟上去，自己从小路出梓潼扼守归州，以便等候救援的部队来。嗣昌没有采用他的计策。敌军进入四川的巴州后，人龙的部队哗然撤防向西部去了。嗣昌召良玉的军队来联合进攻，命令传了九次之多他都不来。
十四年(1641)正月，各路兵马追击贼寇到了开县的黄陵城。参将刘士杰深入敌占区，所向披靡。献忠登上高处眺望，看到没有陕西兵的旗帜，而且良玉的军队前锋没有斗志，只有士杰的一支孤军。于是精选壮士偷偷地在长满树木的山谷中前进，然后凭借高处大声喊叫着飞奔下山，良玉的军队首先散了，总兵猛如虎也破围而出。嗣昌正后悔没有采纳元吉的建议，而张献忠已经以席卷之势冲出四川，向西割断了刚刚设立的驿站，湖北、四川的消息隔绝了。于是献忠定计蒙骗，混入了襄阳城，襄王被抓获，嗣昌绝食而死。乱贼临近灭亡又得以重新振作，最终导致明朝亡国，正是因为良玉一向骄横不服从军令的缘故。二月，朝廷颁布诏书把良玉削了职，让他戴罪平敌，立功赎罪。五月，献忠打下南阳后就攻打沁阳，又打了下来。良玉到达南阳，敌人跑了。良玉不管教自己的军队，从敌人手下逃脱性命的南阳人，遇到官兵就无所存活。后来献忠打下郧西，攻占领土直达信阳，屡屡得胜，就骄傲起来。良玉于是从南阳出兵，又一次使他遭到惨败，迫使他的几万军队投降。献忠伤了大腿，带着重伤趁黑夜逃跑了。而这个时候，李自成正在破坏襄城，把良玉围困在郾城，差点打了下来。碰巧陕西总督汪乔年出关而来，自成才撤了围，与乔年大战于襄阳城外。乔年的队伍全军覆灭，良玉也没能挽救。这以后，庄烈帝因为斩了贺人龙，严肃军政，就只好专门依靠良玉来平定贼寇了。
十五年(1642)四月，自成又围攻开封，朝廷于是把当初推荐过良玉的原尚书侯恂从狱中放出来，起用为督师，又从国库中拿出十五万两银子来犒劳良玉的将士，以激励他奋勇作战。良玉与虎大威、杨德政在朱仙镇会师后，贼寇的军营扎在镇西，官军在镇北扎下营寨。良玉看到贼兵势头凶猛，就在一天夜里拔营逃跑了，其他各军见状也都溃退下来。自成告诫士兵们说等良玉的军队过去后再从后面打击他，因此幸亏追兵来得慢，官军才跑出了八十里路。但贼兵已经在他们前方的去路上挖了深、宽各二寻的壕沟，环绕百里，自成又亲率大军紧跟在后面。良玉的军队大乱，下马渡越壕沟，士兵倒在沟里，后边的人用脚从他们的头顶上踩了过去，贼兵也跟着从他们身上践踏而过。良玉的军队这次大败，丢弃了成千上万的骡马和不计其数的器械，良玉败退到襄阳去了。庄烈帝听说良玉战败后，下令让侯恂抵抗贼兵，不让他们渡过黄河东，同时命令良玉带兵前来会合。良玉因为害怕自成，就拖延时间没有去。九月，开封因黄河决口而失陷了。庄烈帝恼恨侯恂，罢了他的官，但是无法把良玉治罪。开封失陷后，李自成在那里没有什么收获，就带兵向西去，计划占领襄阳作为大本营。
当时良玉在樊城设防，大规模地制造战船，驱使襄阳一郡的人充实军队，加上很多投降过来归附他的贼兵，他的部队有二十万士兵。但是他自己的亲兵爱将大都死掉了，投降过来的人又不怎么听从他的管教，良玉自己也逐渐年老多病，不能再跟自成厮杀了。自成乘胜来攻打良玉，良玉把士兵撤退到南岸，连成水寨和他对峙，派一万士兵扼守浅水滩。贼兵十万人来抢渡，官军抵挡不住，良玉于是连夜逃走，率领他的船队、左岸步兵、右岸骑兵，一齐向南避开了。到武昌后，良玉向楚王讨要二十万人的军饷，说“：我替您护卫领土。”楚王没有答应。良玉纵容士兵大肆掳掠，火光照得江心通明。武昌的皇亲国戚、士绅百姓纷纷逃往山谷中，很多人给土匪杀害了。驿传道王扬基夺门出逃，良玉的士兵抢走了他家里的财产，并且连他的子女也给抢走了。从十二月二十四日抵达武昌，到十六年(1643)正月中间，良玉的军队才离开。当地居民登上蛇山看到他的部队走了，喊叫着如得再生，说“：左良玉的军队往东走了！”良玉东下后，自成就攻占了承天府，并且掳掠了附近的州县。
当时，降兵叛变都假借左军旗号大肆剽掠，蕲州守将王允成是制造混乱的首领。他打下建德，抢劫池阳，在离芜湖四十里处把船停泊在三山、荻港，江中往来的漕运、运盐的船只，他都夺过来运兵。又声称各位将领打算往南京运国库银，请让自己带三千名亲信一同前去。南京的文武大臣和操江都御史不得不把军队布署在长江上防备他，南京城的士绅、百姓一夜之间迁移了几次，商旅往来也断绝了。都御史李邦华被召赴京，取路经过湖口时，起草了一篇檄文送给左良玉，不顾危险用直言激励他。又让安庆巡抚从九江银库中拨出十五万两白银，给良玉的部队补上六月份的军饷，良玉的军心才稳定下来。邦华进京见到庄烈帝，讲了良玉败兵的罪过，请归罪于王允成。庄烈帝于是命令良玉杀掉允成，并称赞他稳住了局势。良玉最终还是把允成留在军中没有杀。良玉在安庆住了很长时间，才慢慢从九江溯流而上。路上听说张献忠攻打湖广，把楚王沉到江水中去了，他也坐视不救。
八月良玉才到达武昌，他在这里设立军府招徕四方人丁，下属将士大致稳定下来，然后分派副将吴学礼去援救袁州。江西巡抚郭都贤讨厌他们奸淫、掳掠，传去文书让他们回去，自己招募当地百姓来把守。碰巧贼兵攻陷长沙、吉州，又攻陷了袁州、岳州，良玉派遣马进忠援救袁州，马士秀援救岳州。士秀率领水军在岳州城下打败贼兵，这两座城市于是得到收复。这时庄烈帝命令兵部侍郎吕大器接替了侯恂，侯恂解任后回家，中途又被逮捕了。良玉知道是因为自己的缘故，心中闷闷不乐，就同大器产生了矛盾。贼兵接连攻占建昌等府县，大器没有兵力不能救援，良玉也不去援助。进忠在嘉鱼同贼兵争战，两次失利，良玉的军队从此一蹶不振了。后来碰上张献忠从荆河进入四川，良玉派兵前往追击，驻扎在离荆州七十里的地方。荆州、襄阳一带的贼兵因为自成入关去了，大家都懈了气，良玉侦察到这一点，就派副将卢先祖北上攻打随州、枣阳、承德，派惠登相从均山、房县，刘洪起从南阳绕到贼兵后面，收复无贼兵占领的地盘作为自己的功劳。
十七年(1644)三月，朝廷下诏封良玉为宁南伯，给他的儿子梦庚平贼将军的大印，大功告成以后就让他们父子世代把守武昌。又命令给事中左懋第顺路经过时督促他出兵作战，良玉于是按年月拟定了一份出兵计划交了上去。他的奏疏交上后还没有得到朝廷的答复，就听说京师被打了下来。良玉部下的将领人心惶惶，因为江南拥立了新皇帝，请求率兵东下。良玉痛哭失声，发着誓言不许他们东下。副将马士秀说“：哪个不听左公命令要东下，我杀了他！”并在大船上架起大炮截断长江航线，大家这才平静下来。
福王继位后，晋升良玉为侯，荫封他一个儿子为锦衣卫正千户，并且一同加封黄得功、高杰、刘泽清、刘良佐为四镇军官，都荫封他们的子孙世袭官职。把长江上游的事专门委托给了良玉，不久又加封他为太子太傅。当时李自成在山海关战败了，良玉利用这个时机收复了湖北西部的荆州、德安、承天。湖广巡抚何腾蛟以及总督袁继咸住在江西，他们都跟良玉很友好，南都就把这一带靠作屏障。
良玉拥有八十万兵力，号称百万，前五营是他的亲兵，后五营是投降过来的士兵。每年春秋时节在武昌的各座山头上操练兵马，每座山上只有一种颜色的旗帜，山谷中都给插遍了。演习的办法是用两个人并排骑马飞驰，称作“过对”。马蹄声震天动地如打响雷，几里外都能听到。东部各镇的兵马只有高杰最强，但也远远赶不上良玉的兵力。不过良玉自从朱仙镇一战失败以后，精锐的兵力差不多丧失完了，后来归附他的大都是一些乌合之众，军容看起来壮观，但良玉不能很好地驾驭部下了。良玉的家在许昌被消灭，他在武昌时，各军营的将领都通宵达旦地有歌妓舞女相陪，良玉自己总是洁身独处。有一次他夜间设宴招待部下，召来了十多名军妓过来上酒，她们在房里走来走去，不一会儿良玉向左边侧着脸咳了几声，这些军妓们赶忙依次退出了。宾客们为之肃然起敬，没有哪个敢抬头看他。良玉对部下的驾驭很得体，就象这件事一样，他受到了部下的佩服。但是这时良玉已经年老并且多病，没有收复中原的雄心了。
良玉的做官曾得力于侯恂的推荐。侯恂本是东林党人。马士英、阮大铖掌权后，担心东林党人依靠良玉跟自己为难，就口头上虚伪地跟良玉结交，暗中忌恨他，并修筑板机城作为向西防御的屏障。良玉叹着气说“：现在西面有什么好防的，大概是防我吧！”适逢朝廷中的各种事情一天不如一天，监军御史黄澍仗着良玉的势力当面顶撞了马士英、阮大铖。黄澍返回后，朝廷派遣锦衣官员来逮捕黄澍，良玉把黄澍留下不肯交出。于是黄澍与其他一些将官天天请良玉出兵清除皇上身边的坏人，良玉犹豫不决，没有答应。不久，北来太子一事发生了，黄澍借此机会激发大家的怨气借以报复自己的仇恨，召引了三十六营大将与自己结盟。良玉于是下定了造反的决心，发布檄文讨伐马士英，从汉口到蕲州，排列了二百多里长的军舰，浩浩荡荡地顺江东下了。当时良玉的病情已经很严重，到九江后，他邀请总督袁继咸进他船中来，从袖中拿出一道密旨，说是皇太子送来的，以此来劫持当地的将领与自己结盟，继咸严词拒绝了他。良玉的部将郝效忠暗中进入九江城，放火把城烧毁就离开了。良玉看着城中的火光，说：“我对不起袁公啊！”当场吐了几升血，这天夜里就死了。当时是顺治二年(1645)四月。各位将领秘不发丧，共同推选他的儿子左梦庚为军主。七日，大军东下，朝廷传令让黄得功渡江防守，剿灭叛军。
当初，梦庚自立为总帅，骗继咸到池州来听取圣旨。继咸到池州后，就秘密上书报告朝廷，因为交通阻塞，奏章没能传到南京。惠登相当初是个贼寇，投降后给良玉当了副将。各路大军从彭泽沿江而下，连续打下建德、东流，破坏了安庆城，只池州没打下来。梦庚写信对登相说“：留下它等待后来的部队攻打吧。”登相大骂说：“这样的话，我还不如以前当流贼那阵子了，怎么对得起先帅左将军呢！”就传令让他的部队返回。梦庚看黑旗船只撤兵西上，要了一艘快船追上来，登相和他见面后大为伤心。因为梦庚成不了大事，登相就率兵渡过长江走掉了，其他将领于是决定回师。当时大清兵已经打下了泗州，逼近仪真。梦庚就和黄澍一起带着部队在九江投降了大清。
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